体外细胞活性筛选
评估BS对肺癌细胞系的细胞毒性
使用CCK-8和集落形成实验检测BS处理对A549和H1299等肺癌细胞活力的影响。
The novel thioredoxin reductase inhibitor butaselen suppresses lung cancer by inducing oxidative stress.
包含体外细胞实验、LLC1小鼠模型、患者来源类器官及临床样本分析等多层级证据,并进行了机制验证(如Co-IP、ChIP、泛素化实验)和功能验证(siRNA敲低、凋亡检测)。
A549和H1299肺癌细胞系 LLC1荷瘤C57BL/6J小鼠模型 人肺癌类器官(来自胸水及脊柱转移标本) 肺癌患者肿瘤及癌旁组织
BS浓度、处理时间及细胞活力检测(CCK-8和集落形成) LLC1小鼠模型中的BS给药剂量(360 mg/kg,灌胃)和肿瘤体积/重量测量 ROS检测(DCFH-DA和MitoSOX)及NAC预处理对BS效应的影响 凋亡检测(Annexin V-PI染色)及细胞死亡抑制剂筛选(Z-VAD-FMK、NAC等) HBP1蛋白稳定性(CHX实验、MG132处理、泛素化检测)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估BS对肺癌细胞系的细胞毒性
使用CCK-8和集落形成实验检测BS处理对A549和H1299等肺癌细胞活力的影响。
验证BS在动物模型中对肺癌生长的抑制作用
C57BL/6J小鼠皮下接种LLC1细胞,BS灌胃处理15天,测量肿瘤体积和重量。
探究BS是否诱导ROS产生并导致凋亡
使用DCFH-DA和MitoSOX检测ROS水平,Annexin V-PI检测凋亡,并使用NAC和细胞死亡抑制剂验证ROS依赖性。
鉴定BS影响的信号通路
通过Western blot检测NF-κB、p38/JNK、PI3K-Akt和p53通路的磷酸化水平,并检测HBP1及其下游靶点。
阐明Trx/TrxR对HBP1的调控机制
使用siRNA敲低Trx1,检测HBP1蛋白稳定性(CHX实验)、泛素化(Co-IP)及转录活性(ChIP、报告基因)。
评估BS对DNA甲基化的影响
通过ELISA和亚硫酸氢盐焦磷酸测序检测全基因组及p21和HOXA9启动子甲基化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 丁硒啉 | Pharmaron | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| MEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素溶液 | Macgene | -- | |
| 胰蛋白酶/EDTA | -- | -- | |
| 转染 | TurboFect转染试剂 | Thermo Scientific | -- |
| Lipofectamine 2000 | Thermo Scientific | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories | -- |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| ROS检测 | DCFH-DA | -- | -- |
| MitoSOX Red | Thermo Scientific | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI双染试剂盒 | KeyGEN | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Thermo Scientific | -- |
| Western blot | 蛋白酶抑制剂混合物 | AMRESCO | -- |
| 磷酸酶抑制剂 | Bimake | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL化学发光试剂盒 | Advansta | -- | |
| 免疫沉淀 | Protein A Sepharose | GE | -- |
| 类器官培养 | DNase I | SIGMA | -- |
| IV型胶原酶 | Roche | -- | |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 肺癌类器官培养基 | Precedo | -- | |
| 类器官活力检测 | CellTiter-Glo 3D细胞活力检测 | Promega | -- |
| RNA提取 | RNAisoPlus试剂盒 | BioTeke | -- |
| cDNA合成 | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| RT-qPCR | Maxima SYBR Green qPCR预混液 | Thermo Scientific | -- |
| ChIP | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Millipore | -- |
| 报告基因检测 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | -- |
| DNA甲基化检测 | MethylFlash全基因组DNA甲基化5mC ELISA试剂盒 | Epigentek | -- |
| DNA提取 | QIAamp DNA Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| 亚硫酸氢盐处理 | EZ DNA甲基化金标准试剂盒 | Zymo Research | -- |
| PCR | EpiArt HS Taq预混液 | Vazyme | -- |
| 亚硫酸氢盐焦磷酸测序 | Pyromark Q48 Autoprep | Qiagen | -- |
| 酶活检测 | 硫氧还蛋白还原酶检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 药物处理 | N-乙酰半胱氨酸 | Selleck | S1623 |
| MG-132 | MedChemExpress | #HY-13259 | |
| Z-VAD-FMK | MedChemExpress | #HY-16658B | |
| Z-DEVD-FMK | MedChemExpress | #HY-12466 | |
| 坏死抑素 | MedChemExpress | #HY-15760 | |
| 去铁胺 | MedChemExpress | #HY-B1625 | |
| 铁抑素-1 | MedChemExpress | #HY-100579 | |
| 氯喹 | MedChemExpress | #HY-17589A | |
| Autophinib | MedChemExpress | #HY-101920 | |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 酶标仪 | 酶标仪 | Tecan | -- |
| Spark多功能酶标仪 | Tecan | -- | |
| 荧光素酶检测 | GloMax | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活性检测 | BS浓度(5-40 μM)、处理时间(24/48/72小时)、细胞密度(2000细胞/孔)及IC50计算方法 阅读提示:Materials and methods - Cell viability assay 及 Figure 1 |
| 动物实验 | LLC1细胞接种数量(1×10^6)、BS剂量(360 mg/kg/天灌胃)、处理时间(15天)及对照组处理(等体积生理盐水) 阅读提示:Materials and methods - Animals and treatments 及 Figure 1(e,f) |
| ROS检测 | BS浓度(0-30 μM)、处理时间(24小时)、DCFH-DA和MitoSOX浓度及染色时间、NAC预处理条件(5 mM,2小时) 阅读提示:Materials and methods - Intracellular and mitochondria ROS detection 及 Figure 2 |
| 凋亡检测 | BS浓度(0-30 μM)及时间、Annexin V-PI染色步骤、细胞死亡抑制剂浓度(25 μM、5 mM NAC)及处理时间 阅读提示:Materials and methods - Apoptosis assay 及 Figure 3 |
| 蛋白稳定性检测 | CHX浓度(100 μg/ml)及处理时间点(0-120分钟)、MG132浓度(10 μM)及处理时间(6小时)、siRNA转染条件 阅读提示:Materials and methods - Protein half-life assay, In vivo ubiquitination assay 及 Figure 7 |
| DNA甲基化检测 | 肿瘤组织DNA提取、亚硫酸氢盐处理、PCR条件(退火温度等)、ELISA检测步骤及数据标准化方法 阅读提示:Materials and methods - ELISA detection, Bisulfite pyrosequencing 及 Figure 8 |