评估TRIM8表达与胃癌临床进展及血管生成的关联
分析TRIM8在胃癌中的表达水平及其与血管生成和预后的关系。
利用TCGA数据库分析TRIM家族表达;GEPIA数据库分析TRIM8与PECAM1相关性;GO富集分析TRIM8相关基因;Kaplan-Meier Plotter分析生存;Western blot和IHC检测胃癌组织及癌旁组织中TRIM8和PECAM1表达。
TRIM8-dependent K63-ubiquitinated PGK1 promotes glycolysis and angiogenesis in gastric cancer via interaction with ACAT1.
包含体外细胞实验、共培养血管生成模型、大鼠主动脉环实验、体内异种移植瘤模型及临床样本分析,并进行了泛素化、乙酰化等机制验证。
胃癌细胞系SGC7901和BGC823 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 大鼠主动脉环外植体模型 胃癌患者临床样本
TRIM8敲低或过表达后PGK1的泛素化类型(K63 vs K48)及稳定性变化 PGK1 K146位点突变(K146R)对TRIM8介导的K63泛素化、ACAT1结合及糖酵解活性的影响 ACAT1抑制剂K-604处理对ACAT1过表达诱导的糖酵解和血管生成的影响 体外共培养体系中HUVEC的迁移和管形成能力 异种移植瘤模型中肿瘤体积、重量及血管密度(PECAM1)的检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析TRIM8在胃癌中的表达水平及其与血管生成和预后的关系。
利用TCGA数据库分析TRIM家族表达;GEPIA数据库分析TRIM8与PECAM1相关性;GO富集分析TRIM8相关基因;Kaplan-Meier Plotter分析生存;Western blot和IHC检测胃癌组织及癌旁组织中TRIM8和PECAM1表达。
验证TRIM8在体内外对血管生成的影响。
在SGC7901和BGC823细胞中敲低TRIM8,收集条件培养基(CM)处理HUVEC,进行CCK-8、Transwell迁移、管形成实验;大鼠主动脉环实验;体内异种移植瘤模型检测肿瘤生长和血管密度。
确定TRIM8的底物蛋白及泛素化类型。
通过免疫沉淀和质谱分析鉴定TRIM8结合蛋白;通过免疫共沉淀验证TRIM8与PGK1相互作用;检测TRIM8对PGK1泛素化的影响,包括泛素类型筛选和E3连接酶活性突变体实验。
评估PGK1 K63泛素化是否介导TRIM8促进糖酵解和血管生成。
在TRIM8敲低或过表达背景下检测葡萄糖消耗、乳酸产生、细胞外酸化率(ECAR);用乳酸处理HUVEC检测迁移和管形成;敲低PGK1观察对TRIM8过表达诱导的血管生成的影响;过表达PGK1观察能否回复TRIM8敲低的糖酵解抑制。
确定ACAT1对PGK1乙酰化及其促糖酵解和血管生成的作用。
通过免疫共沉淀验证ACAT1与PGK1相互作用;检测ACAT1敲低或过表达对PGK1乙酰化水平的影响;检测ACAT1敲低对糖酵解的影响;使用ACAT1抑制剂K-604处理;检测ACAT1敲低对HUVEC功能的影响。
确证TRIM8介导的PGK1 K63泛素化是ACAT1结合和PGK1乙酰化的必要步骤。
检测TRIM8敲低或过表达对PGK1乙酰化水平及PGK1-ACAT1相互作用的影响;通过质谱鉴定PGK1泛素化位点(K146);构建K146R突变体,检测其泛素化、与ACAT1结合能力、糖酵解活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素和链霉素 | Servicebio | -- | |
| HUVEC培养 | 内皮细胞培养基 | ScienceCell | 1001 |
| 胎牛血清 | ScienceCell | 0025 | |
| 内皮细胞生长补充剂 | ScienceCell | 1052 | |
| 抗生素溶液 | ScienceCell | 0503 | |
| 细胞鉴定 | 抗血管性血友病因子抗体 | Bioss | Bs-0586R |
| 抗PECAM1抗体 | Abcam | ab9498 | |
| 细胞转染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | TAKARA | -- |
| RT-qPCR | 逆转录系统 | TAKARA | -- |
| TB Green PCR预混液 | TAKARA | -- | |
| 7500 Fast实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories | -- |
| 细胞迁移 | 24孔板插入式小室 | Corning | -- |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Sigma-Aldrich | -- |
| 管形成实验 | μ-Slide血管生成板 | ibidi | -- |
| 基质胶 | Corning, BD Biosciences | -- | |
| 钙黄绿素AM | -- | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| Western blot | 抗TRIM8抗体 | Proteintech | 27463-1-AP |
| 抗PGK1抗体 | Proteintech | 17811-1-AP | |
| 抗ACAT1抗体 | Cell Signaling Technology | #44276 | |
| 抗泛素抗体 | Santa Cruz | #sc-8017 | |
| 抗乙酰化赖氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | #9441 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | #2118 | |
| 抗微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | #5568 | |
| 抗His标签抗体 | Santa Cruz | sc-8036 | |
| 抗HA标签抗体 | Santa Cruz | sc-7392 | |
| 抗Flag标签抗体 | Cell Signaling Technology | #14793 | |
| 质谱分析 | Pierce银染试剂盒 | -- | -- |
| 液相色谱-串联质谱 | Thermo | 24600 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A免疫沉淀试剂 | Roche | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| 代谢检测 | 葡萄糖检测试剂盒 | Sigma | -- |
| 乳酸检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K044-M | |
| 糖酵解速率检测 | XF24培养基 | Agilent Technologies | -- |
| Seahorse XF24细胞外通量分析仪 | Seahorse Bioscience | -- | |
| 葡萄糖 | -- | -- | |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| 2-脱氧葡萄糖 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 胃癌细胞系SGC7901和BGC823的培养基配方(RPMI-1640含10% FBS、100U/mL青霉素和链霉素);HUVEC的培养基(ECM含FBS、ECGS、P/S);培养条件37°C、5%CO2 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell lines and cell culture 和 HUVEC extraction and identification |
| 细胞转染和筛选 | TRIM8、PGK1、ACAT1的过表达质粒或shRNA的构建来源(Hanbio);感染时polybrene浓度(8μg/mL);筛选药物嘌呤霉素浓度(2μg/mL) 阅读提示:Materials and methods 中的 Plasmid and lentivirus construction and transfection |
| 共培养和血管生成实验 | Transwell共培养系统(孔径0.6μm);HUVEC迁移实验(24-well insert,3μm孔径,1×10^4细胞,18h);管形成实验(基质胶包被,1×10^4 HUVEC,7h);大鼠主动脉环实验(1-2mm环,7天培养);每组重复数(n=3) 阅读提示:Materials and methods 中的 In vitro co-culture system, In vitro HUVEC migration assay, Endothelial cell tube formation assay, Rat aortic ring assay |
| 体内肿瘤模型 | BALB/c裸鼠(雌性,4-6周龄),每组5只;皮下注射2×10^6胃癌细胞;肿瘤体积计算(V=width^2×length/2),每两天测量 阅读提示:Materials and methods 中的 Animal studies and clinical specimens 和 In vivo tumorigenesis |
| 代谢检测 | 葡萄糖消耗和乳酸产生的测定方法;Seahorse ECAR实验中细胞密度(5×10^4/孔)、葡萄糖(10mM)、寡霉素(1mM)、2-DG(100mM)的浓度;ACAT1抑制剂K-604浓度(0.5μM) 阅读提示:Materials and methods 中的 Measurement of glucose consumption and lactate production 和 Glycolytic rate assay |
| 机制验证 | 泛素化实验的质粒组合(HA-PGK1、His-Ub及突变体);免疫沉淀(IP)的裂解缓冲液配方;环己酰亚胺(CHX)浓度(50μg/mL)处理时间(8h);质谱分析中Flag-TRIM8过表达细胞 阅读提示:Materials and methods 中的 Immunoprecipitation (IP) assay 和 Mass spectrometry analysis,以及 Results 中的 TRIM8 promotes K63-linked ubiquitination of PGK1 and its stability |