单细胞转录组数据整合与分析
鉴定AKI后肾巨噬细胞亚群及其细胞间通讯变化。
整合GEO数据库中uIRI诱导的AKI和对照小鼠肾脏scRNA-seq数据,进行质控、批次效应校正、聚类和细胞类型注释,利用CellChat分析细胞通讯,并进行DEGs、GO、伪时间、PPI等分析。
Single-cell transcriptomic analysis reveals the association of Ccl6+Ccr2+Arg1+ macrophages with renal interstitial fibrosis in AKI.
整合scRNA-seq分析、动物模型(uIRI)、体外BMDM功能实验、Ccr2拮抗剂体内干预及多重免疫荧光验证,涵盖多层级证据。
雄性C57BL/6小鼠uIRI诱导的AKI模型 骨髓来源巨噬细胞(BMDMs) 整合的scRNA-seq数据集(AKI和对照)
AKI模型诱导方式:uIRI,肾蒂夹闭30分钟,第7天取样 Ccr2拮抗剂INCB3344的给药方案:术前一天开始,30 mg/kg腹腔注射,每日一次 BMDM处理:Ccl6重组蛋白100 ng/mL,处理24小时 样本量:sham和AKI组各n=6,Ccr2拮抗剂组n=3 统计阈值:P<0.05,相关性分析采用Spearman系数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定AKI后肾巨噬细胞亚群及其细胞间通讯变化。
整合GEO数据库中uIRI诱导的AKI和对照小鼠肾脏scRNA-seq数据,进行质控、批次效应校正、聚类和细胞类型注释,利用CellChat分析细胞通讯,并进行DEGs、GO、伪时间、PPI等分析。
验证单细胞分析结果并评估肾损伤和纤维化程度。
对雄性C57BL/6小鼠进行uIRI手术诱导AKI,第7天收集肾脏样本,进行H&E、PSR和Masson染色评估肾小管损伤和纤维化。
验证Ccl6、Ccr2和Arg1在AKI肾组织中的共表达及蛋白水平变化。
对肾组织切片进行多重免疫荧光染色,检测Ccl6、Ccr2、Arg1和F4/80的表达及共定位;Western blot检测Ccr2蛋白水平。
评估抑制Ccr2对巨噬细胞浸润和肾纤维化的影响。
对AKI小鼠腹腔注射Ccr2拮抗剂INCB3344,第7天收集肾脏,通过免疫荧光检测Arg1和F4/80共表达,并通过Masson和Sirius Red染色评估纤维化。
验证Ccl6对巨噬细胞迁移、增殖和极化的影响。
从小鼠骨髓分离BMDMs,用Ccl6(100 ng/mL)处理24小时,进行Transwell迁移实验、CCK-8增殖实验和流式细胞术检测Arg1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | INCB3344 | Abcam | HY-50674 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| BMDM专用培养基 | FuHeng Bio | PY-M079 | |
| 红细胞裂解液 | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Lablead | CK001 |
| 细胞迁移检测 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 结晶紫 | Leagene | DZ0062 | |
| 细胞处理 | Ccl6重组蛋白 | Abcam | HY-P7143 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Ccr2抗体 | Proteintech Group, Inc | 16153-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech Group, Inc | 60004-1-Ig | |
| Invitrogen iBright成像仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫荧光 | Ccl6抗体 | Bioss | bs-2476R |
| Ccr2抗体 | Proteintech Group, Inc | 16153-1-AP | |
| Arg1抗体 | Proteintech Group, Inc | 66129-1-Ig | |
| F4/80抗体 | Proteintech Group, Inc | 29414-1-AP | |
| 蛋白封闭剂 | Dako | X9090 | |
| 酪胺信号放大试剂 | Perkin Elmer | -- | |
| 流式细胞术 | 可固定活力染料700 | BD Horizon | 564997 |
| 小鼠Fc受体阻断剂 | BD Pharmingen | 553141 | |
| Arg1抗体 | Bioss | bs-8585R-BF488 | |
| RT-qPCR | 7500实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 组织学 | 天狼星红 | -- | -- |
| 酸性品红 | -- | -- | |
| 苯胺蓝 | -- | -- | |
| 图像采集 | Leica DMi1倒置显微镜 | Leica Camera AG | -- |
| 微孔板读数 | Varioskan Flash 3001酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AKI模型建立 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;麻醉方案(氯胺酮80-100mg/kg和甲苯噻嗪10mg/kg腹腔注射);手术温度;肾蒂夹闭时间(30分钟);术后取样时间(第7天)。 阅读提示:Methods - Establishment of AKI model |
| Ccr2拮抗剂处理 | 药物(INCB3344)剂量(30mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、给药时间(术前一天开始,每日一次)、给药终点(术后第7天)。 阅读提示:Methods - Establishment of AKI model |
| 单细胞数据整合 | 使用的数据集ID(AKI组和对照组)、质控标准(基因数、UMI、线粒体比例、双细胞去除)、聚类分辨率(0.5)。 阅读提示:Methods - Data collection from public databases, Quality control, Batch effect correction |
| 体外BMDM实验 | BMDM分离方法(骨髓冲洗、红细胞裂解)、细胞密度(Transwell上室5×10^5细胞/孔,CCK-8 7×10^4细胞/孔)、处理浓度(Ccl6 100ng/mL)和处理时间(24小时)。 阅读提示:Methods - Isolation of Bone Marrow-Derived Macrophages, CCK-8 assay, Transwell assay |
| 免疫荧光和共定位分析 | 抗体浓度(Ccl6 1:100,Ccr2 1:100,Arg1 1:2000,F4/80 1:200)、组织切片厚度(4μm)、抗原修复方式(微波加热)、TSA放大步骤、共定位系数计算(Pearson和Manders)。 阅读提示:Methods - Immunofluorescence |
| 组织学染色 | 组织固定(4%多聚甲醛)、切片厚度(4-6μm)、染色步骤和试剂(天狼星红、Masson等)的具体条件。 阅读提示:Methods - H&E staining, Picrosirius red staining, Masson's trichrome staining |