多组学数据整合和差异基因筛选
识别在慢性胃炎-萎缩性胃炎-胃癌进展中差异表达的核心基因。
整合GSE27411、GSE116312和TCGA-STAD数据集,进行差异表达分析(阈值|log2FC|>1, FDR<0.05),并通过Venn图取交集。
SCIN: A Key Driver in Chronic Atrophic Gastritis-Gastric Cancer Cascade with Implications for Immunity and Prognosis.
包含多组学生物信息学分析、临床样本验证(RT-qPCR、Western blot)及体外功能实验(CCK-8、Transwell、流式细胞术),证据层级丰富。
人胃癌细胞系MGC-803、SGC-7901、MKN-45 人正常胃上皮细胞系GES-1 临床胃组织样本(8例对照、12例CAG、8例GC)
样本来源:GSE27411(6对照 vs 6 CAG)、GSE116312(3 CAG vs 3 GC)、TCGA-STAD(36对照 vs 412 GC) 临床样本:28例胃组织,来自安徽中医药大学第二附属医院,8例对照、12例CAG、8例GC 细胞系:GES-1、MGC-803、SGC-7901、MKN-45,siRNA敲低效率验证 siRNA-SCIN 1序列及转染条件(Lipofectamine 3000) 统计分析:P<0.05,独立重复至少三次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别在慢性胃炎-萎缩性胃炎-胃癌进展中差异表达的核心基因。
整合GSE27411、GSE116312和TCGA-STAD数据集,进行差异表达分析(阈值|log2FC|>1, FDR<0.05),并通过Venn图取交集。
确定与CAG-GC进展相关的关键模块和核心调控网络。
对GSE27411和GSE116312进行WGCNA,识别与CAG和GC相关的模块,取交集获得SCIN;构建以SCIN为中心的ceRNA网络,预测miRNA和lncRNA。
阐明SCIN相关的生物学通路及其与免疫微环境的关系。
进行GSVA和GSEA富集分析,比较Control vs CAG和CAG vs GC;使用CIBERSORT评估免疫细胞浸润,分析SCIN与免疫检查点的相关性。
验证SCIN在CAG和GC组织中表达逐步升高。
收集28例胃组织样本(8对照、12 CAG、8 GC),通过RT-qPCR和Western blot检测SCIN表达。
确定SCIN在胃癌细胞增殖、迁移、凋亡和细胞周期中的作用。
在MGC-803细胞中敲低SCIN(siRNA),进行CCK-8、Transwell和流式细胞术检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取与逆转录 | TRIzol试剂 | Life Technologies | 12897014 |
| TaKaRa逆转录试剂盒 | TaKaRa | RR079A | |
| RT-qPCR | SYBR Green | -- | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0025B |
| SDS-PAGE上样缓冲液 | Zs-BIO | ZLI-8059 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00031 | |
| SCIN抗体 | Bioss | bs-0812R | |
| β-actin抗体 | Zsbio | TA-08 | |
| HRP标记二抗 | Zsbio | ZB-2508 | |
| ECL化学发光试剂 | Biosharp | BL820A | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Transwell迁移实验 | Transwell小室 | Corning | 2677 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | Biosharp | BS350B |
| 流式凋亡检测 | Annexin V-FITC | MultiSciences | AP105 |
| 流式细胞术 | CytoFLEX流式细胞仪 | BECKMAN | -- |
| 药物处理 | 多西他赛 | Jiangsu Hengrui Medicine Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RNA-seq数据处理 | 数据来源和预处理参数,包括批次效应校正方法(ComBat)和基因筛选阈值(TPM/FPKM < 1在≥50%样本中排除)。 阅读提示:Materials and Methods - RNA Sequencing Dataset Acquisition |
| WGCNA | 软阈值β和网络构建参数,GSE27411(β=16)、GSE116312(β=30)。 阅读提示:Materials and Methods - WGCNA |
| 临床样本验证 | 样本量(8对照、12 CAG、8 GC)、组织来源、RT-qPCR引物序列和Western blot抗体信息。 阅读提示:Materials and Methods - Clinical Sample Validation; Figure 9 |
| 细胞功能实验 | 细胞系、siRNA序列、转染试剂和条件、CCK-8细胞密度和孵育时间、Transwell孔径和迁移时间、流式凋亡和细胞周期染色方案。 阅读提示:Materials and Methods - In vitro Experiment Validation; Figures 10-11 |