转录组数据分析和CD36鉴定
识别PE胎盘中与脂质代谢相关的关键基因及其信号通路。
对既往转录组测序数据进行GSEA分析,鉴定脂质代谢相关差异表达基因,并通过GO和KEGG富集分析验证通路,确定CD36为关键基因。
Fatty Acid Transporter CD36 Promotes Ox-LDL-Induced Senescence of Vascular Endothelial Cells in Preeclampsia.
包含了转录组分析、临床样本验证(qRT-PCR、Western blot、免疫组化等)及体外细胞实验(过表达/敲低CD36、ox-LDL处理、功能检测)等多个独立证据层级,并有功能验证。
人脐静脉内皮细胞(HUVEC) HTR8/SVneo细胞 PE患者胎盘及血浆样本
CD36在胎盘血管内皮细胞中的表达定位 ox-LDL干预浓度150 μg/mL及处理时间24小时 过表达和敲低CD36的验证效率 衰老标志物(CDKN2A、CDKN1A、TP53)及SASP因子(IL-6、CXCL-8、TNF-α)的检测 共培养体系及细胞迁移、侵袭实验条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别PE胎盘中与脂质代谢相关的关键基因及其信号通路。
对既往转录组测序数据进行GSEA分析,鉴定脂质代谢相关差异表达基因,并通过GO和KEGG富集分析验证通路,确定CD36为关键基因。
验证CD36和ox-LDL在PE胎盘中的表达及定位。
使用qRT-PCR、Western blot、免疫组化和免疫荧光检测胎盘组织中CD36和ox-LDL的表达及共定位;ELISA检测血浆中sCD36和ox-LDL水平。
在HUVEC中验证CD36对ox-LDL诱导的衰老和功能障碍的作用。
通过质粒和siRNA转染HUVEC过表达或敲低CD36,然后用ox-LDL处理,检测衰老标志物、炎症因子、ROS水平、血管生成能力。
评估衰老内皮细胞分泌组对滋养层迁移和侵袭的影响。
收集不同处理组HUVEC的条件培养基,用于HTR8/SVneo细胞的划痕实验和transwell侵袭实验,检测迁移和侵袭能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| qRT-PCR | LightCycler 480系统 | Roche | -- |
| HiScript逆转录试剂盒 | Vazyme | -- | |
| ChamQ SYBR Green qPCR试剂盒 | Vazyme | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| CD36抗体 | Proteintech | 18836-1-AP | |
| ox-LDL抗体 | Cloud-Clone | PAA527Hu08 | |
| CDKN2A抗体 | Proteintech | 10883-1-AP | |
| CDKN1A抗体 | Proteintech | 10355-1-AP | |
| TP53抗体 | Proteintech | 10442-1-AP | |
| HRP标记二抗 | Bioss | bs-0295G-HRP | |
| ECL发光液 | Beyotime | -- | |
| 凝胶成像系统 | Biolight | -- | |
| 免疫组织化学 | CD36抗体 | Proteintech | 18836-1-AP |
| ox-LDL抗体 | Cloud-Clone | PAA527Hu08 | |
| 山羊抗兔二抗 | Abcam | ab205718 | |
| 显微镜 | Olympus | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Meimian | -- |
| SpectraMax I3x酶标仪 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | CD36抗体 | Proteintech | 18836-1-AP |
| β-半乳糖苷酶抗体 | Bioss | bs-4960R | |
| 二抗 | Abcam | ab205718 | |
| iFluor 488酪胺工作液 | AAT Bioquest | -- | |
| 洗涤缓冲液 | Biossci | -- | |
| ox-LDL抗体 | Cloud-Clone | PAA527Hu08 | |
| 二抗 | Life Technologies | A32754 | |
| DAPI染色液 | Solarbio | -- | |
| 荧光封片剂 | Southern Biotech | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞干预 | 氧化低密度脂蛋白 | Yiyuan biotechnology | -- |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Beyotime | -- |
| 共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 血管生成实验 | 基底膜基质胶 | Corning | -- |
| 细胞迁移/侵袭实验 | 结晶紫 | Beyotime | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本类型、数量(PE和对照)、孕周、BMI匹配、诊断标准、胎盘采集部位和时间 阅读提示:Material and Methods中“Plasma and Placental Samples”及表S1 |
| CD36和ox-LDL检测 | 抗体稀释比例、孵育时间、检测方法(WB、IHC、IF) 阅读提示:Material and Methods中“Western Blot”、“Immunohistochemistry”、“Immunofluorescence” |
| 细胞培养和转染 | 细胞系(HUVEC、HTR8/SVneo)、培养基、转染试剂、质粒和siRNA序列、转染时间 阅读提示:Material and Methods中“Cell Culture”、“Cell Transfection”及表S2 |
| ox-LDL处理 | ox-LDL浓度(150 μg/mL)、处理时间(24小时)、处理时机(转染后8小时) 阅读提示:Material and Methods中“Cellular Intervention with Ox-LDL”及参考文献30 |
| 衰老和功能检测 | 衰老标志物(CDKN2A、CDKN1A、TP53)、SASP因子(IL-6、CXCL-8、TNF-α)、ROS探针浓度、血管生成实验基质胶和细胞密度、划痕实验和transwell实验条件 阅读提示:Material and Methods中相关实验部分及图4图例 |