验证SUV39H1对DPSCs成骨分化和骨再生的影响
确定SUV39H1在DPSCs成骨分化中的功能作用
通过慢病毒敲低和逆转录病毒过表达SUV39H1,检测ALP活性、茜素红染色、钙离子定量、成骨标志物(OSX, RUNX2, OCN)表达;并建立大鼠颅顶骨缺损模型和裸鼠皮下移植模型评估骨再生。
SUV39H1 facilitate the osteogenic differentiation of dental pulp stem cells by modulating lipid metabolism and mitochondrial dynamics through FASN via non-histone methylation and ubiquitination mechanism.
包含体外细胞实验、动物体内移植实验、脂质代谢组学、线粒体功能检测及分子机制验证(Co-IP, GST pull-down)等多层级证据。
人牙髓干细胞(DPSCs) HEK293T细胞 大鼠颅顶骨缺损模型 裸鼠皮下移植模型
SUV39H1敲低和过表达的DPSCs稳定转染 成骨诱导培养基(Stempro® Osteogenesis Differentiation Medium) MG132浓度(20 μM)和处理时间(6小时) 动物实验中使用的细胞数量(2×10^6)和材料(HA/磷酸三钙) Seahorse线粒体压力测试中的化合物浓度(oligomycin 1.5 μM, rotenone/antimycin 1.0 μM, FCCP 1.0 μM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定SUV39H1在DPSCs成骨分化中的功能作用
通过慢病毒敲低和逆转录病毒过表达SUV39H1,检测ALP活性、茜素红染色、钙离子定量、成骨标志物(OSX, RUNX2, OCN)表达;并建立大鼠颅顶骨缺损模型和裸鼠皮下移植模型评估骨再生。
探究SUV39H1是否影响线粒体功能和脂质代谢
使用Seahorse XFe24分析仪检测对照组和SUV39H1敲低或过表达DPSCs的OCR(基础呼吸、最大呼吸、质子漏、ATP产生);使用脂质代谢组学分析对照组和SUV39H1过表达DPSCs的脂质代谢物变化。
探索SUV39H1调节脂质代谢的分子机制
通过质谱鉴定SUV39H1结合蛋白;Co-IP验证SUV39H1-FASN复合物;通过MG132处理确认FASN降解依赖泛素-蛋白酶体途径;通过软件预测和GST pull-down验证FASN K22位点的甲基化。
确定FASN在DPSCs成骨分化中的作用
通过慢病毒敲低FASN,检测ALP活性、茜素红染色、OCN表达以及OCR。
探究SUV39H1的上游调控机制
通过双荧光素酶报告基因验证miR-4788与SUV39H1 3'UTR的结合;使用miR-4788 inhibitor和mimic转染DPSCs,检测SUV39H1表达和成骨分化;并在裸鼠体内验证miR-4788敲低对骨再生的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 间充质干细胞培养基 | -- | -- |
| Stempro®成骨分化培养基 | Invitrogen | A1007201 | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 青霉素 | Invitrogen | -- | |
| 链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 药物处理 | MG132 | -- | -- |
| 分子克隆 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| G418 | -- | -- | |
| RT-PCR | 总RNA提取试剂盒 | Vazyme | R711-01 |
| HiScript III逆转录预混液(qPCR用) | Vazyme | R323-01 | |
| MagicSYBR混合液 | CWBIO | CW3008 | |
| miRNA检测 | Taqman microRNA逆转录试剂盒 | Invitrogen | 4366596 |
| U6 TaqMan探针 | Applied Biosystems | 001973 | |
| hsa-miR-4788 TaqMan探针 | Applied Biosystems | -- | |
| TaqMan™ microRNA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 4440888 | |
| Western blot | 含蛋白酶抑制剂的裂解缓冲液 | Applygen | P1265 |
| 磷酸酶抑制剂 | Applygen | P1260 | |
| RNase A | Vazyme | R301 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| SuperSignal化学发光底物 | Pierce | -- | |
| 抗骨钙素抗体 | Abcam | ab133612 | |
| 抗SUV39H1抗体 | Proteintech | 10574-1-AP | |
| 抗FASN抗体 | Abcam | ab128870 | |
| GAPDH抗体 | Applygen | C1312 | |
| 山羊抗兔IgG | Abcam | ab6721 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab205719 | |
| 成骨分化检测 | 碱性磷酸酶活性检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | E1910 |
| 质谱分析 | 快速银染试剂盒 | Beyotime | -- |
| 免疫共沉淀 | 免疫共沉淀裂解液 | Invitrogen | -- |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| HA标签磁珠 | Thermo Scientific Pierce | -- | |
| 抗IgG抗体 | Bioss | bs-0297P | |
| GST pull-down | 谷胱甘肽S转移酶琼脂糖珠 | GenScript | L00206 |
| 镍-次氮基三乙酸琼脂糖珠 | GenScript | L00250 | |
| 抗甲基化赖氨酸抗体 | Abcam | ab23366 | |
| 抗GST抗体 | Abcam | ab152884 | |
| 动物实验 | 羟基磷灰石/磷酸三钙 | Engineering Research Center for Biomaterials, Chengdu, China | -- |
| 微型CT | Siemens | -- | |
| 组织学 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | G1346 |
| 线粒体功能检测 | Seahorse XF-24细胞外通量分析仪 | Agilent | -- |
| 线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | -- | |
| 寡霉素 | Agilent | -- | |
| FCCP | Agilent | -- | |
| 脂质代谢组学 | 脂质代谢物检测 | Anlong Company | -- |
| 统计分析 | SPSS 22 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和病毒感染 | DPSCs来源(Pricella Biotechnology)、代数(3-5代)、培养条件(37°C,5% CO2)、转染试剂(polybrene)、筛选抗生素(嘌呤霉素、G418)和时间 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and osteogenic differentiation; Plasmid construction and viral infection |
| 成骨分化检测 | 成骨诱导培养基(Stempro®)、诱导时间(ALP 5天,ARS 2周)、染色和定量方法 阅读提示:Materials and methods - Alkaline phosphatase activity and Alizarin red staining; Results - 相应图注 |
| 线粒体功能检测 | Seahorse XFe24分析仪、细胞数量、预孵育时间(45分钟)、化合物浓度(oligomycin 1.5 μM, FCCP 1.0 μM, rotenone/antimycin 1.0 μM)、测量间隔(8分钟) 阅读提示:Materials and methods - Oxygen consumption rate (OCR) |
| 分子机制验证 | Co-IP抗体、GST pull-down蛋白表达、SAM浓度(50 μM)、MG132浓度(20 μM)和时间(6小时) 阅读提示:Materials and methods - Co-IP, GST pull-down; Results - SUV39H1 methylated FASN... |
| 动物移植实验 | 动物品系和年龄(裸鼠8周龄雌性,大鼠8周雌性)、细胞数量(2×10^6)、材料(HA/磷酸三钙 20 mg)、移植时间(裸鼠8周,大鼠12周)、麻醉剂量(戊巴比妥钠 30 mg/kg) 阅读提示:Materials and methods - Transplantation in nude mice; Transplantation in rat cranial parietal bone |