组织样本收集与TMA构建
收集并组织经病毒或非病毒炎症确认的FFPE样本,用于IHC比较。
收集既往研究的FFPE样本,构建TMA,包含病毒感染(n=27)和非病毒炎症(n=15)样本,以及正常对照。
Immunohistochemical Profiling of Interferon-Stimulated Genes in Histopathological Specimens: A Potential Screening Approach for Viral Infections.
包含临床FFPE样本的IHC分析及细胞培养感染实验,但缺乏动物模型或功能验证,验证层级有限。
FFPE临床组织样本(病毒感染与非病毒性炎症) Caco-2细胞(CVB3感染模型)
MxA抗体克隆M143,1:400稀释,HIER 48分钟CC1 MxA在病毒感染中的敏感性0.70,特异性0.73 EBV感染5例全部MxA阳性,HPV感染5例全部MxA阴性 CVB3感染Caco-2细胞中ISGs无差异表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集并组织经病毒或非病毒炎症确认的FFPE样本,用于IHC比较。
收集既往研究的FFPE样本,构建TMA,包含病毒感染(n=27)和非病毒炎症(n=15)样本,以及正常对照。
优化ISG抗体的IHC方案,以最小化背景并最大化感染与正常组织间的信号差异。
使用病毒和正常组织TMA,测试不同抗体稀释度、抗原修复条件及信号放大步骤,确定最优方案。
评估ISG在病毒和非病毒炎症样本中的表达情况,并与正常对照比较。
两名病理医生独立判读,比较感染/炎症样本与正常对照的IHC染色强度,记录阳性/阴性。
评估各ISG在病毒与非病毒炎症间的差异,并计算诊断性能。
为每个ISG构建2x2列联表,计算比值比(OR)、p值(Fisher精确检验)、敏感性和特异性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | Ventana BenchMark Ultra 仪器 | Roche Diagnostics | -- |
| Dako Omnis 仪器 | Agilent | -- | |
| MxA抗体(M143) | Sigma-Aldrich | MABF938 | |
| MxA多克隆抗体 | Abcam | Ab95926 | |
| PKR抗体 | Bio-techne | MAB1980 | |
| MDA5抗体 | Proteintech | 66770-1-Ig | |
| RIG-1抗体 | Novus biologicals | NBP2-45678 | |
| PD-L1抗体 | Agilent | M3653 | |
| SARS抗体 | Novus biologicals | NB100-56576 | |
| CMV抗体 | DAKO | M | |
| HSV抗体 | DAKO | GA52161 | |
| EBER探针 | Roche | 800-2842 | |
| HPV抗体 | Chemicon | MAB837 | |
| VP1抗体 | Agilent | M706401-2 | |
| ISG15抗体 | Invitrogen | PA5-31865 | |
| pIRF3抗体 | Bioss antibodies | Bs-3195R | |
| pIRF7抗体 | Bioss antibodies | Bs-3196R | |
| Optiview DAB | Ventana | 760-700 | |
| Ultraview RED | Ventana | 760-501 | |
| EnVision Flex | Dako | GV800 | |
| EnVision Flex抗体稀释液 | Dako | -- | |
| 苏木素II | Roche Diagnostics | 790-2208 | |
| 细胞培养 | Caco-2细胞 | ATCC | -- |
| 柯萨奇病毒B3 Nancy株 | ATCC | -- | |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 庆大霉素 | -- | -- | |
| 甲醛 | -- | -- | |
| 低熔点琼脂糖 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗体克隆、稀释度、抗原修复条件(HIER时间、缓冲液)、孵育时间和可视化系统 阅读提示:见Materials and Methods, Immunohistochemistry部分和Table 1 |
| 样本选择 | 病毒感染类型、非病毒炎症类型、正常对照数量、样本固定时间 阅读提示:见Materials and Methods, Tissue Samples和Table 2 |
| 细胞培养 | 细胞系、病毒株、感染时间、固定条件 阅读提示:见Materials and Methods, Cell Cultures部分 |
| 判读标准 | 阳性判读标准:与正常对照比较,明显强于所有5个正常对照 阅读提示:见Materials and Methods, Interpretation部分 |
| 统计分析 | 统计检验方法、显著性水平、置信区间 阅读提示:见Materials and Methods, Statistics部分 |