表征SHED-CM和其他MSC-CM的蛋白质组
分析SHED-CM与不同来源MSC-CM的分泌因子组成,确定其独特特征和富集通路。
使用细胞因子抗体阵列(440个人类细胞因子)和LC-MS分析SHED-CM、骨髓、脂肪、毛囊和脐带来源的MSC-CM,并进行Reactome通路分析和GO分析。
Conditioned media of stem cells from human exfoliated deciduous teeth contain factors related to extracellular matrix organization and promotes corneal epithelial wound healing.
包含体外细胞迁移实验、角膜上皮刮除小鼠模型和慢性GVHD小鼠模型等多个独立证据层级,并进行蛋白质组学和机制验证。
人角膜上皮细胞(HCEpCs) 角膜上皮刮除小鼠模型(BALB/cCrSlc小鼠) 慢性GVHD小鼠模型(B10.D2/nSnSlc → BALB/cCrSlc)
SHED-CM浓度:210 μg/mL,IM-SHED-CM:109 μg/mL,>3.5 kD组分:505 μg/mL(Hi)和50 μg/mL(Lo)用于刮除模型;cGVHD模型使用SHED-CM 210 μg/mL、IM-SHED-CM 109 μg/mL、>3.5 kD Hi 505 μg/mL和>3.5 kD Lo 50 μg/mL 治疗频率:刮除模型为每日四次;cGVHD模型为每日两次,持续21天(BMT后第7天至第28天) 体外划痕实验: HCEpCs接种密度8×10^4细胞/孔,划痕后与总蛋白浓度51 μg/mL的CM孵育24小时 cGVHD模型:BMT后第28天进行CFS评分和免疫组化分析 统计学方法:Shapiro-Wilk检验、Bartlett检验、单因素方差分析(Tukey-Kramer事后检验)或Welch ANOVA(Dunnett's T3事后检验),显著性水平P < .05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析SHED-CM与不同来源MSC-CM的分泌因子组成,确定其独特特征和富集通路。
使用细胞因子抗体阵列(440个人类细胞因子)和LC-MS分析SHED-CM、骨髓、脂肪、毛囊和脐带来源的MSC-CM,并进行Reactome通路分析和GO分析。
验证SHED-CM及其组分是否能促进人角膜上皮细胞的迁移。
在48孔板中培养HCEpCs至单层,用移液枪头划痕,然后用SHED-CM、IM-SHED-CM和>3.5kD组分(总蛋白51 μg/mL)处理,培养24小时后分析划痕面积。
评估SHED-CM及其组分滴眼液对体内角膜上皮伤口愈合的影响。
在BALB/cCrSlc小鼠角膜中央用3mm环钻标记并刮除上皮,然后每日四次给予SHED-CM、IM-SHED-CM、>3.5kD组分(Hi和Lo)或PBS滴眼液,每12小时通过荧光素染色和显微镜观察拍照,分析上皮缺损面积。
评估SHED-CM滴眼液是否能减轻cGVHD相关的角膜上皮损伤、炎症和氧化应激,并维持角膜缘干细胞标志物。
使用MHC匹配、miHA错配的BMT建立cGVHD模型(B10.D2 → BALB/c),从BMT后第7天开始每日两次给予SHED-CM、IM-SHED-CM、>3.5kD组分或PBS滴眼液,持续21天。BMT后28天进行角膜荧光素染色评分、全角膜CD45免疫染色、角膜缘干细胞标志物(ABCB5、p63)和氧化应激标志物(8-OHdG、4-HNE)的免疫组化分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 胶原酶 | -- | -- | |
| 胰蛋白酶/EDTA | -- | -- | |
| 抗生素-抗真菌剂 | -- | -- | |
| 细胞永生化 | SV40基因慢病毒载体 | Applied Biological Materials Inc. | -- |
| 条件培养基制备 | Stericup Quick Release-GP无菌真空过滤系统 | Merck | S2GPU05RE |
| Spectra/Por™ 7透析膜 | Fujifilm | 132,110 | |
| LC-MS分析 | Q Exactive超高分辨杂化四极杆Orbitrap质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| UltiMate 3000纳升液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| HTC-PAL自动进样器 | CTC Analytics | -- | |
| ReproSil-Pur C18-AQ色谱柱 | Dr. Maisch | -- | |
| 细胞因子阵列 | RayBio人类细胞因子抗体阵列G系列4000 | Raybiotech | -- |
| 骨髓来源的人MSC-CM | Takara Bio | C-12974 | |
| 脂肪组织来源的人MSC-CM | Takara Bio | C-12977 | |
| 脐带来源的人MSC-CM | Takara Bio | C-12971 | |
| 免疫组织化学 | 抗p63抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-25268 |
| 抗ABCB5抗体 | Bioss Antibodies | bs-1604R | |
| 抗4-HNE抗体 | Japan Institute for the Control Aging | HNEJ-2 | |
| 抗8-OHdG抗体 | Genox | MOG-020P | |
| 靶标修复液 | Agilent Technologies | S169984 | |
| 正常山羊血清 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 012-000-120 | |
| DAPI | -- | -- | |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗兔IgG二抗 | Thermo Fisher Scientific | A11034 | |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗小鼠IgG二抗 | Thermo Fisher Scientific | A11029 | |
| THUNDER Imager 3D细胞培养成像系统 | Leica | -- | |
| 全角膜铺片染色 | 甲醛 | Fuji Film | 133-10311 |
| 氯化镁 | Nakarai | 95,812-85 | |
| 乙二醇双(2-氨基乙基醚)四乙酸 | Nakarai | 37,346-05 | |
| NP-40 | Nakarai | 25,223-04 | |
| 二甲基亚砜 | Nakarai | 13,407-45 | |
| Triton X-100 | Nakarai | 35,501-02 | |
| 正常山羊血清 | Thermo Fisher Scientific | 50062Z | |
| APC标记的CD45抗体 | Biolegend | 103,112 | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | 62,247 | |
| 荧光封片剂 | Agilent Technologies | S302380-2 | |
| 载玻片 | Matsunami | MAS-01 | |
| 角膜荧光素染色 | 荧光素钠 | Novartis Pharma | 877,290 |
| 显微镜(SZ61) | Olympus | -- | |
| 刮除模型 | Alger Brush II角膜锈环去除器 | Alger Co. | -- |
| 氧氟沙星 | -- | -- | |
| 体外划痕实验 | 人角膜上皮细胞 | KURABO | KC-4009 |
| OcuLife Comp试剂盒 | KURABO | -- | |
| D-PBS | -- | -- | |
| BMT模型 | RPMI1640培养基 | -- | -- |
| Gammacell 137铯源 | Hitachi Medico Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞因子阵列 | 使用的细胞因子阵列膜类型(RayBio G Series 4000),样品准备和扫描的重复数(文中提到所有扫描一式两份),以及用于比较的DMEM和不同来源MSC-CM的制备方法 阅读提示:Methods 2.9 Cytokine antibody array |
| LC-MS分析 | 质谱仪的型号和参数(Q Exactive,DIA模式,分辨率等),色谱柱规格和梯度,DIA-NN软件的版本和搜索参数(FDR 1%等) 阅读提示:Methods 2.8 Liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) analysis |
| 体外划痕实验 | HCEpCs的代数、接种密度(8×10^4细胞/孔)、培养时间(24小时)、划痕工具(1000 μL移液枪头)、处理浓度(总蛋白51 μg/mL)、孵育时间(24小时)和分析软件(ImageJ) 阅读提示:Methods 2.13 Scratch assay of human corneal epithelial cells (HCEpCs) |
| 角膜上皮刮除模型 | 小鼠品系、年龄(9周龄)、麻醉方法(戊巴比妥钠50 mg/kg ip)、环钻直径(3.0 mm)、刮除工具(Alger Brush II)、滴眼液浓度和频率(SHED-CM 210 μg/mL, IM-SHED-CM 109 μg/mL, >3.5kD Hi 505 μg/mL, >3.5kD Lo 50 μg/mL, 每日四次)、观察时间点(0, 12, 24, 36, 48小时)和每组样本量(n=5) 阅读提示:Methods 2.2 Corneal epithelial wound healing model and experimental procedure; Results 3.2 Figure 4 |
| cGVHD小鼠模型 | BMT供体和受体品系(B10.D2/nSnSlc 供体, BALB/cCrSlc 受体)、性别(雄性供体、雌性受体)、年龄(7-9周)、照射剂量(7 Gy)、细胞数量(1×10^6骨髓细胞和2×10^6脾细胞)、移植后处理时间(第7天至第28天)、滴眼液浓度和频率(每日两次)、CFS评分标准、免疫组化抗体浓度和孵育时间 阅读提示:Methods 2.3 Whole bone marrow transplantation (BMT); 2.4 Treatment of allogeneic BMT recipient mice with SHED-CM eye drops; 2.10 Immunohistochemistry; 2.11 Corneal whole-mount staining; 2.12 Corneal fluorescein staining; Results 3.3-3.5 and Figures 5-7 |