外泌体miRNA表达谱分析
鉴定与阿霉素耐药相关的外泌体miRNAs
对K562和K562/DOX细胞及化疗敏感和耐药AML患者的外泌体进行miRNA测序,并通过qPCR验证候选miRNAs的表达。
Exosomal miR-92b-5p regulates N4BP1 to enhance PTEN mono-ubiquitination in doxorubicin-resistant AML.
包含体外细胞实验(K562/K562/DOX)、患者样本分析、miRNA测序和功能验证,但缺乏动物模型和机制干预实验。
K562细胞及其阿霉素耐药株K562/DOX AML患者血浆外泌体样本 293T细胞(双荧光素酶报告实验)
外泌体miR-92b-5p在耐药细胞和患者中的表达上调(qPCR验证) miR-92b-5p与N4BP1 3'-UTR直接结合(双荧光素酶报告实验) NEDD4与N4BP1及PTEN的相互作用(Co-IP验证) PTEN单泛素化水平及亚细胞定位变化(Western blot和免疫荧光) miR-92b-5p对细胞增殖和凋亡的影响(CCK-8和流式细胞术)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与阿霉素耐药相关的外泌体miRNAs
对K562和K562/DOX细胞及化疗敏感和耐药AML患者的外泌体进行miRNA测序,并通过qPCR验证候选miRNAs的表达。
验证miR-92b-5p直接靶向N4BP1
通过双荧光素酶报告实验验证miR-92b-5p与N4BP1 3'-UTR的结合,并通过qPCR和Western blot检测N4BP1的表达变化。
验证N4BP1参与NEDD4介导的PTEN单泛素化并检测蛋白相互作用
通过Co-IP检测NEDD4与N4BP1、NEDD4与PTEN的相互作用,并评估PTEN单泛素化水平。
探究miR-92b-5p对PTEN定位、RAD51表达和PI3K-AKT-mTOR通路的影响
通过Western blot和免疫荧光检测PTEN在细胞核和细胞质的分布,以及RAD51和PI3K-AKT-mTOR通路蛋白的表达水平。
验证miR-92b-5p对细胞增殖、凋亡和阿霉素敏感性的影响
通过CCK-8检测细胞活力,流式细胞术检测凋亡,并测定阿霉素IC50。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | EVERYGREEN | 11012-8611 | |
| 药物处理 | 阿霉素 | KeyGen | KGA8184 |
| 转染 | miR-92b-5p模拟物 | RIBO | R10034.9 |
| miR-92b-5p抑制剂 | RIBO | R10034.9 | |
| 外泌体分离 | 外泌体纯化试剂盒-Exosupur | Echo Biotech | Echo9101A-30ml |
| 外泌体纯化试剂盒-Exosupur | Echo Biotech | Echo9101A-10ml | |
| 外泌体浓缩 | 100kD超滤管 | Merck Millipore | -- |
| RNA提取 | miRNeasy微型试剂盒 | Qiagen | 217004 |
| cDNA合成 | TransScript miRNA第一链cDNA合成SuperMix | TransGen | AT351 |
| HiScript II Q RT SuperMix qPCR | Vazyme | R223 | |
| qPCR | PerfectStart Green qPCR SuperMix | TransGen | AQ601 |
| LightCycler 480 II实时PCR系统 | Roche | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | KeyGen | KGP702 |
| 细胞质和核蛋白提取试剂盒 | KeyGen | KGP150 | |
| Western blot | HRP标记的抗兔IgG二抗 | Biosharp | BL003A |
| ECL化学发光试剂 | Biosharp | BL520A | |
| 双荧光素酶报告实验 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| TransDetect双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | TransGen | FR201 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce Classic磁珠免疫沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88804 |
| HRP标记的抗兔IgG轻链特异性二抗 | Proteintech | SA00001-7L | |
| 免疫荧光 | Shi-fixTM盖玻片 | Shikhar Biotech | SB-Shifix25 |
| 抗PTEN抗体(bs-0748R) | Bioss Biotechnology | bs-0748R | |
| HRP标记的抗兔IgG二抗 | Aifang biological | AFIHC003 | |
| TYR-570试剂 | Aifang biological | AFIHC027 | |
| DAPI | Aifang biological | AFIHC044 | |
| 数字病理扫描仪 | KFBIO | KF-FL-020 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8溶液 | Vazyme | A311 |
| 多功能酶标仪 | EnVision Xcite | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | KeyGen | KGA1102-50 |
| 流式细胞仪 | Cytek Biosciences | DxP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与耐药维持 | K562/DOX细胞需在含1 μM阿霉素的培养基中维持耐药,实验前需在无药培养基中培养;常规培养使用RPMI-1640加10% FBS。 阅读提示:Methods中的Cell culture and transfection部分 |
| miR-92b-5p转染 | 细胞接种密度(1×10^6细胞/孔),转染浓度(100 nM),转染时间(6小时)及培养时间(48小时)。 阅读提示:Methods中的Cell culture and transfection部分 |
| 外泌体分离 | 使用5%无外泌体FBS的条件培养基培养24小时;离心条件(300 g 10分钟,3,000 g 10分钟),0.22 µm过滤,100 kD超滤浓缩,外泌体纯化试剂盒型号。 阅读提示:Methods中的Exosome isolation and identification部分 |
| 双荧光素酶报告实验 | 293T细胞共转染psiCHECK2载体(野生型或突变型N4BP1 3'-UTR)与miR-92b-5p mimic或mimic-NC,转染试剂Lipofectamine 2000,检测时间72小时。 阅读提示:Methods中的Dual-luciferase assay部分 |
| 凋亡检测 | 细胞密度(5×10^5细胞),阿霉素处理浓度(5 μM),处理时间(4小时),使用Annexin V-FITC/PI试剂盒。 阅读提示:Methods中的Apoptosis detection by flow cytometry部分 |
| 统计方法 | 所有实验至少三次重复,数据以均值±标准差表示,两组比较用t检验,多组比较用单因素方差分析,P<0.05为显著。 阅读提示:Methods中的Statistical methods部分 |