血清EV蛋白质组学分析
鉴定TNBC患者血清EV中差异表达的蛋白质,重点关注ITGB2。
使用exoEasy Maxi Kit分离血清EV,通过NTA表征,利用HPLC-MS/MS进行蛋白质组学分析,并通过GO和KEGG富集分析。
Cancer-Derived Extracellular Vesicle ITGB2 Promotes the Progression of Triple-Negative Breast Cancer via the Activation of Cancer-Associated Fibroblasts.
研究包含患者样本分析、体外细胞实验、体内小鼠模型等多层级验证,并涉及功能获得和丧失实验及机制研究。
MDA-MB-231人三阴性乳腺癌细胞系 MCF-10A正常乳腺上皮细胞 MCR-5正常人胎儿成纤维细胞 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
细胞系来源:MDA-MB-231购自Fenghui Biotechnology,MCF-10A购自Fenghui Biotechnology,MCR-5购自Procell EV分离方法:使用exoEasy Maxi Kit(Qiagen),可能共沉淀脂蛋白 EV处理浓度:50 μg/mL 体内模型中细胞接种量:1×10^7细胞/小鼠 肿瘤测量时间:接种后第50天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定TNBC患者血清EV中差异表达的蛋白质,重点关注ITGB2。
使用exoEasy Maxi Kit分离血清EV,通过NTA表征,利用HPLC-MS/MS进行蛋白质组学分析,并通过GO和KEGG富集分析。
验证ITGB2在TNBC组织和细胞系中的表达水平。
通过Western blot和qRT-PCR检测TNBC组织、细胞系中的ITGB2表达,并与正常组织或细胞比较。
评估ITGB2表达与TNBC患者临床病理特征和预后的关系。
通过IHC染色检测200例TNBC组织中ITGB2表达,结合患者临床数据,进行Kaplan-Meier生存分析和Pearson相关分析。
探究ITGB2在EV中是否促进成纤维细胞向CAF转化和激活。
用来自ITGB2过表达、敲低或对照的MDA-MB-231细胞的EV处理MCR-5成纤维细胞,检测迁移、侵袭和CAF标志物表达。
探索ITGB2是否介导成纤维细胞对肿瘤EV的摄取。
使用CM-Dil标记EV,通过激光共聚焦显微镜观察MCR-5细胞对EV的摄取。
评估ITGB2对体内TNBC肿瘤生长的影响。
将野生型、ITGB2过表达、ITGB2敲低或对照的MDA-MB-231细胞皮下注射到裸鼠乳腺脂肪垫,定期测量肿瘤体积,第50天处死并分析。
评估肿瘤ITGB2对肿瘤组织内CAF激活的影响。
通过Western blot检测肿瘤组织中α-SMA、FAP和FSP的表达水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| EV分离 | exoEasy Maxi试剂盒 | Qiagen | -- |
| EV表征 | NanoSight NS300 | Malvern Panalytical | -- |
| Western blot | 抗CD63抗体 | Abcam | ab134045 |
| 抗CD9抗体 | Abcam | ab92726 | |
| 抗CD81抗体 | Abcam | ab109201 | |
| 蛋白质组学 | iTRAQ试剂-8PLEX多重标记试剂盒 | AB SCIEX | -- |
| Easy nLC系统 | Thermo Fisher | -- | |
| Q-Exactive Orbitrap质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Gibco | -- |
| MEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| Western blot | 抗ITGB2抗体 | Abcam | ab185723 |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | -- | -- |
| TransScript RT/RI酶混合物 | ABM | -- | |
| SYBR Green | -- | -- | |
| 实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞转染 | 慢病毒载体 | Shanghai Genechem Co., Ltd. | -- |
| 激光共聚焦显微镜 | CM-Dil | -- | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| LSM 700 | Carl Zeiss | -- | |
| 细胞迁移/侵袭 | Matrigel基质胶 | -- | -- |
| Western blot | 抗α-SMA抗体 | Beijing Biosynthesis Biotechnology Co., Ltd. | bs-10196R |
| 抗FAP抗体 | Wuhan Boster Biological Technology Co., Ltd. | -- | |
| 抗FSP抗体 | Wuhan Boster Biological Technology Co., Ltd. | BA1471-2 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| EV分离与表征 | 血清EV分离使用exoEasy Maxi Kit;NTA使用NanoSight NS300;需注意可能的脂蛋白污染。 阅读提示:实验方法部分:'Isolation and Characterization of Human Serum EVs' |
| 细胞培养 | MDA-MB-231和MCF-10A使用DMEM高糖+10%FBS;MCR-5使用MEM+非必需氨基酸+10%FBS+1%Pen-Strep;培养条件37°C,5% CO2。 阅读提示:实验方法部分:'Cell Culture' |
| ITGB2表达检测 | Western blot使用抗ITGB2抗体(ab185723,Abcam);qRT-PCR引物序列已提供,以GAPDH为内参。 阅读提示:实验方法部分:'Western Blot Analysis of ITGB2 Protein Levels'和'qRT-PCR Detection of ITGB2 mRNA Levels' |
| EV处理成纤维细胞 | EV浓度50 μg/mL,处理24小时;迁移和侵袭实验的具体条件。 阅读提示:实验方法部分:'Cell Migration Assay'和'Cell Invasion Assay' |
| 体内动物实验 | BALB/c裸鼠,4-6周龄,每组10只;皮下接种1×10^7细胞;肿瘤体积每三天测量。 阅读提示:实验方法部分:'Human TNBC Nude Mouse Model' |