泛癌表达分析
评估AUNIP在多种肿瘤与正常组织中的表达差异。
利用TIMER2数据库和TCGA+GTEx数据,比较33种肿瘤与正常组织中AUNIP mRNA表达水平。
AUNIP was a candidate marker for prognosis and immunology in pan-cancer.
研究主要基于多数据库生物信息学分析,并辅以免疫组化验证LIHC中AUNIP表达,缺少功能性实验。
TCGA和GTEx数据库中的泛癌样本 肝细胞癌组织样本(44例肝癌及癌旁组织)
AUNIP高表达与LIHC较差OS和DFS相关(GEPIA2,中位分组) IHC中AUNIP抗体(bs-15019R,1:200,Bioss)染色条件 IHC评分标准(阳性细胞百分比乘以染色强度,≤7为低表达,>7为高表达) LIHC中AUNIP表达与组织学分级相关(卡方检验,P=0.03)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估AUNIP在多种肿瘤与正常组织中的表达差异。
利用TIMER2数据库和TCGA+GTEx数据,比较33种肿瘤与正常组织中AUNIP mRNA表达水平。
分析AUNIP表达与患者生存及诊断准确性的关系。
使用GEPIA2进行Kaplan-Meier生存分析,并用pROC绘制ROC曲线评估诊断价值。
分析AUNIP表达与肿瘤分期等临床病理参数的相关性。
获取TCGA 33种肿瘤的临床病理数据,使用Wilcoxon检验分析AUNIP与T分期、N分期及病理分期的关系。
在蛋白水平验证AUNIP在LIHC与正常组织中的差异表达及其与临床特征的关系。
收集44例肝癌及癌旁组织,进行IHC染色,评估AUNIP表达,并用卡方检验分析其与临床特征的相关性。
探究AUNIP在泛癌中的遗传改变频率和类型。
使用cBioPortal数据库分析AUNIP在多种肿瘤中的突变、结构变异、扩增、深度缺失等改变。
评估AUNIP表达与TMB和MSI的相关性。
使用Spearman相关分析,计算AUNIP表达与TMB和MSI在33种肿瘤中的相关系数。
分析AUNIP表达与免疫细胞浸润及免疫检查点的关系。
使用ssGSEA和ESTIMATE算法评估免疫浸润,用Spearman分析AUNIP与免疫检查点的相关性。
寻找AUNIP表达相关的潜在敏感药物。
使用GSCALite数据库中的CTRP数据集,分析AUNIP表达与药物IC50的相关性。
探索AUNIP参与的信号通路。
基于MSigDB KEGG数据集,对高、低AUNIP表达组进行GSEA。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 兔抗AUNIP多克隆抗体 | Bioss | bs-15019R |
| 山羊抗兔IgG | Beijing Zhongshan Jinqiao Biotechnology Co., Ltd. | PV-6000 | |
| DAB | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 泛癌表达分析 | 数据库版本、肿瘤类型列表、正常组织来源(TIMER2、TCGA+GTEx) 阅读提示:Materials and Methods: Differential expression of AUNIP mRNA for cancers and normal samples |
| 预后分析 | 分组阈值(中位数)、生存终点(OS、DFS) 阅读提示:Materials and Methods: Prognosis and diagnostic value of AUNIP; Figure 2 |
| 免疫组化 | 组织样本量(44例)、抗体浓度(1:200)、染色评分标准 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemical staining; Figure 9 |
| 免疫浸润分析 | 算法(ssGSEA、ESTIMATE)、免疫细胞类型(23种)、免疫检查点列表 阅读提示:Materials and Methods: Association of AUNIP with immune cell infiltration and immune checkpoints |
| 药物敏感性分析 | 数据集(CTRP)、药物列表(30种)、IC50计算方法 阅读提示:Materials and Methods: Correlative analysis between AUNIP expression and drug sensitivity |