基于ssGSEA的免疫分型
根据免疫细胞浸润和通路活性将宫颈癌样本分为高免疫和低免疫组
利用ssGSEA计算29个免疫相关通路的免疫评分,通过层次聚类将TCGA样本分为Immunity_H(n=111)和Immunity_L(n=195)组,并用tSNE验证分组。
Identification of immune-related cervical cancer prognostic biomarkers and construction of prognostic model based on tumor microenvironment.
包含TCGA和GEO数据挖掘、ssGSEA分组、LASSO建模、TIMER2相关性分析及IHC蛋白验证,但缺少体外或动物功能实验。
TCGA宫颈癌患者队列 GSE44001数据集 宫颈组织样本(HSIL、宫颈癌、宫颈癌淋巴结转移)
TCGA数据集包含306例CC患者 GSE44001数据集包含300例样本 IHC样本:HSIL 15例、宫颈癌15例、CC-LNM 10例 IHC抗体稀释度:anti-SEMA3A 1:200,anti-CX3CL1 1:400
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
根据免疫细胞浸润和通路活性将宫颈癌样本分为高免疫和低免疫组
利用ssGSEA计算29个免疫相关通路的免疫评分,通过层次聚类将TCGA样本分为Immunity_H(n=111)和Immunity_L(n=195)组,并用tSNE验证分组。
验证免疫分组的有效性
计算ESTIMATE评分、免疫评分和基质评分,比较HLA基因表达和免疫细胞浸润差异。
获得与免疫状态相关的差异表达IRG
使用limma分析Immunity_H和Immunity_L组间的差异基因,并取TCGA数据与GSE44001数据的交集。
构建并验证基于IRG的预后风险模型
对25个交集基因进行单变量Cox和LASSO回归,筛选出5个基因构建风险评分模型,并用训练集和测试集验证预后效果。
比较高低风险组的肿瘤微环境差异
比较高低风险组间的ESTIMATE评分、免疫评分和基质评分。
预测五个预后IRG的功能和通路
对五个基因进行GO和KEGG富集分析。
评估五个基因与免疫细胞浸润的相关性
使用TIMER2数据库分析五个基因表达与肿瘤纯度和免疫细胞浸润的相关性。
验证SEMA3A和CX3CL1蛋白在宫颈组织中的表达
通过IHC检测SEMA3A和CX3CL1在HSIL、宫颈癌和宫颈癌淋巴结转移组织中的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据收集与预处理 | TCGA和GSE44001数据集的样本量、基因表达数据及临床信息;IRG来源及筛选标准 阅读提示:Materials and methods 中 Data collection 部分 |
| 免疫分型 | ssGSEA参数、聚类方法(hclust)及分组阈值 (高/低免疫组样本数) 阅读提示:Materials and methods 中 Clusters of CC samples by ssGSEA 和 Figure 1A |
| 差异基因筛选 | 差异表达阈值(|log2FC|≥1, FDR≤0.05),Venn图交集基因数 阅读提示:Materials and methods 中 Extraction of the differential IRGs 和 Figure 3 |
| 预后模型构建 | 单变量Cox和LASSO回归的筛选标准;风险评分公式及中位风险评分值 阅读提示:Materials and methods 中 Prognostic model establishment and validation 和 Figure 4 |
| 模型验证 | 训练集与测试集划分(TCGA和GSE44001);AUC值、校准曲线、生存分析结果 阅读提示:Materials and methods 中 Prognostic model establishment and validation 和 Figure 5 |
| 免疫浸润相关性分析 | TIMER2数据库中基因表达与肿瘤纯度及免疫细胞浸润的相关性(Pearson相关) 阅读提示:Materials and methods 中 TIMER2 database analysis 和 Figure 8 |
| 蛋白表达验证 | 样本类型及数量(HSIL, CC, CC-LNM);IHC抗体稀释度及评分方法 阅读提示:Materials and methods 中 Immunohistochemistry (IHC) staining analysis 和 Figure 9-10 |