临床样本和数据库分析HJURP表达
评估HJURP在胃癌组织和细胞中的表达水平及其与肿瘤特征的相关性。
利用TCGA-STAD和GEO数据库分析HJURP表达,通过Western blot检测6对临床样本和多种GC细胞系中HJURP蛋白水平。
HJURP modulates cell proliferation and chemoresistance via the MYC/TOP2A transcriptional axis in gastric cancer.
研究包含临床样本检测、细胞功能实验(增殖、耐药)和初步机制验证(MYC/TOP2A),但缺乏动物模型和更深入的体内验证。
胃癌细胞系HGC-27 胃癌细胞系AGS 胃癌患者组织样本(6对)
HJURP表达在TCGA-STAD和内部患者组中升高,需验证组织样本的配对情况 si-HJURP#2敲低效率及Flag-HJURP过表达效率验证 DDP处理浓度(1 μg/mL)和处理时间(2 h)对化疗耐药评估的影响 MYC过表达对HJURP敲低后TOP2A恢复的依赖性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HJURP在胃癌组织和细胞中的表达水平及其与肿瘤特征的相关性。
利用TCGA-STAD和GEO数据库分析HJURP表达,通过Western blot检测6对临床样本和多种GC细胞系中HJURP蛋白水平。
验证HJURP表达变化(敲低和过表达)对胃癌细胞增殖能力的影响。
通过siRNA敲低HJURP和Flag-HJURP过表达载体转染HGC-27和AGS细胞,采用CCK-8、EdU和集落形成实验检测细胞增殖。
评估HJURP过表达对胃癌细胞顺铂敏感性的影响。
用Flag-HJURP或对照载体转染细胞,并用DDP处理,通过集落形成实验和γ-H2AX Western blot评估细胞活力和DNA损伤。
确定HJURP是否影响TOP2A的表达水平。
通过敲低或过表达HJURP,用RT-qPCR和Western blot检测TOP2A mRNA和蛋白水平变化。
验证HJURP通过MYC影响TOP2A表达的机制。
在AGS细胞中同时转染HJURP siRNA和MYC过表达质粒,检测MYC和TOP2A表达变化;分析TCGA数据中的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本保存 | RNA稳定液 | ThermoFisher | AM7021 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Clark | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Life Technologies | -- | |
| RNA提取 | RNA提取试剂 | Vazyme | R401-01 |
| 逆转录 | HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | R23-01 |
| qRT-PCR | SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02/03 |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Epizyme | -- |
| 蛋白质定量 | Omni-Rapid™蛋白定量试剂盒 | Epizyme | -- |
| Western blot | GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig |
| HJURP抗体 | Proteintech | 15283-1-AP | |
| TOP2A抗体 | Proteintech | 66541-1-Ig | |
| 磷酸化H2AX抗体 | Bioss | bs-3185R | |
| MYC抗体 | R&D Systems | MAB3696 | |
| 化疗处理 | 顺铂 | -- | -- |
| 转染 | Polyplus jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本数量(6对)、收集时间(2023年1月至12月)、患者入组标准(未接受化疗等) 阅读提示:Methods 2.1 Patients and tissue samples |
| 细胞培养 | 细胞系来源(HGC-27、AGS等)、培养基(RPMI-1640)、血清浓度(10%)及抗生素浓度 阅读提示:Methods 2.2 Cell culture |
| siRNA转染和过表达 | siRNA序列(si-HJURP#2)、转染试剂(jetPRIME)、细胞密度(1×10^5/孔)、转染时间(48小时) 阅读提示:Methods 2.7 Small interfering RNA (siRNA) and overexpression vector experiments |
| 化疗耐药实验 | DDP浓度(1 μg/mL)、处理时间(2小时)、集落形成实验条件 阅读提示:Methods 2.5 Cell proliferation assays |
| 分子表达检测 | 抗体来源和稀释度(文中未明确说明)、qRT-PCR引物序列 阅读提示:Methods 2.4 Western blot analysis and Methods 2.3 RNA extraction and quantitative real-time PCR |