数据整合与质量过滤
构建人和小鼠心脏的单细胞转录组图谱,用于分析FFAR2/3的表达。
下载公共单细胞RNA-seq数据集,包括人类心脏数据集(hca, sma, tsc)及小鼠心脏数据集,使用Seurat包进行质量控制、过滤、归一化、整合和聚类。
The single-cell atlas of short-chain fatty acid receptors in human and mice hearts.
基于公共及新建单细胞RNA-seq数据的整合分析,包含正常与梗死心脏,结合免疫荧光染色验证,但未进行功能实验或机制验证。
人类心脏组织(正常及心肌梗死) 小鼠心脏组织(新生及成年,正常及缺血) 人心脏组织免疫荧光样本
单细胞RNA-seq数据集类型及来源(如hca、sma、tsc) 心脏组织区域(如心室、心房、梗死区) 细胞类型注释(如髓系细胞、周细胞、成纤维细胞) FFAR2/3阳性细胞比例及分布 免疫荧光共染色验证(抗FFAR2/3及CD14、CX3CR1、CD68)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建人和小鼠心脏的单细胞转录组图谱,用于分析FFAR2/3的表达。
下载公共单细胞RNA-seq数据集,包括人类心脏数据集(hca, sma, tsc)及小鼠心脏数据集,使用Seurat包进行质量控制、过滤、归一化、整合和聚类。
识别FFAR2/3在不同细胞类型和心脏区域中的表达分布。
使用Seurat的DotPlot、FeaturePlot、RidgePlot等功能可视化FFAR2/3的表达,计算阳性细胞比例和分布。
探究FFAR2/3阳性细胞的特征基因及潜在功能。
计算FFAR2/3阳性细胞与阴性细胞的差异表达基因,进行GO富集分析和WGCNA分析。
验证人类心肌梗死组织中FFAR2/3阳性单核细胞和巨噬细胞的存在。
收集人类心脏组织样本,进行免疫荧光共染色,检测FFAR2/3与经典单核巨噬细胞标志物(CD14, CX3CR1, CD68)的共表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光 | 抗FFAR3/GPR41抗体 | Bioss | bs-16076R |
| 抗FFAR2/GPR43抗体 | Bioss | bs-13536R | |
| 抗CD14抗体 | Servicebio | GB11254 | |
| 抗CX3CR1抗体 | Servicebio | GB11861 | |
| 抗CD68抗体 | Servicebio | GB113109 | |
| DAPI | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据处理 | 细胞过滤标准(基因数、UMI、线粒体基因比例等)、批次效应校正方法、聚类参数 阅读提示:Methods 中的Data acquisition and processing部分 |
| FFAR2/3表达分析 | 数据集的类型和来源(hca, sma, tsc及小鼠数据集)、细胞类型注释依据 阅读提示:Results 部分及Figure legends 2-5 |
| 免疫荧光验证 | 组织样本来源、抗体信息、染色步骤(如蛋白酶K浓度、孵育时间) 阅读提示:Methods 中的Immunohistology部分 |