临床样本中HLA-F和PKM2表达检测
验证先兆子痫患者胎盘中HLA-F和PKM2表达是否降低。
收集先兆子痫(n=12)和正常妊娠(n=12)胎盘组织,通过IHC、qPCR和Western blot检测HLA-F表达,并通过Western blot和ELISA检测PKM2蛋白表达和酶活性。
HLA-F regulates the proliferation of trophoblast via PKM2-dependent glycolysis in the pathogenesis of preeclampsia.
包含患者胎盘组织、细胞系体外实验、ChIP-seq、4D-LFQP-LA及MiniPDX动物模型等多层级验证,并进行功能回复实验。
Jar细胞系 BeWo细胞系 HTR-8/SVneo细胞系 MiniPDX模型(BALB/c-Nude小鼠)
HLA-F和PKM2在胎盘中表达水平(先兆子痫 vs 正常) HLA-F过表达/敲低对Jar细胞增殖的影响(MTT、集落形成) HLA-F对PKM2表达及酶活性的影响(Western blot、PK活性检测) PKM2 K305乳酸化修饰在HLA-F调节中的作用 PKM2激动剂TEPP-46在MiniPDX模型中对HLA-F敲低细胞增殖的作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证先兆子痫患者胎盘中HLA-F和PKM2表达是否降低。
收集先兆子痫(n=12)和正常妊娠(n=12)胎盘组织,通过IHC、qPCR和Western blot检测HLA-F表达,并通过Western blot和ELISA检测PKM2蛋白表达和酶活性。
验证HLA-F表达水平是否影响Jar细胞增殖。
在Jar细胞中通过慢病毒过表达HLA-F或通过shRNA/siRNA敲低HLA-F,然后使用MTT和集落形成实验检测细胞增殖。
检测HLA-F是否通过调节PKM2影响糖酵解。
在HLA-F过表达或敲低的Jar细胞中,通过Western blot检测PKM2和HK2蛋白表达,通过ELISA检测细胞内乳酸、丙酮酸含量和PK酶活性,并通过免疫荧光观察PKM2分布。
验证HLA-F是否直接结合PKM启动子并促进其转录。
使用ChIP-seq在HLA-F-OE Jar细胞中寻找HLA-F结合位点,并利用qPCR和电泳验证PKM启动子区域的存在。
验证HLA-F对增殖和糖酵解的作用是否依赖于PKM2。
在HLA-F-OE Jar细胞中转入PKM2 siRNA,检测PKM2表达、细胞增殖(CCK8、集落形成)以及乳酸、丙酮酸含量和PK酶活性。
验证HLA-F是否通过抑制PKM2 K305乳酸化增强其酶活性。
通过Western blot检测HLA-F-OE和对照Jar细胞中PKM2的乳酸化水平,使用4D-LFQP-LA鉴定乳酸化位点;构建PKM2 K305R突变体并检测酶活性。
在体内模型中验证PKM2激动剂是否能挽救HLA-F敲低导致的增殖抑制。
将HLA-F敲低的Jar细胞(ShHLA-Jar)装入MiniPDX胶囊并植入免疫缺陷小鼠,给予PKM2激动剂TEPP-46或对照,7天后检测细胞增殖。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗HLA-F抗体 | Bioss | bs-17544R |
| 蛋白质印迹 | 抗HLA-F抗体 | Bioss | bs-17544R |
| 抗HK2抗体 | Abcam | ab209847 | |
| 抗PKM2抗体 | Abcam | ab150377 | |
| 抗Flag抗体 | Bioss | bsm-33346M | |
| 抗GAPDH抗体 | Abclonal | AC033 | |
| 抗β-actin抗体 | Abclonal | AC026 | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | -- | -- |
| Molpure®细胞/组织总RNA提取试剂盒 | Yeasen | 19221ES50 | |
| TB Green TM Premix Ex TaqTM ii (Tli RNaseH Plus) | Takara | RR820A | |
| QuantStudio TM3 PCR仪 | Bio Tek | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | HyClone | SH30084.03 | |
| 青链霉素混合液 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipo2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| riboFECTTMCP转染试剂 | Guangzhou Ribobio | -- | |
| 免疫共沉淀 | Pierce™经典磁性免疫沉淀/共沉淀试剂盒 | Thermo Fisher | 88804 |
| 抗乳酸化赖氨酸抗体 | PTM-BIO | PTM-1401RM | |
| 抗PKM2抗体 | Proteintech | 60268-1-Ig | |
| ChIP-seq | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | CST | -- |
| 抗Flag抗体 | Bioss | bsm-33346M | |
| 免疫球蛋白G | CST | -- | |
| 4D-LFQP-LA | nanoElute超高效液相色谱系统 | Bruker Daltonics | -- |
| timsTOF Pro质谱仪 | Bruker Daltonics | -- | |
| Max Quant搜索引擎 | -- | -- | |
| MiniPDX | OncoVee®迷你PDX试剂盒 | LIDE Biotech | -- |
| CellTiter Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | G7571 | |
| ELISA | 乳酸含量检测试剂盒 | Beijing Solarbio | BC2230 |
| 免疫荧光 | 抗PKM抗体 | Abcam | EPR10138(B) |
| DAPI染色液 | -- | -- | |
| 药物处理 | TEPP-46 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 胎盘组织样本收集 | 样本量(12例先兆子痫和12例正常),伦理审批号,知情同意 阅读提示:Materials and methods: Ethics and collection of human placentas |
| 细胞培养 | 细胞系来源(Procell),培养基(DMEM+10%FBS+1%双抗),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cells and plasmid transfection |
| HLA-F过表达和敲低 | 慢病毒载体(Ubi-MCS-3Flag-CBh-gcGFP-IRES-Puromycin),shRNA和siRNA序列,转染试剂(riboFECTTMCP)和转染时间 阅读提示:Materials and methods: Over-expression lentivirus infection, siRNA, shRNA transfection |
| PKM2敲低 | PKM2 siRNA序列(#1-#3),转染浓度,检测时间点 阅读提示:Materials and methods: siRNA, shRNA transfection; Results: HLA-F promotes proliferation by regulating PKM2 |
| 糖酵解和酶活性检测 | 乳酸和丙酮酸检测试剂盒型号,PK活性试剂盒型号,细胞培养时间(24, 48, 72h),氧浓度(常氧和2% O2) 阅读提示:Materials and methods: Indirect enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), PK activity assay |
| ChIP-seq | 试剂盒(SimpleChIP Enzymatic Chromatin IP kit),抗体(Anti-Flag),测序平台(Illumina Hiseq 3000) 阅读提示:Materials and methods: CHIP-seq |
| 4D-LFQP-LA | 质谱仪(timsTOF Pro),搜索引擎(Max Quant),数据库(human SwissProt),FDR < 1% 阅读提示:Materials and methods: 4D-LFQP-LA |
| MiniPDX | 小鼠品系(BALB/c-Nude),年龄(5-6周),细胞数量(约2000个/胶囊),药物剂量(TEPP-46 50mg/kg,腹腔注射,第1、3、5天),观察时间(7天) 阅读提示:Materials and methods: MiniPDX |