验证T6B介导的miRNA功能缺失
验证T6B能否在神经元中有效抑制miRNA功能,以及其时间窗口。
使用miR-124传感器和树突复杂度分析,在培养的皮层锥体神经元中验证T6B和DD-T6B的功能。
MicroRNA mechanisms instructing Purkinje cell specification.
使用了体外培养神经元、浦肯野细胞体内模型、SAPseq组学分析、靶基因过表达和功能验证等,且包含功能验证和机制验证。
小鼠浦肯野细胞 培养的小鼠皮层锥体神经元 E14小鼠胚胎干细胞
T6B诱导miRNA功能缺失的验证 DD-T6B的诱导和可逆性 miR-206和miR-133的功能验证 CRISPRa介导的靶基因过表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证T6B能否在神经元中有效抑制miRNA功能,以及其时间窗口。
使用miR-124传感器和树突复杂度分析,在培养的皮层锥体神经元中验证T6B和DD-T6B的功能。
评估miRNA功能缺失对PC形态和行为的影响。
通过AAV介导的L7-T6B表达,在体内PC中诱导miRNA功能丧失,并分析小脑形态、PC树突结构和运动协调行为。
区分miRNA在两生树突发生和攀爬纤维突触发生中的不同作用,并避免细胞死亡带来的混杂。
通过TMP诱导DD-T6B在特定周龄(第1、2、3、4周)表达,分析PC树突和CF突触密度。
在稀有细胞类型中绘制miRNA-靶标相互作用图谱,以确定PC特异的转录后程序。
使用条件性Spy3-AGO2小鼠和SAPseq技术,在P7和P15的PC中鉴定miRNA-靶标相互作用。
测试PC富集的miR-206是否足以促进树突发生,以及它是否是PC树突形成所必需的。
在培养的皮层神经元中过表达miR-206,在PC中表达miR-206海绵,分析对树突复杂度的影响。
确定被miRNA强调控的靶标对PC形态发生的贡献。
使用CRISPRa在PC中上调Shank3、Prag1、Vash1、En2等候选靶标,分析对树突高度和CF突触密度的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | GMEM培养基 | Sigma | G5154 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 | |
| Neurobasal培养基 | Gibco | 21103049 | |
| B27 Plus添加剂 | Gibco | A3582801 | |
| 病毒包装 | 聚乙烯亚胺 | -- | -- |
| Optiprep梯度离心介质 | Sigma | D1556 | |
| 分子克隆 | Phusion高保真DNA聚合酶 | NEB | M0530 |
| T4 DNA连接酶 | Roche | 10481220001 | |
| Plasmid-safe外切酶 | LGC Biosearch Technologies | E3101K | |
| 蛋白质纯化 | Ni-NTA琼脂糖 | QIAGEN | 30210 |
| HisTrap柱 | GE Life Sciences | 17-5248-02 | |
| HiLoad 16/600 Superdex 75 pg柱 | GE Life Sciences | 28-9893-33 | |
| Superdex 200 Increase 10/300 GL柱 | GE Life Sciences | 28-9909-44 | |
| SAPseq | HaloLink树脂 | Promega | G1912 |
| RNase A | QIAGEN | 19101 | |
| 蛋白酶K | NEB | P8107 | |
| T4 RNA连接酶1 | NEB | M0437 | |
| Superscript III逆转录酶 | Invitrogen | 18080-044 | |
| KAPA Hifi HotStart DNA聚合酶 | Roche | KK2601 | |
| RNA Clean & Concentrator-5试剂盒 | Zymo Research | R1015 | |
| DNA Clean & Concentrator-5试剂盒 | Zymo Research | D4013 | |
| MyONE Silane磁珠 | Invitrogen | 37002D | |
| AmpureXP磁珠 | Beckman | A63880 | |
| 免疫沉淀 | Dynabeads Protein G磁珠 | Invitrogen | 10003D |
| 抗TNRC6ABC抗体 | Sigma | MABE1919 | |
| Western blot | SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Scientific | 34579 |
| 行为学 | 甲氧苄啶乳酸盐 | AFG Bioscience | 23256-42-0 |
| Accurotar转棒仪 | Omnitech Electronics, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| miRNA功能缺失诱导 | T6B和DD-T6B的表达载体、诱导方式(TMP剂量和注射时间)、验证工具(miRNA传感器) 阅读提示:STAR Methods中T6B constructs和DD-T6B constructs部分 |
| PC形态分析 | AAV注射时间(P0)、分析时间点(P28、P90)、组织处理和免疫荧光条件 阅读提示:STAR Methods中P0 Intracerebroventricular Injections、Cerebellar tissue processing、Immunofluorescence部分 |
| SAPseq实验 | 小鼠基因型(Ago2cSpy3/cSpy3)、Cre病毒(L7-Cre)、组织取材时间(P7、P15)、UV交联条件、珠子和酶的使用 阅读提示:STAR Methods中SAPseq library preparation and sequencing部分 |
| miR-206功能验证 | miRNA模拟物浓度(10 nM)、海绵载体和注射方式、分析时间点(P28) 阅读提示:STAR Methods中Primary neuron transfection和miRNA sponge constructs部分 |
| CRISPRa靶基因过表达 | dCas9-SPH小鼠基因型、gRNA序列和载体、AAV注射和分析时间点(P28) 阅读提示:STAR Methods中CRISPRa gRNA constructs部分 |