LBP表达差异分析
评估LBP在胃癌组织中的表达是否高于正常组织。
利用TCGA、GEO和HPA数据库分析LBP的mRNA和蛋白表达水平。
Lipopolysaccharide-binding protein (LBP): a prognostic biomarker for gastric cancer linked to immune infiltration.
研究包含生物信息学分析(TCGA、GEO、HPA)和细胞体外实验(敲低、增殖、迁移、侵袭、Western blot),但缺乏体内动物模型或临床样本的功能验证。
AGS人胃癌细胞系 HGC-27人胃癌细胞系 TCGA胃癌队列 GSE51575数据集
LBP在胃癌组织中的表达上调(TCGA、GSE51575、HPA) LBP高表达与总生存期、无进展间期和疾病特异性生存期缩短相关(Kaplan-Meier分析) LBP敲低后胃癌细胞增殖、迁移和侵袭能力降低(CCK-8、克隆形成、划痕愈合、Transwell实验) LBP敲低后P65、P-P65、STAT3和P-STAT3蛋白表达下降(Western blot)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LBP在胃癌组织中的表达是否高于正常组织。
利用TCGA、GEO和HPA数据库分析LBP的mRNA和蛋白表达水平。
探讨LBP表达水平与胃癌患者生存预后的关系。
基于TCGA临床数据,进行单因素和多因素Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析、时间依赖性ROC分析,并构建列线图。
识别与LBP表达相关的差异表达基因和富集通路,揭示潜在机制。
进行单基因差异表达分析、PPI网络构建、GO/KEGG富集分析、GSEA和免疫浸润分析。
验证LBP对胃癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
通过慢病毒介导的shRNA敲低AGS和HGC-27细胞中的LBP,然后进行CCK-8实验、克隆形成实验、划痕愈合实验和Transwell侵袭实验。
检测LBP敲低对NF-κB和STAT3信号通路蛋白表达的影响。
使用Western blot分析检测LBP敲低后P65、P-P65、STAT3和P-STAT3的蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | TransGen | FS301-02 | |
| 非必需氨基酸 | iCell | iCell-01000 | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio | P1400 | |
| 慢病毒包装 | pLKO.1-Puro载体 | Shanghai Fenghui Biotechnology | FH1717 |
| PMD2.G包装质粒 | Fenghui | BR037 | |
| psPAX2包装质粒 | Fenghui | BR036 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000150 | |
| HEK-293T细胞 | iCell | iCell-h237 | |
| RNA提取与qPCR | EasyPure RNA试剂盒 | TransGen | ER101-01 |
| cDNA合成 | cDNA合成试剂盒 | TransGen | AT311-02 |
| qPCR | SYBR Green qPCR试剂盒 | TransGen | AQ132 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8溶液 | Bioss | BA00208 |
| 酶标仪 | Detie | E0226 | |
| 侵袭实验 | Transwell小室 | Labselect | 14342 |
| 基质胶 | BD Biosciences | 356234 | |
| 吉姆萨染色液 | Biotopped | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Servicebio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Servicebio | -- | |
| 上样缓冲液 | Servicebio | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 兔抗GAPDH抗体 | Servicebio | GB15004 | |
| 兔抗LBP抗体 | Servicebio | GB113205 | |
| 兔抗P65抗体 | Servicebio | GB11997 | |
| 兔抗P-P65抗体 | Servicebio | GB113882 | |
| 兔抗STAT3抗体 | Servicebio | GB11176 | |
| 兔抗P-STAT3抗体 | Servicebio | GB150001 | |
| HRP标记的山羊抗兔二抗 | Servicebio | GB23303 | |
| 增强化学发光试剂盒 | Servicebio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | AGS和HGC-27细胞的培养基成分、血清浓度、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:详见Materials and methods中的Cell culture部分 |
| 慢病毒转染 | shRNA序列、质粒构建(pLKO.1-Puro)、包装质粒(PMD2.G, psPAX2)、转染试剂、细胞密度、嘌呤霉素筛选浓度和时间 阅读提示:详见Materials and methods中的Development of cell culture and stably transfected cell lines部分 |
| 基因敲低效率验证 | PCR引物序列、退火温度、循环条件、内参基因(GAPDH) 阅读提示:详见Materials and methods中的Real-time PCR部分 |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度(3000/孔)、检测时间点(24,48,96小时)、CCK-8孵育时间(1.5小时)、波长(450nm) 阅读提示:详见Materials and methods中的Cell counting Kit-8 (CCK-8) assay部分 |
| 迁移和侵袭实验 | 细胞密度、孵育时间、基质胶浓度、血清浓度、染色方法 阅读提示:详见Materials and methods中的Invasion assay和Wound-healing assay部分 |
| 蛋白质表达检测 | 抗体稀释比例、孵育条件、电泳和转膜条件、内参蛋白 阅读提示:详见Materials and methods中的Western blotting analysis部分 |