COPII蛋白水平分析与分布定位
确定Ppt1缺乏是否影响COPII囊泡蛋白的表达和亚细胞分布。
通过Western blot检测2、4、6月龄Cln1−/−及WT小鼠皮层总匀浆、ER、高尔基体组分中Sar1、Sec23A、Sec24A、Sec31A、Sec13、Sec12的水平;在患者成纤维细胞中进行免疫荧光共定位分析。
Defective anterograde protein-trafficking contributes to endoplasmic reticulum-stress in a CLN1 disease model.
研究包括Cln1−/−小鼠模型、患者成纤维细胞、HEK293T细胞转染实验,以及免疫印迹、免疫沉淀、酰基-rac实验、共定位和功能验证等。
Cln1−/−小鼠 CLN1患者成纤维细胞 HEK293T细胞 WT小鼠
Cln1−/−小鼠皮质组织总匀浆及ER、高尔基体、溶酶体组分分离 2、4、6月龄小鼠,每组n=4 CLN1患者成纤维细胞与对照( GM00498 ) 转染野生型及突变Sar1、CLN8、PPT1构建体至HEK293T细胞 免疫印迹检测COPII蛋白及UPR标志物
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Ppt1缺乏是否影响COPII囊泡蛋白的表达和亚细胞分布。
通过Western blot检测2、4、6月龄Cln1−/−及WT小鼠皮层总匀浆、ER、高尔基体组分中Sar1、Sec23A、Sec24A、Sec31A、Sec13、Sec12的水平;在患者成纤维细胞中进行免疫荧光共定位分析。
验证Ppt1缺乏是否影响Sar1与Sec12、Sec23A、Sec24A的相互作用,从而影响COPII囊泡形成。
通过免疫沉淀(IP)检测6月龄WT和Cln1−/−小鼠皮层匀浆中Sar1与Sec12、Sec23A、Sec24A的相互作用;并通过免疫荧光共定位分析患者成纤维细胞中Sar1与这些蛋白的共定位。
确定COPII蛋白和CLN8是否发生S-棕榈酰化,并鉴定关键半胱氨酸残基。
用Acyl-Rac实验检测WT和Cln1−/−小鼠皮层匀浆以及转染了野生型或突变Sar1/CLN8的HEK293T细胞中蛋白质的S-棕榈酰化状态。
验证Ppt1缺乏是否损害CLN8从ER到高尔基体的运输,并影响其携带的溶酶体酶如CLN2到达溶酶体。
检测Cln1−/−小鼠皮层总匀浆、ER、高尔基体、溶酶体组分中CLN8和CLN2的水平;通过免疫荧光共定位分析患者成纤维细胞中CLN8与ER/高尔基体标志物的共定位;通过PLA检测CLN8与CLN2的相互作用。
确认Ppt1缺乏导致ER应激和UPR,并通过补充PPT1验证其因果关系。
Western blot检测WT和Cln1−/−小鼠皮层中UPR标志物(GRP78, XBP1, ATF6)水平;使用TF激活谱阵列分析ER应激转录因子;在CLN1−/− HEK293T细胞中过表达PPT1后检测UPR标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质印迹 | β-巯基乙醇 | Millipore Sigma | M6250 |
| N-乙基马来酰亚胺 | Millipore Sigma | E3876 | |
| 盐酸羟胺 | Millipore Sigma | 159417 | |
| 亚细胞分级分离 | 内质网分离试剂盒 | Sigma-Aldrich | ER0100 |
| 高尔基体分离试剂盒 | Sigma-Aldrich | GL0010 | |
| 溶酶体分离试剂盒 | Sigma-Aldrich | lysiso1-1KT | |
| 蛋白质印迹 | Sar1抗体(兔) | Abcam | AB125871 |
| Sec23A抗体(兔) | Invitrogen | PA5-28984 | |
| Sec24A抗体(兔) | Proteintech | 15958-1-AP | |
| Sec31A抗体(鼠) | Santa Cruz | SC-376587 | |
| Sec13抗体(兔) | Novus Biologicals | MAB90551 | |
| CLN8抗体(兔) | Novus Biologicals | NBP2-92342 | |
| 钙联蛋白抗体(鼠) | Abcam | AB112995 | |
| GM-130抗体(鼠) | BD Biosciences | 610823 | |
| β-肌动蛋白抗体(鼠) | Millipore Sigma | A-2228 | |
| 脂质体转染试剂3000 | Invitrogen | L3000015 | |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | ThermoFisher Scientific | 78447 | |
| Pierce BCA蛋白检测试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 23225 | |
| 免疫沉淀 | Pierce直接磁性免疫沉淀/共免疫沉淀试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 88828 |
| 亚细胞分级分离 | Halt蛋白酶抑制剂混合物 | ThermoFisher Scientific | 78429 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | ThermoFisher Scientific | 11965-092 |
| 胎牛血清 | ThermoFisher Scientific | 16140071 | |
| 青霉素-链霉素 | ThermoFisher Scientific | 15140-122 | |
| 转染 | Opti-MEM培养基 | ThermoFisher Scientific | 31985070 |
| 酶活性检测 | 4-甲基伞形酮-6-硫代棕榈酰-β-D-葡萄糖苷 | Moscerdam Substrates | -- |
| FlexStation II荧光分光光度计 | Molecular Devices | -- | |
| 免疫荧光 | 蔡司LSM 710倒置Meta共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| 邻位连接分析 | Duolink原位检测试剂(橙色) | Sigma-Aldrich | DUO80102 |
| 转录因子分析 | 转录因子激活谱芯片I试剂盒 | Signosis | FA-1006 |
| 细胞培养 | C57BL/6小鼠 | Jackson Laboratory | 000664 |
| 转染 | Myc-DDK标签小鼠Sar1质粒 | OriGene | MR201967 |
| Flag标签小鼠CLN8质粒 | Genecopoeia | Ex-Mm06485-M39 | |
| 人PPT1(Myc-DDK标签)质粒 | OriGene | RC203278 | |
| 蛋白质印迹 | 抗Myc标签抗体(兔) | Cell Signaling | 2278S |
| 抗FLAG标签抗体(鼠) | Millipore Sigma | F1804 | |
| TrueBlot二抗 | Rockland | -- | |
| 增强化学发光检测试剂 | ThermoFisher Scientific | 21050 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | Cln1−/−小鼠的遗传背景(C57BL/6),年龄(2、4、6月龄),WT对照来源 阅读提示:Methods 2.2 Animals |
| 细胞培养 | CLN1患者成纤维细胞来源,对照细胞系GM00498,培养基成分(DMEM+10% FBS+1%青霉素/链霉素),培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods 2.3 Culture of CLN1 patient fibroblasts |
| 亚细胞分级分离 | ER、高尔基体、溶酶体分离所用试剂盒及具体步骤 阅读提示:Methods 2.4-2.6 |
| 转染实验 | 质粒种类(Sar1、CLN8、PPT1及突变体),转染试剂(Lipofectamine 3000),DNA用量(10μg),转染时间(48小时) 阅读提示:Methods 2.7 Plasmids and transfection |
| 蛋白质检测 | 抗体稀释比例,蛋白质上样量(20μg),电泳及转膜条件 阅读提示:Methods 2.10 Western blot analysis |
| 共定位分析 | 细胞种板量(8孔板),固定方法(甲醇),图像采集设置(Zeiss LSM 710),细胞数量(n=24) 阅读提示:Methods 2.11 Immunocytochemistry and confocal imaging |
| 邻位连接分析 | 细胞密度(4×10^3 cells/ml),PLA探针类型,信号计数方法 阅读提示:Methods 2.12 Proximity ligation Assay |
| ER应激检测 | TF激活分析试剂盒(Signosis FA-1006),核提取物用量(15 μg) 阅读提示:Methods 2.14 ER Stress (UPR) TF Activation Profiling Plate Array |