数据库表达分析
评估FAM50A在泛癌及结直肠癌组织中的mRNA表达水平。
从TCGA和GTEx数据库提取数据分析FAM50A表达,并利用limma等R包进行统计分析。
FAM50A as a novel prognostic marker modulates the proliferation of colorectal cancer cells via CylinA2/CDK2 pathway.
包括数据库分析、临床样本IHC、细胞增殖功能实验、流式细胞术和WB机制验证,但缺乏动物模型和直接相互作用验证。
SW480细胞系 HCT-8细胞系 RKO细胞系 145例结直肠癌患者样本
TCGA和GTEx数据库分析FAM50A表达 IHC验证145例CRC组织中FAM50A蛋白表达 CCK-8、EdU和集落形成实验评估细胞增殖 流式细胞术检测细胞周期变化 Western blot检测CyclinA2和CDK2表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FAM50A在泛癌及结直肠癌组织中的mRNA表达水平。
从TCGA和GTEx数据库提取数据分析FAM50A表达,并利用limma等R包进行统计分析。
验证FAM50A蛋白在结直肠癌组织中的表达水平。
对145例CRC患者的肿瘤组织和相邻正常组织进行IHC染色,评估FAM50A表达。
分析FAM50A表达与临床病理特征及预后的关系。
使用Wilcoxon检验、Kaplan-Meier分析、Cox回归和列线图评估FAM50A表达与临床特征及总生存期的关联。
构建FAM50A敲低和过表达的稳定细胞系,并验证效率。
使用慢病毒载体pLKO.1-shFAM50A和pCDH-puro-FAM50A转染SW480、HCT-8和RKO细胞,通过qRT-PCR和WB验证效率。
检测FAM50A对CRC细胞增殖能力的影响。
通过CCK-8、EdU和集落形成实验评估FAM50A敲低和过表达对细胞增殖的影响。
检测FAM50A敲低对细胞周期分布的影响。
使用流式细胞术分析PI染色的细胞周期分布。
检测FAM50A敲低后周期相关蛋白表达变化。
通过Western blot检测CDK1、CDK2、CDK4、CDK6、Cyclin A2、Cyclin B1、Cyclin C、Cyclin D和β-tubulin的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗FAM50A抗体 | Bioss | bs-8208R |
| 蛋白质印迹 | 抗FAM50A抗体 | Proteintech | 19849-1-AP |
| 抗CDK2抗体 | Proteintech | 60312-1-Ig | |
| 抗Cyclin A2抗体 | Proteintech | 66391-1-Ig | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Bioscience | MN-MS-RNA-250 |
| RT-qPCR | Prime Script RT和SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | Vazyme | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0010 | |
| HRP标记的二抗 | Beyotime Biotechnology | A0208 | |
| HRP标记的二抗 | Beyotime Biotechnology | A0216 | |
| 细胞周期检测 | PI染色液 | Beyotime Biotechnology | C1052 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞周期检测 | CytoFlex流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| CCK-8实验 | 酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 纳入患者时间、样本量、伦理批准编号 阅读提示:Methods 2.2 |
| 免疫组织化学 | 一抗浓度、抗原修复方法、染色定量标准 阅读提示:Methods 2.2 |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分、培养条件 阅读提示:Methods 2.4 |
| 基因敲低/过表达 | shRNA靶序列、质粒构建、病毒包装细胞 阅读提示:Methods 2.4,Table 1 |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度、CCK-8检测时间点、EdU浓度和孵育时间、集落培养天数 阅读提示:Methods 2.7-2.9 |
| 细胞周期检测 | 细胞固定条件、PI染色浓度孵育时间、流式细胞仪型号 阅读提示:Methods 2.10 |
| 蛋白质印迹 | 一抗浓度、二抗浓度、内参选择 阅读提示:Methods 2.6 |