RNA测序与差异表达分析
识别EAOC与EMC在位子宫内膜之间的差异表达基因。
对5个EAOC和4个EMC组织样本进行RNA测序,并用limma包分析差异表达基因。
Overexpression of FOS enhances the malignant potential of eutopic endometrial stromal cells in patients with endometriosis‑associated ovarian cancer.
包含RNA测序、IHC、细胞功能实验和Western blot验证,但缺乏动物模型或体内验证,因此为中。
人子宫内膜基质细胞(hEnSCs) EAOC患者和EMC患者的原位子宫内膜组织样本
RNA测序样本量:EAOC(n=5)和EMC(n=4) 差异表达基因筛选阈值:|log2FC|>1且调整后P值<0.05 IHC检测FOS表达:EAOC(n=63)、EMC(n=95)和正常对照(n=16) FOS抑制剂T-5224处理浓度:0、5、10、20 μM FOS过表达使用Lv-FOS慢病毒,MOI=200
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别EAOC与EMC在位子宫内膜之间的差异表达基因。
对5个EAOC和4个EMC组织样本进行RNA测序,并用limma包分析差异表达基因。
探索差异基因涉及的信号通路。
使用GO、GSEA和PPI网络分析差异基因的功能富集。
验证FOS蛋白在临床样本中的表达差异。
对EAOC、EMC和正常对照的子宫内膜组织进行IHC染色,并分析FOS表达。
获得并验证原代子宫内膜基质细胞。
从EAOC和EMC患者的在位子宫内膜中分离hEnSCs,通过流式细胞术和免疫荧光鉴定。
验证FOS对hEnSCs增殖和迁移的影响。
使用FOS抑制剂T-5224处理EAOC来源的hEnSCs,并使用Lv-FOS过表达FOS在EMC来源的hEnSCs中,进行CCK-8、集落形成和划痕实验。
检测FOS调控的细胞周期和迁移相关蛋白。
通过Western blot检测P21、CDK4、CyclinD1、p-Stat3、MMP2和MMP9的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取和测序 | Illumina HiSeq | -- | -- |
| 免疫组化 | 兔抗FOS抗体 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | GB12069 |
| 辣根过氧化物酶偶联的山羊抗兔IgG | Proteintech Group, Inc. | SA00001-2 | |
| 光学显微镜 | Motic Incorporation, Ltd. | AE2000 | |
| 细胞培养 | IV型胶原酶 | MilliporeSigma | -- |
| DMEM/F12培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | P1400 | |
| 细胞鉴定 | 兔抗Src抗体 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | GB111035 |
| 小鼠抗波形蛋白抗体 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | GB12192 | |
| Cy3偶联的山羊抗兔IgG (H+L) | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | GB21303 | |
| FITC偶联的山羊抗小鼠IgG (H+L) | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | GB22301 | |
| 细胞转染 | FOS慢病毒 | Hunan Fenghui Biological Co., Ltd. | -- |
| 阴性对照慢病毒 | Hunan Fenghui Biological Co., Ltd. | -- | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 细胞功能实验 | T-5224 | MedChemExpress | HY-12270 |
| CCK-8试剂 | Zeta Life Inc. | K009 | |
| 酶标仪 | Nanjing DeTie Laboratory Equipment Co., Ltd. | E0226 | |
| 集落形成实验 | 吉姆萨染液 | Biotopped | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Institute of Biotechnology | P0013B |
| 去污剂兼容型Bradford蛋白定量试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | P0006C | |
| 预制Bis-Tris凝胶 | Absin | abs9384 | |
| 分子量标准 | Beijing Transgen Biotech Co., Ltd. | DM141-01 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 抗FOS抗体 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | GB12069 | |
| 抗P21抗体 | Proteintech Group, Inc. | 10355-1-AP | |
| 抗CDK4抗体 | Proteintech Group, Inc. | 11026-1-AP | |
| 抗CyclinD1抗体 | Proteintech Group, Inc. | 26939-1-AP | |
| 抗磷酸化Stat3抗体 | BIOSS | bs-1658R | |
| 抗Stat3抗体 | BIOSS | bsm-52235R | |
| 抗MMP2抗体 | BIOSS | bs-0412R | |
| 抗MMP9抗体 | BIOSS | bs-4593R | |
| 抗GAPDH抗体 | Bioworld Technology, Inc. | BS65656 | |
| HRP标记的二抗 | Bioworld Technology, Inc. | BS13278和BS12478 | |
| 图像密度计 | Clinx Science Instruments Co., Ltd. | -- | |
| ECL试剂盒 | Affinity Biosciences | KF8005 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RNA测序 | 样本量:EAOC(n=5),EMC(n=4);筛选阈值:|log2FC|>1,调整后P值<0.05 阅读提示:Materials and methods, RNA extraction and sequencing, RNA-seq data analysis |
| 免疫组化 | 样本:EAOC(n=63)、EMC(n=95)、正常对照(n=16);一抗:兔抗FOS抗体(1:400);二抗:山羊抗兔IgG-HRP(1:200) 阅读提示:Materials and methods, IHC; Figure 2 legend |
| 细胞培养与鉴定 | 组织来源:3例EAOC和3例EMC患者;分离方法:胶原酶IV消化;培养条件:DMEM/F12,10% FBS,1%青霉素-链霉素 阅读提示:Materials and methods, Isolation, identification and culture conditions for hEnSCs; Figure 3 legend |
| FOS抑制实验 | 抑制剂:T-5224;浓度:0、5、10、20 μM;处理时间:48小时和72小时 阅读提示:Materials and methods, Cell Counting Kit-8 assay, Cell scratch assay; Figure 4 legend |
| FOS过表达实验 | 慢病毒:Lv-FOS和LV-NC;MOI=200;转染效率:约80-90% 阅读提示:Materials and methods, Generation of stably transfected hEnSCs; Figure 5 legend |
| Western blot | 蛋白上样量:15 µg/泳道;抗体稀释:抗FOS 1:1000,抗P21 1:2000,抗CDK4 1:2000等 阅读提示:Materials and methods, Western blot analysis; Figures 4F-I and 5G-J legends |