临床样本表达与预后分析
评估SPC25在ESCC组织中的表达及其与临床特征和预后的关系。
对88例原发性ESCC肿瘤组织和68例非肿瘤组织进行IHC染色,评估SPC25表达;用RT-qPCR检测10对配对组织的mRNA水平;分析TCGA数据;通过Kaplan-Meier曲线分析SPC25表达与总生存期的关系。
SPC25 upregulates CCND1 to promote the progression of esophageal squamous cell carcinoma by inhibiting MDM2-mediated E2F1 ubiquitination.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、体内异种移植模型及机制验证(泛素化、ChIP、荧光素酶报告基因)。
食管鳞状细胞癌细胞系EC9706、Eca-109、TE-1 人正常食管上皮细胞HEEC 异种移植小鼠模型(BALB/c nu/nu小鼠,Eca-109细胞皮下注射) 原发性ESCC患者肿瘤组织与配对非肿瘤组织
SPC25在ESCC组织和细胞系中的表达水平(IHC、RT-qPCR、WB) SPC25敲低后细胞增殖、迁移、侵袭、细胞周期和凋亡的变化 CCND1过表达对SPC25敲低效应的挽救作用 E2F1与CCND1启动子的结合及SPC25对其影响(ChIP、荧光素酶报告基因) SPC25调控E2F1泛素化的机制(CHX追踪、MG132处理、泛素化实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SPC25在ESCC组织中的表达及其与临床特征和预后的关系。
对88例原发性ESCC肿瘤组织和68例非肿瘤组织进行IHC染色,评估SPC25表达;用RT-qPCR检测10对配对组织的mRNA水平;分析TCGA数据;通过Kaplan-Meier曲线分析SPC25表达与总生存期的关系。
验证SPC25对ESCC细胞增殖、迁移、侵袭、细胞周期和凋亡的影响。
使用慢病毒载体在EC9706和Eca-109细胞中敲低SPC25,通过Celigo计数、划痕实验、Transwell实验和流式细胞术检测细胞功能变化。
鉴定SPC25敲低后差异表达的基因和通路,寻找下游关键分子。
对SPC25敲低的Eca-109细胞进行RNA-seq,通过IPA分析经典通路和上游调控因子,并用RT-qPCR和WB验证关键基因。
验证SPC25和CCND1在体内对肿瘤生长的影响。
将Eca-109细胞(NC、OE、KD、OE+KD)皮下注射到BALB/c nu/nu小鼠,每周测量肿瘤体积,5周后处死取瘤,进行Ki-67 IHC染色。
确定SPC25调控CCND1的转录因子。
通过TRRUST和JASPAR数据库预测CCND1的转录因子,候选为E2F1;用ChIP实验验证E2F1结合CCND1启动子,并用荧光素酶报告基因实验验证E2F1对CCND1启动子的作用。
阐明SPC25如何调控E2F1蛋白稳定性。
通过CHX追踪、MG132处理和泛素化实验检测E2F1的稳定性;通过UbiBrowser预测E3连接酶为MDM2,并验证MDM2过表达对E2F1泛素化和降解的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Key GEN Bio TECH | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Sigma | T9424 |
| HiScript II Q RT SuperMix逆转录试剂盒 | Vazyme | R123-01 | |
| ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q111-02 | |
| VII7实时荧光定量PCR系统 | ABI | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Biouniquer Technology | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| BeyoECL Plus化学发光试剂盒 | Beyotime | -- | |
| Quantity One系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫组化 | SPC25抗体 | Bioss | bs-7716R |
| CCND1抗体 | Abcam | ab49754 | |
| Ki-67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶染色 | Vazyme | -- |
| Annexin-V-APC试剂 | eBioscience | -- | |
| 碘化丙啶染色(凋亡) | eBioscience | -- | |
| RNA-seq | NEBNext Ultra定向RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- |
| Illumina HiSeq 4000测序平台 | Illumina | -- | |
| 免疫共沉淀 | MG-132蛋白酶体抑制剂 | Med ChemExpress | -- |
| Pierce Protein A/G磁珠 | Life Technologies | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | -- |
| ChIP实验 | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | CST | 9003 |
| E2F1抗体 | Santa Cruz | sc-251 | |
| 兔IgG阴性对照 | CST | 13987S | |
| 组蛋白H3抗体 | CST | 4620 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本来源、排除标准、SPC25和CCND1的IHC评分标准、SPC25表达与临床特征的关联 阅读提示:Materials and methods: Patients and sample collection, Immunohistochemistry (IHC) assays; Results: SPC25 was overexpressed in primary ESCC... |
| 细胞培养与敲低/过表达 | 细胞系及其来源、培养条件、慢病毒感染MOI、敲低和过表达效率验证 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and cell culture, Lentiviral transduction of ESCC cells |
| 细胞功能实验 | 增殖检测方法及时间点、划痕实验和Transwell实验的具体条件、细胞周期和凋亡检测方法 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation, Wound healing and transwell assay, Cell cycle and apoptosis assays |
| 体内异种移植实验 | 小鼠品系、分组、注射细胞数、肿瘤体积测量方法、实验周期 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Results: SPC25 facilitated tumorigenesis through CCND1 in ESCC in vivo |
| 机制验证实验 | ChIP实验的抗体和引物、荧光素酶报告基因载体和检测、泛素化实验的CHX和MG132浓度及处理时间 阅读提示:Materials and methods: Luciferase reporter assay, Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay, Ubiquitination assays |