DBF4表达分析
评估DBF4在ccRCC与正常组织中的表达差异及其与临床特征的关系
利用TCGA数据库(541肿瘤样本和72正常样本)及GEO数据集(GSE53757和GSE36895)比较DBF4表达,并通过配对样本分析和临床特征分层分析。
Clinical significance and pro-oncogenic function of DBF4 in clear cell renal cell carcinoma.
基于TCGA和GEO数据库分析、临床样本IHC验证、体外细胞功能实验(增殖、凋亡、周期、迁移)及体内异种移植模型,包含多层次验证。
透明细胞肾细胞癌组织样本(75对) 786-O和A498肾细胞癌细胞系 BALB/c裸鼠异种移植模型
DBF4在ccRCC组织中高表达,且与临床分期和性别相关(TCGA和GEO数据集) 高DBF4表达与较低五年总生存率相关(Kaplan-Meier分析,HR=2.17) DBF4敲低(shRNA)导致786-O和A498细胞增殖、迁移和侵袭能力下降,凋亡增加 DBF4敲低导致细胞周期阻滞于G0/G1期,并抑制MCM2磷酸化和cyclin D1表达 体内异种移植实验中,DBF4敲低显著减小肿瘤体积和重量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估DBF4在ccRCC与正常组织中的表达差异及其与临床特征的关系
利用TCGA数据库(541肿瘤样本和72正常样本)及GEO数据集(GSE53757和GSE36895)比较DBF4表达,并通过配对样本分析和临床特征分层分析。
验证DBF4在ccRCC患者组织中的蛋白表达水平
使用75对ccRCC肿瘤和癌旁组织构建组织芯片,通过免疫组化(IHC)检测DBF4表达,用染色评分比较。
分析DBF4表达与患者总生存期和诊断价值的关系
基于TCGA队列,通过Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素Cox回归评估预后价值,通过ROC曲线评估诊断价值。
探究DBF4相关的潜在机制和信号通路
通过GEPIA2识别相似基因,进行GO和KEGG富集分析;构建PPI网络;进行GSEA分析;分析DBF4与免疫调节因子的相关性。
验证DBF4对ccRCC细胞增殖、凋亡、周期、迁移和侵袭的影响
在786-O和A498细胞中敲低DBF4(shRNA),通过CCK-8、流式细胞术、集落形成、划痕和Transwell实验检测功能变化,并通过Western blot检测相关蛋白。
验证DBF4对ccRCC肿瘤生长的体内影响
将敲低DBF4的786-O细胞(786-O/shDBF4)和对照细胞(786-O/shNC)皮下注射裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并通过Ki-67染色评估增殖。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Gibco | C12571500BT |
| RPMI 1640培养基 | Cytiva HyClone | SH30809.01 | |
| 胎牛血清(FBS) | Gibco | 10099141 C | |
| 基因敲低 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | BD | -- |
| 细胞周期检测 | 7-AAD | Beyotime | C1053S |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| 细胞迁移和侵袭 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 结晶紫 | Beyotime | -- | |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂盒II | Omega Bio-Tek | -- |
| 逆转录 | qPCR逆转录预混液 | MCE | HY-K0510 |
| qRT-PCR | SYBR Green qPCR预混液 | MCE | HY-K0501 |
| Western blot | DBF4抗体 | Abcam | ab124707 |
| CDC7抗体 | Proteintech | 17980-1-AP | |
| 细胞周期蛋白D1抗体 | Proteintech | 26939-1-AP | |
| CDK4抗体 | Proteintech | 11026-1-AP | |
| 磷酸化MCM2(Ser139)抗体 | Cell Signaling Technology | #12958 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| 增强化学发光试剂(ECL) | Thermo Fisher | -- | |
| 免疫组织化学 | DBF4抗体 | BIOSS | bs-7895R |
| HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | #7074S | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Charles River Laboratories | -- |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | BD | -- |
| qRT-PCR | ABI 7500实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 表达分析 | TCGA和GEO数据集的样本量、配对情况、以及DBF4表达的分组方法(中位数) 阅读提示:Materials and Methods: Sample datasets and clinical profiles, Analysis of DBF4 expression patterns |
| 临床样本IHC验证 | 组织芯片的样本来源、抗体稀释度、染色评分标准 阅读提示:Materials and Methods: Clinical patient specimens, Immunohistochemical staining |
| 细胞培养 | 细胞系名称、培养基种类、血清浓度、培养条件 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and cell culture |
| 基因敲低 | shRNA靶序列、转染试剂、筛选方法 阅读提示:Materials and Methods: Specific knockdown of DBF4 expression |
| 体外功能实验 | 细胞增殖、凋亡、周期、迁移和侵袭实验的具体条件(如细胞数、时间、试剂) 阅读提示:Materials and Methods: Cell apoptosis and cell cycle analysis, Cell proliferation, Cell migration and invasion assays, Colony formation assay |
| 体内实验 | 动物品系、周龄、性别、细胞注射数量、肿瘤测量时间点、处死时间 阅读提示:Materials and Methods: Animal experiments |
| 蛋白表达检测 | 抗体品牌、货号、稀释度、蛋白上样量、曝光条件 阅读提示:Materials and Methods: Western blot |