临床样本分析
检测SLC25A1在ESCC组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。
使用免疫组化和Western blot检测97对ESCC及癌旁组织中SLC25A1表达,并分析其与T分期、淋巴结转移、复发及生存率的关系。
SLC25A1 promotes lymph node metastasis of esophageal squamous cell carcinoma by regulating lipid metabolism.
研究包含临床样本分析、体外细胞功能实验、体内动物模型及分子机制验证(RNA-seq、Western blot等)多个证据层级。
食管鳞状细胞癌细胞系KYSE150和KYSE30 裸鼠皮下异种移植瘤模型
SLC25A1在ESCC组织和细胞系中的表达水平 SLC25A1沉默或抑制对细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响 SLC25A1对脂质含量和能量代谢(耗氧率、线粒体呼吸链复合物活性)的影响 SLC25A1对FGFBP1表达及AKT磷酸化的影响 SLC25A1沉默对体内肿瘤生长的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测SLC25A1在ESCC组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。
使用免疫组化和Western blot检测97对ESCC及癌旁组织中SLC25A1表达,并分析其与T分期、淋巴结转移、复发及生存率的关系。
验证SLC25A1对ESCC细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
通过慢病毒介导的shRNA沉默或CTPI-2抑制SLC25A1,进行CCK8、EdU、集落形成、伤口愈合、Transwell和流式细胞术实验。
评估SLC25A1对ESCC细胞脂质合成和能量代谢的影响。
检测细胞内游离脂肪酸、甘油三酯和胆固醇含量,进行BODIPY 493/503染色,并测量耗氧率及线粒体呼吸链复合物活性。
寻找SLC25A1影响ESCC恶性行为的分子机制。
对SLC25A1沉默的KYSE150细胞进行RNA-seq,并进行Reactome富集分析,验证FGFBP1表达和AKT通路活性。
验证SLC25A1对ESCC体内生长的影响。
将SLC25A1沉默或对照KYSE150细胞皮下注射到裸鼠,观察肿瘤生长并检测肿瘤组织中SLC25A1和FGFBP1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | CTPI-2 | MedChemExpress | -- |
| 细胞培养 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| 免疫组织化学 | 抗SLC25A1抗体 | Proteintech | 15235-1-AP |
| 抗FGFBP1抗体 | Bioss antibodies | bs-1768R | |
| 山羊血清 | Servicebio | G1208-5ML | |
| 免疫组织化学试剂盒 | Servicebio | G1215-200T | |
| DAB显色剂 | -- | -- | |
| 慢病毒感染 | pLKO.1-puro载体 | -- | -- |
| Lipofectamine™ 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 0.45 μm滤器 | Pall Life Sciences | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol reagent | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Evo M-MLV逆转录试剂盒(含gDNA清除) | Accurate Biology | -- | |
| SYBR Green实时PCR预混液 | Takara Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| RNA-seq | NEBNext® mRNA磁珠分离模块 | New England Biolabs, Inc. | NEB #E7770S/L |
| NEBNext® Ultra™ II mRNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs, Inc. | #E7775S/L | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina, Inc. | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | -- | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 脱脂奶粉 | -- | -- | |
| 抗SLC25A1抗体 | Proteintech | 15235-1-AP | |
| 抗AKT抗体 | diagbio | db14689 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | diagbio | db12718 | |
| 抗FGFBP1抗体 | Bioss antibodies | bs-1768R | |
| 抗GAPDH抗体 | Bioss antibodies | bs-10900R | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Bioss antibodies | bs-0061R | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG二抗 | Huabio | HA1008 | |
| Immobilon ECL Ultra Western HRP底物 | Millipore | -- | |
| Amersham Imager 680成像仪 | GE HealthCare | -- | |
| EdU增殖检测 | EdU荧光染色试剂盒(Cell-Light EdU Apollo体外试剂盒) | ribobio | -- |
| 倒置荧光显微镜 | -- | -- | |
| ZEN 3.3 blue版软件 | Zeiss | -- | |
| CCK-8检测 | CCK-8试剂 | MedChemExpress | -- |
| 酶标仪(Multiskan Go) | Thermo | -- | |
| Transwell实验 | Matrigel基质胶 | BD Science | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-PE/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Meilun Biotechnology Co., Ltd. | MA0429 |
| BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| BD FACSDiva 7.0软件 | BD Biosciences | -- | |
| 脂质含量测定 | 甘油三酯含量检测试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | BC0625 |
| 游离脂肪酸含量检测试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | BC0595 | |
| 总胆固醇含量检测试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | BC1985 | |
| 脂质染色 | BODIPY 493/503荧光染料 | MedChemExpress | -- |
| 耗氧率检测 | 细胞外耗氧率检测试剂盒 | Dojindo | E297 |
| 线粒体呼吸链复合物活性检测 | 线粒体呼吸链复合物I-V活性检测试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | BC0515, BC3230, BC3240, BC0945, BC1445 |
| 动物实验 | BALB/c小鼠 | Charles river | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | SLC25A1蛋白高表达的判定标准(IHS评分8-12);样本量(97例);组织来源(食管癌切除);随访时间(≥3年) 阅读提示:Materials and methods: Patients; Immunohistochemistry; Figure 1 |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(KYSE150、KYSE30)培养基(RPMI-1640+10%FBS);CTPI-2的浓度(30 μM);慢病毒感染MOI(20)和嘌呤霉素筛选浓度(5 μg/ml) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and culture; Lentiviral infection |
| 细胞功能实验 | 细胞接种数(CCK8和EdU为5000个/孔);处理时间(24、48、72、96 h);结晶紫染色浓度(0.1%)和染色时间(3 min);Transwell中细胞数量(50000)和孵育时间(24或48 h);凋亡检测时细胞密度(85%)和染色时间(15 min) 阅读提示:Materials and methods: Cell Counting Kit (CCK)8 assay; EdU cell proliferation assay; Colony formation assay; Wound healing assay; Cell migration and invasion assay; Apoptosis assay |
| 代谢检测 | 脂质提取和定量方法(试剂盒型号);BODIPY浓度(5 μM);无糖培养基培养时间(24 h);耗氧率检测试剂盒(Dojindo E297);线粒体复合物活性检测试剂盒型号 阅读提示:Materials and methods: Determination of intracellular lipid content; BODIPY 493/503 staining; Measurement of cellular oxygen consumption rate; Measurement of mitochondrial respiratory chain complex activity |
| 体内实验 | 动物品系(BALB/c)和性别(雄性);周龄(4-6周)和体重(10-14 g);细胞注射数量(1×10^6);肿瘤体积测量频率(每5天)和实验终点(20天);环境条件(26-28°C,40-60%湿度,12/12小时光暗循环) 阅读提示:Materials and methods: Xenograft model of ESCC; Figure 6 |