生物信息学分析
鉴定与Mcl-1相关的信号通路
分析GSE190529数据集,进行PCA、UMAP降维,筛选差异基因(Fold Change>1.2, P<0.05),进行GO、KEGG富集分析,并使用WGCNA识别与Mcl-1相关的基因模块,进一步对交集基因进行富集分析。
Mcl-1 downregulation enhances BCG treatment efficacy in bladder cancer by promoting macrophage polarization.
包含GSE190529数据集分析、体外共培养模型、MNU诱导大鼠膀胱癌模型,并进行了Western blot、ELISA、免疫荧光、流式细胞术、TUNEL等多项功能及机制验证,且使用抑制剂SP600125进行反向验证,证据层级独立且充分。
Raw264.7巨噬细胞与MB49小鼠膀胱癌细胞共培养模型 MNU诱导的大鼠膀胱癌模型
Raw264.7细胞与MB49细胞共培养,BCG感染比例为10:1,Mcl-1shRNA转染4小时 SP600125(30 μmol/L)处理 MNU经尿道灌注(10 mg/mL,2.0 mg/只,每两周一次,共4次)诱导大鼠膀胱癌 Mcl-1shRNA(85 μg/只,肌肉注射,每日一次,连续7天) SP600125(10 mg/mL,腹腔注射,每日一次,连续7天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与Mcl-1相关的信号通路
分析GSE190529数据集,进行PCA、UMAP降维,筛选差异基因(Fold Change>1.2, P<0.05),进行GO、KEGG富集分析,并使用WGCNA识别与Mcl-1相关的基因模块,进一步对交集基因进行富集分析。
模拟肿瘤微环境,评估Mcl-1shRNA联合BCG对巨噬细胞极化和膀胱癌细胞功能的影响
将Raw264.7巨噬细胞与MB49细胞在Transwell小室中共培养,设(BCG+M0)-MB49组、(BCG+Mcl-1shRNA+M0)-MB49组、(BCG+Mcl-1shRNA+M0+SP600125)-MB49组,检测巨噬细胞极化标志物、MB49细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡及信号通路蛋白表达。
评估Mcl-1shRNA联合BCG在体内的抗肿瘤效果及机制
用MNU诱导大鼠膀胱癌模型,分为Sham、BLCA、BCG、BCG+Mcl-1shRNA、BCG+Mcl-1shRNA+SP600125组,进行BCG膀胱灌注、Mcl-1shRNA注射及SP600125注射,通过超声、HE染色、免疫荧光、Western blot、TUNEL染色、免疫组化检测相关指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | SP600125 | Selleck | -- |
| 细胞培养 | MB49细胞系 | iCell Bioscience Inc. | -- |
| Raw264.7细胞系 | 中国科学院典型培养物保藏委员会细胞库 | -- | |
| Western blot | Anti-Arg-1 | Abcam | ab60176 |
| Anti-iNOS | Abcam | ab15323 | |
| Anti-CD86 | Abcam | ab239075 | |
| Anti-CD206 | Abcam | ab64693 | |
| Anti-JNK | Proteintech | 66210-1-Ig | |
| Anti-ASK1 | Proteintech | 67072-1-Ig | |
| Anti-CX43 | Proteintech | 26980-1-AP | |
| Anti-Bax | Bioss | bs-4605R | |
| Anti-Bcl-2 | Bioss | bsm-52304R | |
| Anti-P-ASK1 | Bioss | bs-3029R | |
| Anti-MKK7 | Bioss | bs-1979R | |
| Anti-P-MKK7 | Bioss | bs-3277R | |
| Anti-P-JNK | Bioss | bs-1640R | |
| Anti-cJUN | Bioss | bs-0670R | |
| Anti-P-cJUN | Bioss | bsm-52141R | |
| Anti-CyclinD1 | Bioss | bsm-52046R | |
| Anti-PCNA | Bioss | bsm-52347R | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | GIBCO | -- |
| 胎牛血清 | GIBCO | -- | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | MultiSciences Biotech Co., Ltd. | -- |
| 细胞培养 | Lipofectamine 2000 | -- | -- |
| OPTI-MEM培养基 | -- | -- | |
| 凋亡检测 | AnnexinV-FITC | -- | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | GSE190529数据集来源、差异基因筛选阈值(Fold Change>1.2,P<0.05)、WGCNA关键参数(软阈值、模块) 阅读提示:Methods: GSE190529 dataset differential gene enrichment analysis; Results: Bioinformatics results |
| 体外共培养模型 | Raw264.7与MB49共培养比例、BCG感染比例(10:1)、Mcl-1shRNA转染方法(Lipofectamine 2000,质粒DNA 4 μg)、SP600125浓度(30 μmol/L) 阅读提示:Methods: Co-culture experiments and groups; Establishment of an infection model |
| 动物模型建立 | 大鼠品系、性别、体重(Sprague-Dawley雌性,180±20g)、MNU剂量(2.0 mg/只,每两周一次,共4次)、BCG剂量(0.1mL/100g,每两周一次,共3次)、Mcl-1shRNA剂量(85 μg/只/天,连续7天)、SP600125剂量(10 mg/mL,腹腔注射,连续7天) 阅读提示:Methods: The preparation of animals and models; Results: Animal experiment results |
| 功能检测 | CCK-8检测细胞数(4×10^3细胞/孔)、Transwell迁移/侵袭时间(24小时)、划痕实验时间点(0和24小时) 阅读提示:Methods: Co-culture experiments; Results: Mcl-1shRNA+BCG: suppression effects on MB49 cells |
| 机制验证 | Western blot中使用的抗体及稀释比例、SP600125抑制JNK通路后蛋白表达变化 阅读提示:Methods: Western blotting; Results: Inhibition of bladder cancer cells: role of Mcl-1shRNA+BCG in ASK1/MKK7/JNK signaling and CX43 expression |