生物信息学筛选预后相关基因
筛选与胆固醇代谢相关且影响NSCLC预后的关键基因。
从MSigDB获取胆固醇代谢基因集,结合TCGA-NSCLC数据筛选差异表达基因,通过单因素Cox分析鉴定预后相关基因,并对SEC14L2进行生存分析。
SEC14L2 regulates the transport of cholesterol in non-small cell lung cancer through SCARB1.
包含体外细胞实验(CCK-8、EdU、集落形成、划痕、Transwell)、体内动物模型(裸鼠移植瘤)及机制验证(WB、IF、Co-IP),证据层级完整。
NSCLC细胞系A549和Calu-1 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型
细胞系:A549和Calu-1 敲低序列:si-SEC14L2-3 胆固醇处理:1% MβCD处理30分钟,100 μM MβCD-chol处理1小时 动物模型:BALB/c裸鼠,皮下注射A549细胞5×10^6/mL,200 μL 统计方法:T检验或方差分析,P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与胆固醇代谢相关且影响NSCLC预后的关键基因。
从MSigDB获取胆固醇代谢基因集,结合TCGA-NSCLC数据筛选差异表达基因,通过单因素Cox分析鉴定预后相关基因,并对SEC14L2进行生存分析。
验证SEC14L2对NSCLC细胞增殖和迁移的影响。
在A549和Calu-1细胞中转染si-SEC14L2,通过CCK-8、EdU、集落形成和划痕愈合及Transwell实验检测细胞增殖和迁移。
验证SEC14L2在体内对肿瘤生长的影响。
在BALB/c裸鼠皮下注射A549细胞,并瘤内注射sh-SEC14L2慢病毒,监测肿瘤体积和重量,通过IHC检测SEC14L2和Ki67表达。
验证SEC14L2是否通过影响胆固醇摄取相关蛋白发挥作用。
通过WB检测胆固醇摄取相关蛋白LDLR和SCARB1及外排蛋白ABCA1的表达,使用试剂盒检测胆固醇含量,并通过胆固醇耗竭和挽救实验进一步验证。
验证SEC14L2是否靶向SCARB1并调控其表达。
通过IF共定位、Co-IP实验验证SEC14L2与SCARB1蛋白相互作用,并通过过表达/敲低SCARB1挽救实验验证SEC14L2通过SCARB1调控胆固醇含量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F12K培养基 | -- | -- |
| McCoy's 5A培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141 | |
| 青霉素-链霉素 | Abiowell | AWH0529a | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| siRNA转染 | si-SEC14L2-1 | HonorGene | HG-shHO456571 |
| si-SEC14L2-2 | HonorGene | HG-shHO456571 | |
| si-SEC14L2-3 | HonorGene | HG-shHO456571 | |
| si-SCARB1 | HonorGene | HG-shHO710270 | |
| 过表达转染 | oe-SCARB1过表达载体 | HonorGene | HG-HO710270 |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Thermo | 15596026 |
| RT-qPCR | SYBR Green染料 | -- | -- |
| QuantStudio1实时荧光定量PCR仪 | ABI | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Tongren | NU679 |
| 细胞增殖检测 | EdU检测试剂盒 | RIBOBIO | C10310 |
| 细胞迁移检测 | Transwell小室 | Corning | 3428 |
| Matrigel基质胶 | Biocoat | 356234 | |
| 细胞染色 | 结晶紫溶液 | Solarbio | G1062 |
| 免疫组化 | SEC14L2抗体 | Abiowell | AWA12665 |
| Ki67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| DAB显色液 | ZSGB-BIO | ZLI-9018 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Abiowell | AWB0136 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Abiowell | AWB0104 | |
| 5×上样缓冲液 | Abiowell | AWB0055 | |
| LDLR抗体 | Abiowell | AWA49839 | |
| SCARB1抗体 | Abcam | ab217318 | |
| ABCA1抗体 | Abiowell | AWA41977 | |
| β-actin抗体 | Abiowell | AWA80002 | |
| ECL化学发光液 | Abiowell | AWB0005 | |
| ChemiScope6100化学发光成像系统 | Clinx Science Instruments | -- | |
| 胆固醇处理 | 甲基-β-环糊精 | -- | -- |
| 普伐他汀 | -- | -- | |
| 胆固醇-MβCD复合物 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | SCARB1抗体 | Bioss | Bsm-52283R |
| TSA-520荧光染料 | Abiowell | AWI0688 | |
| TSA-570荧光染料 | -- | -- | |
| DAPI染色液 | Abiowell | AWI0429 | |
| 免疫共沉淀 | 免疫共沉淀裂解液 | Abiowell | AWB0144 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(A549和Calu-1)、培养基(F12K、McCoy's 5A)、FBS浓度(10%)、青霉素-链霉素(1%)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、siRNA序列及转染时间(48h) 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| 细胞增殖和迁移实验 | 细胞接种密度(CCK-8:5×10^3 cells/well)、EdU浓度(50 μM)、集落形成(200 cells/well)、划痕愈合(血清-free McCoy's 5A)、Transwell(2×10^6/mL) 阅读提示:Methods: CCK-8 assay, EdU, colony formation, wound-healing, Transwell |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c nude)、周龄(4-6周)、细胞注射浓度(5×10^6/mL,200 μL)、瘤内注射sh-SEC14L2(1×10^10 PFU/mouse,每14天)、肿瘤测量频率(每周两次) 阅读提示:Methods: Animal models |
| 胆固醇耗竭与挽救 | MβCD浓度(1%)、处理时间(30min)、pravastatin浓度(20 μM或40 μM)、MβCD-chol浓度(100 μM)及处理时间(1h) 阅读提示:Methods: Cholesterol depletion and rescue assay |
| 机制验证 | WB抗体稀释比(LDLR 1:1000, SCARB1 1:2000, ABCA1 1:1000, β-actin 1:5000)、IF抗体浓度(SEC14L2 1:50, SCARB1 1:50)、Co-IP步骤 阅读提示:Methods: Western blot, IF, Co-IP |
| 数据分析 | 统计方法(T-test, one-way/two-way ANOVA, Tukey's post-hoc test)及显著性水平(P < 0.05) 阅读提示:Methods: Statistical analysis |