生物信息学分析与临床样本验证
筛选与核糖体生物合成相关的潜在基因,并验证RBIS在肺腺癌中的表达及其与预后的相关性。
通过GSEA和GEO数据进行差异表达基因分析,取交集筛选候选基因;利用TIMER、ULCAN、GEPIA数据库分析RBIS表达及预后;通过qPCR检测60例肺癌及配对癌旁组织中RBIS mRNA表达。
RBIS regulates ribosome biogenesis to affect progression in lung adenocarcinoma.
包含体外细胞功能实验(迁移、侵袭、增殖、凋亡)、体内异种移植瘤模型、机制研究(核糖体生物合成、多聚核糖体谱、蛋白合成检测、Co-IP)及药物敏感性实验,具有多个独立证据层级。
肺腺癌细胞系A549 肺腺癌细胞系H1299 肺腺癌细胞系PC9 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 NOD-SCID小鼠尾静脉肺转移模型
RBIS敲低效率(siRNA/shRNA转染) 细胞系(A549、H1299、PC9) CX-5461处理浓度(75 μM)及时间(48小时) 吉西他滨浓度梯度(0-31.6 μM)及处理时间(72小时) 体内实验小鼠周龄、性别、数量及接种细胞数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与核糖体生物合成相关的潜在基因,并验证RBIS在肺腺癌中的表达及其与预后的相关性。
通过GSEA和GEO数据进行差异表达基因分析,取交集筛选候选基因;利用TIMER、ULCAN、GEPIA数据库分析RBIS表达及预后;通过qPCR检测60例肺癌及配对癌旁组织中RBIS mRNA表达。
评估RBIS敲低对肺癌细胞迁移、侵袭、增殖和存活的影响。
使用siRNA或shRNA敲低RBIS,通过Transwell实验、伤口愈合实验、CCK-8实验和集落形成实验检测细胞行为。
验证RBIS敲低对肿瘤生长和转移的抑制效果。
将稳定敲低RBIS的A549细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,监测肿瘤体积和重量;通过尾静脉注射至NOD-SCID小鼠建立肺转移模型,观察转移灶。
研究RBIS敲低对细胞周期和凋亡的影响。
使用流式细胞术检测细胞周期和凋亡率,Western blot检测细胞周期相关蛋白(c-myc、p21、p-CDK2等)及凋亡相关蛋白(MCL-1)表达。
探究RBIS是否通过调控核糖体生物合成影响肿瘤进展。
通过qPCR检测47S rRNA表达;多聚核糖体谱分析翻译效率;全局蛋白质合成检测;免疫荧光观察核仁;CX-5461联合处理;Co-IP和LC-MS/MS鉴定相互作用蛋白。
检测RBIS敲低是否增强肺腺癌细胞对吉西他滨的敏感性。
以不同浓度吉西他滨处理稳定敲低RBIS的A549和H1299细胞,计算IC50,并进行集落形成实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Ham's F-12K培养基 | Basal Media | L450KJ |
| RPMI-1640培养基 | Basal Media | L220KJ | |
| 胎牛血清 | YeaSen | 40130ES76 | |
| 青霉素-链霉素 | Basal Media | S110jv | |
| RNA提取和qPCR | RNAiso Plus | TAKARA | 9109 |
| 逆转录试剂盒 | TAKARA | RR036A | |
| SYBR Green | YeaSen | 11202ES08 | |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | 353097 |
| 结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Basal Media | B320KJ | |
| 细胞存活实验 | CCK8试剂盒 | YeaSen | 40203ES80 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 质粒构建和慢病毒包装 | pMD2.G包装质粒 | Addgene | 12259 |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| TenfectDNA转染试剂 | TEYE | FT19301 | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 体内实验 | BALB/c裸鼠 | -- | -- |
| NOD-SCID小鼠 | -- | -- | |
| 细胞周期分析 | PI染色液 | BD | 550825 |
| CytoFlex S流式细胞仪 | Beckman coulter | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo | 78510 |
| 蛋白酶抑制剂 | YeaSen | 20123ES50 | |
| 磷酸酶抑制剂 | YeaSen | 20109ES20 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| 5×蛋白上样缓冲液 | Yeasen | 20315ES20 | |
| PVDF膜 | Bio-Rad | 1620177 | |
| 增强型化学发光底物 | Share-Bio | sb-wb011 | |
| EdU标记 | 5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 | YeaSen | 40276ES60 |
| 细胞凋亡检测 | PE和7AAD凋亡检测试剂盒 | Vazyme | A213-02 |
| 免疫荧光 | 抗RBIS抗体 | Bioss | BS 15298 |
| 抗核仁素抗体 | Proteintech | 10556-1-AP | |
| 全局蛋白质合成检测 | 全局蛋白质合成试剂盒 | Abcam | ab273286 |
| 药物实验 | CX-5461 | MCE | S2684 |
| 吉西他滨 | MCE | HY-17026 | |
| 免疫沉淀和蛋白质组学分析 | 抗Flag磁珠 | Selleck | B23102 |
| Easy nLC 1200液相色谱系统 | ThermoFisher | -- | |
| Q Exactive质谱仪 | ThermoFisher | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC)、培养基(不同细胞系使用不同培养基)、FBS浓度(10%)、青霉素-链霉素浓度(1%)、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:见Methods中'Cell culture' |
| 迁移和侵袭实验 | 细胞数量(迁移5×10^4,侵袭1×10^5)、Transwell孔径(8 μm)、培养时间(16-20小时)、染色方法(甲醇固定,结晶紫染色) 阅读提示:见Methods中'Migration and invasion assays' |
| 基因敲低 | siRNA序列(见补充表1)、siRNA浓度(120 nmol)、转染试剂(Lipofectamine 2000)及用量(5 μl) 阅读提示:见Methods中'Cell transfection'及补充表1 |
| 体内肿瘤生长实验 | 小鼠品系、性别、周龄、接种细胞数、接种方式、测量频率、实验周期 阅读提示:见Methods中'In vivo tumor growth and metastasis assay'及图4图注 |
| 细胞周期分析 | 固定方法(70%乙醇,-20°C过夜)、PI染色液及用量(500 μl)、孵育时间(10分钟)、流式细胞仪型号 阅读提示:见Methods中'Cell cycle analysis' |
| Crispr/RNA干扰(shRNA) | shRNA序列、慢病毒包装质粒、筛选药物(嘌呤霉素)浓度(2 mg/ml)、筛选时间(1-2周) 阅读提示:见Methods中'Plasmid construction and lentivirus packaging' |