RBIS调节核糖体生物合成以影响肺腺癌的进展

RBIS regulates ribosome biogenesis to affect progression in lung adenocarcinoma.

作者信息Hongyu Pan, Li Liao, Siwei Xu, Yujian Xu, Wenjun Chai, Xiaoli Liu, Jing Li, Yue Cao, Lei Sun, Qian Liu, Mingxia Yan
PMID39722009
发布时间2024-12-25
DOI10.1186/s12967-024-05886-1

实验完整度

包含体外细胞功能实验(迁移、侵袭、增殖、凋亡)、体内异种移植瘤模型、机制研究(核糖体生物合成、多聚核糖体谱、蛋白合成检测、Co-IP)及药物敏感性实验,具有多个独立证据层级。

主要模型

肺腺癌细胞系A549 肺腺癌细胞系H1299 肺腺癌细胞系PC9 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 NOD-SCID小鼠尾静脉肺转移模型

重点核对

RBIS敲低效率(siRNA/shRNA转染) 细胞系(A549、H1299、PC9) CX-5461处理浓度(75 μM)及时间(48小时) 吉西他滨浓度梯度(0-31.6 μM)及处理时间(72小时) 体内实验小鼠周龄、性别、数量及接种细胞数

摘要

背景:增加的核糖体生物合成是肿瘤生长所必需的。在本研究中,我们探讨了核糖体生物合成因子(RBIS)在非小细胞肺癌(NSCLC)进展中的功能及其潜在分子机制。方法:在我们的研究中,我们利用基因集富集分析(GSEA)数据集进行了综合分析,以鉴定与核糖体生物合成相关的关键基因。随后,我们利用基因表达综合(GEO)数据库的数据进行了基因表达谱的比较分析,以确定癌症组织和邻近非癌组织之间的差异表达基因(DEGs)。通过GSEA和GEO所得基因集的交集,我们鉴定了一组可能对肺腺癌进展产生重大影响的核糖体相关基因。经过广泛的文献综述,我们确定RBIS基因是一个值得进一步研究的候选基因。为了阐明RBIS的体外功能作用,我们采用了多种检测方法,包括Transwell迁移和侵袭实验、伤口愈合实验、细胞计数试剂盒-8(CCK-8)增殖实验和集落形成实验。使用皮下和尾静脉注射的肺转移异种移植瘤模型来评估肺癌细胞的致瘤潜能、生长和转移扩散。采用流式细胞术分析细胞周期分布和凋亡率。此外,采用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)定量基因的mRNA表达水平。为了全面评估新生蛋白质的翻译效率,我们采用了多聚核糖体谱分析,以深入了解细胞翻译 landscape。此外,我们使用基于荧光的检测方法定量了全局蛋白质合成,以测量蛋白质合成速率。利用免疫荧光技术研究核仁的亚细胞重组。我们进行了免疫共沉淀(Co-IP)实验,随后进行Western blot分析,以鉴定与RBIS相互作用的潜在蛋白质。使用半数抑制浓度(IC50)评估肺癌细胞对吉西他滨的化学敏感性。此外,集落形成实验用于评估吉西他滨处理后细胞的存活和增殖能力。结果:数据库分析显示,RBIS在肺腺癌中上调,其高表达与不良预后相关;敲低RBIS在体外显著抑制NSCLC细胞的迁移、侵袭和增殖,在体内抑制异种移植瘤的生长和转移。此外,敲低RBIS导致肺腺癌细胞G0/G1期阻滞并显著增加凋亡。机制上,RBIS下调显著降低了47S核糖体RNA(rRNA)的表达,该成分与核糖体组装相关。多聚核糖体谱分析表明RBIS敲低影响了蛋白质翻译效率,全局蛋白质合成实验进一步证实RBIS敲低抑制了新生蛋白质的合成。此外,靶向核糖体生物合成的药物CX-5461与RBIS缺失在抑制细胞周期进程和诱导凋亡方面表现出协同效应。进一步,核糖体成熟因子GNL2被确定为RBIS在核糖体生物合成中的关键下游调控因子。值得注意的是,RBIS敲低显著增加了肺腺癌细胞对化疗药物吉西他滨的敏感性,突显了其在化疗中的作用。结论:总的来说,这些研究表明RBIS与肺腺癌的进展密切相关,为涉及核糖体的靶向治疗干预提供了新的见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
RBIS在肺腺癌进展中的功能及其分子机制。
核心机制
RBIS通过与其下游调控因子GNL2相互作用,调节核糖体生物合成,影响蛋白质翻译效率,进而影响细胞周期和凋亡,促进肺腺癌进展。
主要证据
通过数据库分析和临床样本验证RBIS高表达与不良预后相关;体内外功能实验证明敲低RBIS抑制细胞迁移、侵袭、增殖、肿瘤生长和转移;机制实验显示RBIS敲低降低47S rRNA表达、影响多聚核糖体谱和全局蛋白合成,并通过Co-IP验证RBIS与GNL2相互作用。
研究意义
研究提示RBIS作为肺腺癌的潜在致癌因子和治疗靶点,为靶向核糖体生物合成的治疗策略提供新视角,并可能增强吉西他滨化疗敏感性。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生物信息学分析与临床样本验证

筛选与核糖体生物合成相关的潜在基因,并验证RBIS在肺腺癌中的表达及其与预后的相关性。

通过GSEA和GEO数据进行差异表达基因分析,取交集筛选候选基因;利用TIMER、ULCAN、GEPIA数据库分析RBIS表达及预后;通过qPCR检测60例肺癌及配对癌旁组织中RBIS mRNA表达。

2

体外细胞功能实验

评估RBIS敲低对肺癌细胞迁移、侵袭、增殖和存活的影响。

使用siRNA或shRNA敲低RBIS,通过Transwell实验、伤口愈合实验、CCK-8实验和集落形成实验检测细胞行为。

3

体内肿瘤生长和转移实验

验证RBIS敲低对肿瘤生长和转移的抑制效果。

将稳定敲低RBIS的A549细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,监测肿瘤体积和重量;通过尾静脉注射至NOD-SCID小鼠建立肺转移模型,观察转移灶。

4

细胞周期和凋亡分析

研究RBIS敲低对细胞周期和凋亡的影响。

使用流式细胞术检测细胞周期和凋亡率,Western blot检测细胞周期相关蛋白(c-myc、p21、p-CDK2等)及凋亡相关蛋白(MCL-1)表达。

5

核糖体生物合成机制研究

探究RBIS是否通过调控核糖体生物合成影响肿瘤进展。

通过qPCR检测47S rRNA表达;多聚核糖体谱分析翻译效率;全局蛋白质合成检测;免疫荧光观察核仁;CX-5461联合处理;Co-IP和LC-MS/MS鉴定相互作用蛋白。

6

吉西他滨敏感性评估

检测RBIS敲低是否增强肺腺癌细胞对吉西他滨的敏感性。

以不同浓度吉西他滨处理稳定敲低RBIS的A549和H1299细胞,计算IC50,并进行集落形成实验。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Ham's F-12K培养基Basal MediaL450KJ
RPMI-1640培养基Basal MediaL220KJ
胎牛血清YeaSen40130ES76
青霉素-链霉素Basal MediaS110jv
RNAiso PlusTAKARA9109
逆转录试剂盒TAKARARR036A
SYBR GreenYeaSen11202ES08
Transwell小室Corning353097
结晶紫BeyotimeC0121
磷酸盐缓冲液Basal MediaB320KJ
CCK8试剂盒YeaSen40203ES80
Lipofectamine 2000转染试剂Invitrogen11668019
pMD2.G包装质粒Addgene12259
psPAX2包装质粒Addgene12260
TenfectDNA转染试剂TEYEFT19301
聚凝胺----
嘌呤霉素----
BALB/c裸鼠----
NOD-SCID小鼠----
PI染色液BD550825
CytoFlex S流式细胞仪Beckman coulter--
RIPA裂解液Thermo78510
蛋白酶抑制剂YeaSen20123ES50
磷酸酶抑制剂YeaSen20109ES20
BCA蛋白定量试剂盒Thermo Fisher Scientific23227
5×蛋白上样缓冲液Yeasen20315ES20
PVDF膜Bio-Rad1620177
增强型化学发光底物Share-Biosb-wb011
5-乙炔基-2'-脱氧尿苷YeaSen40276ES60
PE和7AAD凋亡检测试剂盒VazymeA213-02
抗RBIS抗体BiossBS 15298
抗核仁素抗体Proteintech10556-1-AP
全局蛋白质合成试剂盒Abcamab273286
CX-5461MCES2684
吉西他滨MCEHY-17026
抗Flag磁珠SelleckB23102
Easy nLC 1200液相色谱系统ThermoFisher--
Q Exactive质谱仪ThermoFisher--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
细胞系来源(ATCC)、培养基(不同细胞系使用不同培养基)、FBS浓度(10%)、青霉素-链霉素浓度(1%)、培养条件(37°C, 5% CO2)
阅读提示:见Methods中'Cell culture'
迁移和侵袭实验
细胞数量(迁移5×10^4,侵袭1×10^5)、Transwell孔径(8 μm)、培养时间(16-20小时)、染色方法(甲醇固定,结晶紫染色)
阅读提示:见Methods中'Migration and invasion assays'
基因敲低
siRNA序列(见补充表1)、siRNA浓度(120 nmol)、转染试剂(Lipofectamine 2000)及用量(5 μl)
阅读提示:见Methods中'Cell transfection'及补充表1
体内肿瘤生长实验
小鼠品系、性别、周龄、接种细胞数、接种方式、测量频率、实验周期
阅读提示:见Methods中'In vivo tumor growth and metastasis assay'及图4图注
细胞周期分析
固定方法(70%乙醇,-20°C过夜)、PI染色液及用量(500 μl)、孵育时间(10分钟)、流式细胞仪型号
阅读提示:见Methods中'Cell cycle analysis'
Crispr/RNA干扰(shRNA)
shRNA序列、慢病毒包装质粒、筛选药物(嘌呤霉素)浓度(2 mg/ml)、筛选时间(1-2周)
阅读提示:见Methods中'Plasmid construction and lentivirus packaging'