细胞培养和转染
建立FAM96B和FOSL1敲低或过表达的PDLSCs模型
使用慢病毒载体LV5和LV3构建FAM96B或FOSL1的过表达和shRNA敲低,以及siRNA转染。
FAM96B negatively regulates FOSL1 to modulate the osteogenic differentiation and regeneration of periodontal ligament stem cells via ferroptosis.
包含体外细胞实验、体内动物模型(裸鼠皮下移植和大鼠颅骨缺损)、RNA-seq及功能验证和机制研究。
人牙周膜干细胞(PDLSCs) BALB/C裸鼠皮下移植模型 Sprague-Dawley大鼠颅骨缺损模型
FAM96B敲低/过表达对PDLSCs成骨分化的影响 FAM96B对PDLSCs铁死亡的影响(ROS、GPX4、线粒体功能) FOSL1对PDLSCs成骨分化和铁死亡的影响 FOSL1在体内骨再生中的作用(裸鼠皮下移植和大鼠颅骨缺损) FAM96B对FOSL1的负调控关系
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立FAM96B和FOSL1敲低或过表达的PDLSCs模型
使用慢病毒载体LV5和LV3构建FAM96B或FOSL1的过表达和shRNA敲低,以及siRNA转染。
评估FAM96B和FOSL1对PDLSCs成骨分化的影响
进行ALP活性测定、茜素红染色、钙定量分析和OCN表达检测。
识别FAM96B调控的下游基因和信号通路
对FAM96B过表达的PDLSCs进行RNA-seq,并进行GO和KEGG通路分析。
验证FAM96B和FOSL1对PDLSCs铁死亡的影响
检测胞质ROS、GPX4表达、线粒体ROS、MMP、线粒体呼吸和线粒体形态。
评估FAM96B和FOSL1在体内对骨再生的影响
裸鼠皮下移植和SD大鼠颅骨缺损模型,组织学染色和micro-CT分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM Alpha培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | Erastin | MedChemExpress | -- |
| 转染 | LV5慢病毒载体 | GenePharma | -- |
| LV3载体 | GenePharma | -- | |
| 靶向FOSL1的siRNA | GenePharma | -- | |
| Opti-MEM | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | Applygen | -- |
| Western blot | FAM96B抗体 | Abcam | ab166607 |
| OCN抗体 | Abclonal | A20800 | |
| FOSL1抗体 | Abcam | ab252421 | |
| GPX4抗体 | Proteintech | 67763-1-Ig | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 成骨诱导 | ALP活性检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| 显微镜观察 | Olympus IX73显微镜 | Olympus America | -- |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A21206 | |
| Alexa Fluor 594 | Invitrogen | A21207 | |
| 荧光显微镜(Olympus BX61) | Olympus America | -- | |
| RNA-seq | Epi™ mini长链RNA测序试剂盒 | -- | -- |
| Illumina NovaSeq 6000 | Illumina | -- | |
| ROS检测 | DCFH-DA | Beyotime Biotechnology | -- |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX Red | MedChemExpress | -- |
| 线粒体膜电位检测 | TMRE | MedChemExpress | -- |
| 线粒体呼吸检测 | Seahorse XFe24通量分析仪 | Agilent | -- |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜(JEM-1400) | JEOL | -- |
| 动物实验 | 羟基磷灰石/β-磷酸三钙(HA/TCP) | -- | -- |
| 维生素C | Sigma-Aldrich | -- | |
| micro-CT | Skyscan 1174 micro-CT系统 | Bruker | -- |
| 组织学 | Masson染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| BSP抗体 | Bioss | bs-4729R | |
| RUNX2抗体 | Bioss | bs-1134R |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞来源、培养条件、传代次数(P3-P5) 阅读提示:Methods: Cell cultures |
| 转染 | 转染试剂、shRNA序列、siRNA序列、转染时细胞融合度(70-80%) 阅读提示:Methods: Transfection |
| 成骨分化 | 成骨诱导培养基成分、诱导时间(14天)、细胞接种密度 阅读提示:Methods: Osteogenic induction |
| 铁死亡诱导 | Erastin浓度(5 μM)和孵育时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell cultures |
| 动物模型 | 裸鼠品系、周龄、性别;细胞移植数量;支架材料;移植时间(8周) 阅读提示:Methods: Subcutaneous transplantation |
| 大鼠模型 | 大鼠品系、周龄、性别;PDLSC片制备;维生素C浓度;移植时间(12周) 阅读提示:Methods: Rat calvarial defect model |