数据库转录组分析
分析FOXN1基因在LUSC和正常肺组织中的表达差异及其与生存的关系。
利用Xena和TNMplot数据库分析FOXN1表达,用KM plotter分析生存关联。
Forkhead box N1 is possibly a novel biomarker and prognostic indicator for patients with squamous cell lung carcinoma.
结合数据库分析和免疫组化验证,包含临床样本相关性和生存分析,但缺乏功能实验和机制验证。
肺鳞状细胞癌组织样本(80例) 正常肺组织样本(10例)
FOXN1蛋白表达通过免疫组化(IHC)检测 H-score中位数分组(高表达≥中位数,低表达<中位数) 肿瘤分级(G1/G2 vs G3) 淋巴结转移(N0 vs N1+N2+N3) 远处转移(M0 vs M1)和肿瘤分期(I-III vs IV)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析FOXN1基因在LUSC和正常肺组织中的表达差异及其与生存的关系。
利用Xena和TNMplot数据库分析FOXN1表达,用KM plotter分析生存关联。
收集LUSC和正常肺组织样本,并记录临床病理数据。
收集80例原发LUSC和10例正常肺组织,进行病理分级和分期。
评估FOXN1蛋白在LUSC和正常肺组织中的表达水平。
对组织切片进行IHC染色,使用抗FOXN1抗体,通过H-score评分。
描述FOXN1在LUSC中的异质性表达模式。
根据IHC评分将异质性分为“散在”、“下坡梯度”和“斑片”模式。
评估FOXN1表达与临床病理特征及生存的关系。
使用χ2检验、Fisher精确检验、Kaplan-Meier分析和Cox回归分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗FOXN1抗体(兔多克隆FOXN1, bs-6970R) | Bioss | bs-6970R |
| 徕卡Bond聚合物精制检测试剂盒 | -- | -- | |
| 徕卡Bond-max自动染色系统 | Leica | -- | |
| 样本收集 | 组织微阵列 | Shanghai Zhuohao Medical Technology Limited Company | ZL-LUC1602 |
| 统计分析 | SPSS | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据库分析 | 数据库版本和数据集来源(TCGA、GTEx、GEO) 阅读提示:Methods 2.1 和 Figure 1 legend |
| 样本收集 | 样本量:LUSC 80例,正常10例;样本来源:西安交通大学第一附属医院 阅读提示:Methods 2.2 |
| 免疫组化 | 抗体稀释比例1:150;使用Leica Bond-max系统;H-score评分方法 阅读提示:Methods 2.3 |
| 生存分析 | 生存数据来源:80例患者;中位生存期比较;P值 阅读提示:Results 3.3 和 Figure 4 legend |