初步筛选候选TAAbs
利用HuProt蛋白微阵列筛选乙型肝炎相关肝病中差异表达的自身抗体。
使用HuProt v4.0芯片对健康对照(HC)、慢性乙型肝炎(CHB)、乙型肝炎相关肝硬化(HBC)和肝细胞癌(HCC)患者血清样本进行筛选,比较各组候选TAAbs。
Screening of Cancer-Specific Biomarkers for Hepatitis B-Related Hepatocellular Carcinoma Based on a Proteome Microarray.
研究包含初步筛选(HuProt微阵列)、HCC重点队列(HCC-focused arrays)和ELISA验证队列三个独立证据层级,并进行了功能富集、生物信息学分析及临床相关性验证,符合高等级判定标准。
健康对照(HC)血清样本 慢性乙型肝炎(CHB)患者血清样本 乙型肝炎相关肝硬化(HBC)患者血清样本 乙型肝炎相关肝细胞癌(HCC)患者血清样本
初筛队列样本量:8例HC、5例CHB、5例HBC、11例HCC,使用HuProt v4.0芯片 HCC重点队列样本量:60例HC、35例CHB、35例HBC、97例HCC,使用HCC-focused arrays ELISA验证队列样本量:65例HC、65例CHB、65例HBC、65例HCC 筛选标准:|log2FC| > 1,p < 0.05,阳性率≥50%
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
利用HuProt蛋白微阵列筛选乙型肝炎相关肝病中差异表达的自身抗体。
使用HuProt v4.0芯片对健康对照(HC)、慢性乙型肝炎(CHB)、乙型肝炎相关肝硬化(HBC)和肝细胞癌(HCC)患者血清样本进行筛选,比较各组候选TAAbs。
在更大的队列中验证初步筛选出的候选TAAbs。
基于初步筛选结果构建HCC-focused arrays,对HC、CHB、HBC和HCC患者血清样本进行检测,进一步筛选候选TAAbs。
分析候选TAAbs的生物学功能及相关通路。
通过GO/KEGG富集分析、聚类分析和生物特征分析,揭示差异表达蛋白的功能和通路。
验证候选肿瘤特异性蛋白在独立队列中的表达水平。
通过ELISA检测候选蛋白(UBE2Z, CNOT3, HSPD1, EID3, FKBP1A, EHD1, PFAS, AGAP1, LSM5)在血清中的水平。
评估肿瘤特异性生物标志物及其组合的诊断能力。
通过相关性分析评估生物标志物与肝功能指标的关系,并计算AUC值评估其诊断效能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质微阵列筛选 | HuProt v4.0 芯片 | CDI Laboratories, Inc. | -- |
| ELISA检测 | 重组蛋白UBE2Z | CDI | JHU03739 |
| 重组蛋白CNOT3 | CDI | JHU19801 | |
| 重组蛋白HSPD1 | CDI | JHU02056 | |
| 重组蛋白EID3 | CDI | JHU06939 | |
| 重组蛋白FKBP1A | CDI | JHU02532 | |
| 重组蛋白EHD1 | CDI | JHU30155 | |
| 重组蛋白PFAS | CDI | JHU30419 | |
| 重组蛋白AGAP1 | CDI | JHU12270 | |
| 重组蛋白LSM5 | CDI | JHU07728 | |
| Western blot | 小鼠抗GST标签抗体 | Bioss Technology Co, Ltd. | bsm-33007M |
| 兔抗人IgG H&L(HRP) | Abcam Technology Co, Ltd. | ab6759 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L(HRP) | Abcam Technology Co, Ltd. | ab97023 | |
| 封闭 | 脱脂牛奶 | BD Technology Co, Ltd. | 1053907 |
| ELISA终止 | 终止液 | Sobarbio Technology Co, Ltd. | C1058 |
| 血清样本收集 | 血清采集管 | BD Medical Equipment Co, Ltd. | -- |
| 化学发光分析 | Cobas E601 化学发光分析仪 | Roche Diagnostics | -- |
| C2000 全自动化学发光分析仪 | Hotgenbio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 血清样本收集 | 血清采集管(BD Medical Equipment Co, Ltd)、离心条件(3000g,10分钟,4°C)、储存温度(-80°C) 阅读提示:见Experimental Procedures中的Serum Samples Collection |
| HuProt微阵列筛选 | 芯片类型(HuProt v4.0)、血清稀释倍数(1:1000)、封闭液(5% BSA)、孵育时间(1小时)、洗涤次数(TBST三次) 阅读提示:见Experimental Procedures中的HuProt Arrays and Serum Profiling Assays |
| HCC-focused阵列 | 芯片构建基于493个DEPs,血清样本稀释倍数(100倍) 阅读提示:见Experimental Procedures中的HuProt Arrays and Serum Profiling Assays |
| ELISA验证 | 检测的蛋白(UBE2Z, CNOT3, HSPD1, EID3, FKBP1A, EHD1, PFAS, AGAP1, LSM5),样本队列(65例HC、65例CHB、65例HBC、65例HCC) 阅读提示:见Experimental Procedures中的ELISA Assay和Results中的Validation of Tumor-Specific Biomarkers |
| 生化指标检测 | 肝功能指标(TP, AlbG, TBA, GGT, Alkp, CHE, BilT, BilD, PA1)和HCC血清标志物(AFP, AFP-L3, PIVKA-Ⅱ) 阅读提示:见Experimental Procedures中的Biochemical Indicators Test |