评估VDR对PRV增殖的影响
确定VDR在PRV感染中的功能角色。
在PK-15细胞中通过shRNA敲低VDR或过表达VDR-EGFP,然后感染PRV-QXX,测定病毒滴度(PFU)。
The vitamin D receptor is essential for the replication of pseudorabies virus.
包含细胞模型(PK-15、3D4/21)和动物模型(小鼠)多层级验证,并进行了机制验证(p53、Ca2+、PI3K/AKT/mTORC1、AMPK/mTORC1、脂质合成)及功能验证(敲低和过表达)。
PK-15细胞(猪肾上皮细胞系) 3D4/21细胞(猪肺泡巨噬细胞系) C57BL/6J小鼠(野生型和p53敲除) HEK293T细胞(用于慢病毒包装)
VDR敲低(shVDR-1/2/3)和过表达(VDR-EGFP)对PRV增殖的影响(MOI=0.1和1) PRV感染后VDR和CYP27B1 mRNA及蛋白水平的时间变化(0-48小时) p53抑制剂Pifithrin-β(10 µM)对VDR表达和PRV增殖的影响 p53-/-小鼠与p53+/+小鼠在PRV感染后VDR和CYP27B1表达差异(感染3天) Ca2+螯合剂BAPTA-AM(10 µM)和CaCl2(10 µM)对PRV增殖的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定VDR在PRV感染中的功能角色。
在PK-15细胞中通过shRNA敲低VDR或过表达VDR-EGFP,然后感染PRV-QXX,测定病毒滴度(PFU)。
确认PRV感染是否上调VDR表达。
在细胞和动物模型中感染PRV-QXX,检测VDR的mRNA和蛋白水平。
探究PRV上调VDR表达的分子机制。
通过启动子突变分析和ChIP实验确定p53结合位点,使用pifithrin-β抑制p53,并在p53-/-小鼠中验证。
探讨VD3在PRV感染中的作用。
检测CYP27B1表达和VD3水平,通过敲低CYP27B1或补充VD3观察对PRV增殖的影响。
研究VDR在PRV感染中对胞内Ca2+水平的影响。
通过Fluo-4染色和共聚焦显微镜检测胞内Ca2+,比较scramble和shVDR-2细胞在PRV感染下的变化。
确定Ca2+在PRV复制中的必要性。
使用CaCl2或BAPTA-AM处理细胞,测定病毒滴度和蛋白表达。
阐明VDR介导的Ca2+吸收与信号通路的关系。
通过Western blot检测信号通路蛋白磷酸化水平,并使用通路抑制剂/激动剂处理。
验证VDR在PRV诱导的脂质合成中的作用。
检测总胆固醇(TC)、脂滴形成、SREBP2激活及脂质合成相关酶的表达。
确定VDR影响PRV增殖的具体阶段。
通过吸附、进入、组装和释放实验评估VDR敲低的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 药物处理 | 1,25-二羟基维生素D3 | MedChemExpress | HY-10002 |
| Pifithrin-β | MedChemExpress | HY-16702A | |
| BAPTA-AM | MedChemExpress | HY-100545 | |
| PF-06409577 | MedChemExpress | HY-103683 | |
| 雷帕霉素 | MedChemExpress | HY-10219 | |
| 油酸 | MedChemExpress | HY-N1446 | |
| ELISA | 1,25-二羟基维生素D3 ELISA试剂盒 | Sangon Biotech | D751006 |
| 染色 | BODIPY 493/503 | Invitrogen | D3922 |
| 油红O | Sigma-Aldrich | O0625 | |
| Western blot | 抗p53抗体 | Proteintech | 10442-1-AP |
| 抗mTORC1抗体 | Proteintech | 66888-1-Ig | |
| 抗磷酸化mTORC1抗体 | Proteintech | 67778-1-Ig | |
| 抗AKT抗体 | Proteintech | 60203-2-Ig | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Proteintech | 66444-1-Ig | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 抗Myc抗体 | Proteintech | 16286-1-AP | |
| 抗EGFP抗体 | Proteintech | 50430-2-AP | |
| 抗PI3K抗体 | Proteintech | 67071-1-Ig | |
| 抗VDR抗体 | Cell Signaling Technology | 12550 | |
| 抗磷酸化p53抗体 | Cell Signaling Technology | 9284 | |
| 抗磷酸化AMPKα抗体 | Cell Signaling Technology | 50081 | |
| 抗AMPKα抗体 | Cell Signaling Technology | 2532 | |
| 抗磷酸化PI3K抗体 | Cell Signaling Technology | 17366 | |
| 抗ACACA抗体 | Cell Signaling Technology | 3676 | |
| 抗磷酸化ACACA抗体 | Cell Signaling Technology | 11818 | |
| 抗FASN抗体 | Abcam | ab22759 | |
| 抗CYP27B1抗体 | Abcam | ab206655 | |
| 抗HMGCR抗体 | Sigma-Aldrich | MABS1233 | |
| 抗磷酸化HMGCR抗体 | Bioss | bs-4063R | |
| 抗PRV VP16抗体 | -- | -- | |
| 抗PRV UL35抗血清 | -- | -- | |
| 抗PRV gB抗体 | -- | -- | |
| 转染 | TurboFect转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | R0531 |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | Biodragon | BDXB0002 |
| ChIP实验 | 蛋白酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | HY-K0010 |
| IgG | Proteintech | B900620 | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | TaKaRa | 9108 |
| TruSeq链式总RNA文库制备试剂盒 | Illumina | RS-122-2503 | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| Western blot显色 | Luminata Crescendo Western HRP底物 | Millipore | WBLUR0500 |
| Western blot成像 | GE AI600成像系统 | GE | -- |
| qRT-PCR | PrimeScript RT试剂盒 | TaKaRa | RR047A |
| SYBR Premix Ex Taq | TaKaRa | RR820A | |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | -- | -- |
| FluorSave封片剂 | Millipore | 345789 | |
| Zeiss LSM 800共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| Ca2+测量 | Fluo-4钙离子检测试剂盒 | Beyotime | S1061S |
| 脂质定量 | 胆固醇检测试剂盒 | Solarbio | BC1985 |
| 质粒构建 | pGL3-Basic载体 | Promega | E1751 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和病毒感染 | 细胞系(PK-15、3D4/21、HEK293T)和培养基成分;PRV-QXX病毒株;感染MOI和时间点(MOI=0.1, 1等) 阅读提示:见Materials and Methods中的'Cells and viruses'部分及图1、2、3等图注。 |
| VDR敲低和过表达 | shRNA序列(shVDR-1/2/3)和质粒浓度;转染试剂及步骤;嘌呤霉素筛选浓度和时间 阅读提示:见Materials and Methods中的'Cells and viruses'和'Plasmid construction and transfection'部分。 |
| p53抑制和敲除 | Pifithrin-β浓度(10 µM)和处理时间;p53+/+和p53-/-小鼠品系和感染剂量(5×10^3 TCID50) 阅读提示:见Materials and Methods中的'Chemicals and antibodies'和'Mice'部分,以及图2和图3图注。 |
| VD3处理和CYP27B1敲低 | VD3浓度范围(0-1000 nM)和处理时间;CYP27B1 shRNA序列(shCYP27B1-1/2/3) 阅读提示:见Materials and Methods中的'Cells and viruses'部分和图3图注。 |
| Ca2+检测和干预 | Fluo-4染料浓度和孵育时间;BAPTA-AM和CaCl2浓度(10 µM)及处理时间 阅读提示:见Materials and Methods中的'Ca2+ measurements'部分和图4。 |
| 通路抑制剂和激动剂处理 | Rapamycin(10 µM)、Dorsomorphin(100 nM)、PF-06409577(10 µM)的处理时间 阅读提示:见Materials and Methods中的'Chemicals and antibodies'部分和图5。 |
| 脂质检测 | 胆固醇测定试剂盒和油红O染色的具体步骤;脂质合成相关蛋白的检测 阅读提示:见Materials and Methods中的'Lipid quantification'部分和图6。 |
| 病毒生命周期检测 | 吸附和进入实验的温度和时间(4°C 2小时,37°C 10分钟);用于去除未进入病毒的胰酶浓度(1 mg/mL) 阅读提示:见Materials and Methods中的'Viral attachment and entry'相关部分(未在文本中明确,但可参考图7)。 |