FTO表达与m6A水平分析
检测FTO在山羊不同组织中的表达及其与总RNA m6A水平的关系。
通过qPCR检测FTO在心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏及四种骨骼肌中的mRNA水平;在MuSCs增殖和分化过程中检测FTO mRNA和总RNA m6A水平。
Fat Mass- and Obesity-Associated Protein (FTO) Promotes the Proliferation of Goat Skeletal Muscle Satellite Cells by Stabilizing DAG1 mRNA in an IGF2BP1-Related m6A Manner.
包含细胞模型(MuSCs)功能验证(CCK8、EdU)、分子机制验证(MeRIP、RIP、双荧光素酶)及药理学验证(FB23-2),证据层级独立。
山羊骨骼肌卫星细胞(MuSCs) 新生山羊背最长肌组织
FTO敲低效率(siFTO) DAG1-122 m6A位点突变对荧光素酶活性的影响 FB23-2处理对FTO去甲基化酶活性的抑制 IGF2BP1敲低对DAG1 mRNA稳定性的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测FTO在山羊不同组织中的表达及其与总RNA m6A水平的关系。
通过qPCR检测FTO在心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏及四种骨骼肌中的mRNA水平;在MuSCs增殖和分化过程中检测FTO mRNA和总RNA m6A水平。
验证FTO对MuSCs增殖的功能影响。
使用siFTO敲低FTO,检测mRNA和蛋白水平、增殖标志基因表达、CCK8细胞活力和EdU染色阳性细胞数。
验证FTO是否靶向DAG1并影响细胞增殖。
通过敲低FTO检测DAG1 mRNA和蛋白水平、mRNA稳定性;敲低DAG1检测增殖标志基因、CCK8、EdU。
验证FTO对DAG1的调控是否依赖m6A修饰。
使用SRAMP预测m6A位点,MeRIP-qPCR验证DAG1-122位点m6A富集,双荧光素酶报告基因检测WT和MUT活性,FB23-2抑制FTO去甲基化酶活性后检测DAG1表达和m6A水平。
验证IGF2BP1识别DAG1-122位点并稳定DAG1 mRNA。
通过RIP验证IGF2BP1与DAG1 mRNA结合,双荧光素酶检测突变影响,敲低IGF2BP1检测DAG1表达和mRNA稳定性,以及与FB23-2的拯救实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 含10%胎牛血清和1%青霉素-链霉素的DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Life Technologies | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- |
| Cell-Light™ EdU Apollo体外试剂盒 | RiboBio | -- | |
| RNA提取 | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript™反转录试剂盒 | Takara | -- |
| SYBR Premix Ex Taq™ II | Takara | -- | |
| 免疫荧光 | anti-Pax7抗体 | absin | abs124153 |
| anti-MyHC抗体 | Santa Cruz | sc-378137 | |
| Cy3标记山羊抗小鼠IgG | ABclonal | AS008 | |
| FITC标记山羊抗兔IgG | ABclonal | AS011 | |
| Western blot | 总蛋白提取试剂盒 | Beibo Biology | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beibo | -- | |
| anti-β-tubulin抗体 | ZENBIO | 250007 | |
| anti-FTO抗体 | Bioss | bs-7056R | |
| anti-DAG1抗体 | ABclonal | A10076 | |
| anti-PAX7抗体 | Santa Cruz | sc-81975 | |
| 抗小鼠IgG二抗 | ZENBIO | 511103 | |
| 抗兔IgG二抗 | ABclonal | AS014 | |
| 双荧光素酶报告实验 | psiCHECK-2载体 | -- | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Transgen | -- | |
| m6A水平分析 | m6A RNA甲基化定量试剂盒 | Epigentek | -- |
| RIP | Magna RIP™ RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| anti-FTO抗体 | Proteintech | 27226-1-AP | |
| anti-IGF2BP1抗体 | abcam | EPR18797 | |
| IgG | Sigma-Aldrich | -- | |
| MeRIP | Magna MeRIP™ m6A试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| RNeasy小提试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 药物处理 | FB23-2 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MuSCs分离与培养 | 组织来源(新生山羊背最长肌)、消化条件(胰蛋白酶和胶原酶I+II)、培养条件(37°C、5% CO2)、生长培养基(10% FBS、1%青霉素-链霉素) 阅读提示:Methods 4.2, 4.3 |
| FTO敲低 | siRNA序列(Table S1) 阅读提示:Methods 4.6, Table S1 |
| 细胞增殖检测 | CCK8检测时间点(24, 48, 72h)和OD450;EdU浓度(50μM)和孵育时间(2h) 阅读提示:Methods 4.4 |
| m6A位点验证 | 预测工具参数(SRAMP mature mRNA模式);MeRIP-qPCR引物;DAG1-122位点突变 阅读提示:Methods 4.15, 4.14, Table S3 |
| FB23-2处理 | FB23-2浓度、处理时间 阅读提示:Methods 4.13 |