脂筏与黑色素瘤生存相关性分析
探究脂筏相关蛋白表达与黑色素瘤患者生存的关系。
利用TCGA和cBioPortal数据库分析FLOT1、CAV1、CAV2扩增突变频率,并分析FLOT1表达与患者生存的相关性。
ACSL4-mediated lipid rafts prevent membrane rupture and inhibit immunogenic cell death in melanoma.
包含体外细胞实验、脂质组学和转录组学分析、异种移植瘤模型、免疫细胞功能验证等多层级证据,且进行了机制验证。
A375细胞 SK-MEL-2细胞 SK-MEL-28细胞 B16F10细胞 小鼠异种移植瘤模型
ACSL4依赖性LPO诱导脂筏形成 脂筏对铂类药物敏感性的影响 脂筏抑制铁死亡和焦亡 MβCD破坏脂筏增强免疫原性细胞死亡 体内T细胞介导的抗肿瘤效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究脂筏相关蛋白表达与黑色素瘤患者生存的关系。
利用TCGA和cBioPortal数据库分析FLOT1、CAV1、CAV2扩增突变频率,并分析FLOT1表达与患者生存的相关性。
验证脂质过氧化是否在ACSL4作用下促进脂筏形成。
使用ox-LDL、LDL、RSL3处理A375细胞,检测脂筏形成;通过脂质组学和转录组学分析LPO相关基因表达;使用ACSL4抑制剂或敲除细胞验证ACSL4必要性。
评估脂筏形成是否降低黑色素瘤细胞对铂类药物的敏感性。
通过OL或RL预处理诱导脂筏形成,然后使用不同浓度铂类药物处理,检测细胞活力;并在异种移植模型中用ML210诱导脂筏,检测离体肿瘤细胞对铂类药物的敏感性。
确定脂筏是否通过抑制铁死亡和焦亡降低药物敏感性。
检测铂类药物诱导的细胞死亡方式;通过OL或RL预处理后检测RSL3诱导的细胞死亡和LDH释放,评估脂筏对铁死亡和焦亡的抑制作用。
探究脂筏抑制焦亡的机制是否通过减少膜孔形成。
分离脂筏和非脂筏结构域,检测GSDME-N端分布;过表达GSDMD-N端诱导孔形成,检测LDH释放;使用Triton X-100处理检测细胞膜完整性。
验证MβCD破坏脂筏是否能增强铂类药物的免疫原性。
使用MβCD处理细胞,检测铂类药物敏感性、LDH释放、ATP和HMGB1释放,并评估BMDC成熟。
评估MβCD联合顺铂在体内的抗肿瘤效果和免疫调节作用。
建立B16F10皮下移植瘤模型,给予低剂量顺铂和MβCD治疗,监测肿瘤生长;分析肿瘤组织中的细胞死亡标志物和免疫细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | VivaCell | -- |
| MEM培养基 | VivaCell | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 支原体PCR检测试剂盒 | Beyotime | C0301S | |
| 10厘米培养皿 | Nest | 704001 | |
| 96孔板 | Nest | 701001 | |
| 24孔板 | Nest | 702001 | |
| 12孔板 | Nest | 712012 | |
| 药物处理 | 顺铂 | TargetMol | -- |
| 卡铂 | TargetMol | -- | |
| 奥沙利铂 | TargetMol | -- | |
| 地拉罗司 | Sigma | -- | |
| RSL3 | Selleck Chemicals | -- | |
| ML210 | Selleck Chemicals | -- | |
| 利普司他汀-1 | Selleck Chemicals | -- | |
| 甲基-β-环糊精 | MedChemExpress | -- | |
| 罗格列酮 | MedChemExpress | -- | |
| 低密度脂蛋白 | Guangzhou Yiyuan Biological Technology Co., Ltd. | -- | |
| 氧化低密度脂蛋白 | Guangzhou Yiyuan Biological Technology Co., Ltd. | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Life-iLab | AP01L013 |
| PVDF膜 | Bio-Rad | -- | |
| 抗Caspase 3抗体 | Abcam | ab32351 | |
| 抗Cleaved Caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664T | |
| 抗GSDME抗体 | Abcam | ab215191 | |
| 抗4-HNE抗体 | Abcam | ab46544 | |
| 抗FLOT-1抗体 | Abcam | ab133497 | |
| 抗ACSL4抗体 | Abcam | ab155282 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗β-actin抗体 | Bioss | bsm-33036M | |
| 脂质过氧化检测 | C11-BODIPY 581/591 | Invitrogen | D3861 |
| MDA检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | S0131S | |
| 转录组学 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| DNase I | TaKara Bio | 2270A | |
| SuperScript双链cDNA合成试剂盒 | Invitrogen | 11917010 | |
| 随机六聚体引物 | Illumina | 20022654 | |
| Illumina HiSeq xten/NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 脂质组学 | Q Exactive HF Orbitrap LC-MS/MS系统 | Thermo Scientific | -- |
| InertSustain C18 HP色谱柱 | -- | -- | |
| MS-DIAL | -- | -- | |
| 流式细胞术 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 免疫荧光 | Vectra Polaris自动定量病理成像系统 | PerkinElmer | -- |
| Nikon A1R SI共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| DAPI | Solarbio | C0065 | |
| Alexa Fluor 488-鬼笔环肽 | Cell Signaling | 8878 | |
| LDH检测 | CytoTox 96非放射性细胞毒性检测试剂盒 | Promega | G1780 |
| ATP检测 | CellTiter-Glo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | G7571 |
| BMDC成熟检测 | 抗CD11c APC抗体 | BioLegend | 117309 |
| 抗CD86 APC-Cy7抗体 | BioLegend | 105029 | |
| 抗MHC-II PE-Cy7抗体 | BioLegend | 107629 | |
| 小鼠Fc受体阻断剂 | BioLegend | 156603 | |
| 淋巴细胞提取 | DNase I | Sigma-Aldrich | -- |
| I型胶原酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 70微米细胞过滤器 | Falcon | 352350 | |
| 小鼠肿瘤浸润组织淋巴细胞分离液试剂盒 | Solarbio | P9000 | |
| 细胞因子检测 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | TargetMol | -- |
| 离子霉素 | TargetMol | -- | |
| 布雷菲德菌素A | TargetMol | -- | |
| 可固定活力染料eFlour506 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 抗CD45抗体 | Biolegend | 103115 | |
| 抗CD3抗体 | Biolegend | 100202 | |
| 抗CD4抗体 | Biolegend | 100513 | |
| 抗CD8a抗体 | Biolegend | 100722 | |
| 抗TNFα抗体 | Biolegend | 506307 | |
| 抗IFNγ抗体 | Biolegend | 505808 | |
| 脂筏分离 | 脂筏提取试剂盒 | BioDynamics Laboratory Inc. | -- |
| 质粒构建 | DH5感受态细胞 | TSINGKE | TSC-C14 |
| 无内毒素质粒中提试剂盒 | CoWin Biosciences | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000008 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Life-iLab | AC11L054 |
| Multiskan SkyHigh酶标仪 | Thermo Scientific | -- | |
| 免疫组化 | 柠檬酸钠抗原修复液 | Solarbio | C1032 |
| 牛血清白蛋白 | Life-iLab | AP36L014 | |
| Dylight 488标记抗山羊IgG | EarthOx | E032231 | |
| Dylight 594标记抗兔IgG | EarthOx | E032421 | |
| 脂筏染色 | Vybrant Alexa Fluor 555脂筏标记试剂盒 | Invitrogen | V34404 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(A375, B16F10, SK-MEL-2, SK-MEL-28, MEF)来源及培养条件(培养基、FBS浓度、温度、湿度) 阅读提示:Materials and methods: Cell line culture |
| 脂筏形成诱导 | LDL (40 μg/mL), ox-LDL (20 μg/mL), RSL3 (2 μM)的处理时间(通常24小时)及组合 阅读提示:Results: ACSL4-dependent LPO drives the formation of lipid rafts; Figure legends 2 |
| 药物处理 | 铂类药物(顺铂、卡铂、奥沙利铂)浓度范围及处理时间;MβCD浓度及处理时间 阅读提示:Results: Lipid rafts reduce the efficacy of platinum-based drugs; Materials and methods: Cell counting kit-8 |
| 脂筏成像 | 脂筏染色试剂盒(Vybrant Alexa Fluor 555 Lipid Raft labeling kit)使用步骤及成像条件 阅读提示:Materials and methods: Lipid raft staining |
| 铁死亡和焦亡检测 | 铁死亡检测(MDA含量测定、LIP-1处理);焦亡检测(LDH释放、GSDME活化) 阅读提示:Results: Lipid rafts inhibit ferroptosis and pyroptosis; Materials and methods: LDH assay, MDA measurement |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c nude, BALB/c, C57BL/6J)、周龄、性别;细胞接种量(5×10^5)及部位;药物剂量(顺铂1 mg/kg, MβCD 100 mg/kg, ML210 50 mg/kg)及给药频率 阅读提示:Materials and methods: Xenograft assay |