临床样本代谢组学分析
鉴定缺血性卒中患者血清中差异表达的代谢物
收集51例缺血性卒中患者和69例对照血清,使用SERS和LC-MS进行非靶向代谢组学分析,筛选差异代谢物。
Hypoxanthine is a metabolic biomarker for inducing GSDME-dependent pyroptosis of endothelial cells during ischemic stroke.
包含临床样本代谢组学、小鼠tMCAO模型、内皮细胞、人血管类器官及功能验证(TTC、BBB渗漏、行为学)和机制验证(Ca2+螯合、GSDME敲低/表达分析)。
小鼠短暂大脑中动脉阻塞(tMCAO)模型 bEnd.3内皮细胞 人血管类器官
小鼠模型:C57BL/6J成年雄性小鼠,8周龄,tMCAO阻塞90分钟再灌注 人血管类器官:H9 hESC来源,28天成熟,OGD处理24小时 次黄嘌呤给药:静脉注射135 mg/kg,从tMCAO前1天至术后第3天 BAPTA处理:用于螯合细胞内Ca2+,浓度依赖性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定缺血性卒中患者血清中差异表达的代谢物
收集51例缺血性卒中患者和69例对照血清,使用SERS和LC-MS进行非靶向代谢组学分析,筛选差异代谢物。
验证次黄嘌呤在体内对脑梗死、BBB和神经功能的影响
C57BL/6J小鼠行tMCAO,术后给予次黄嘌呤或别嘌呤醇,通过TTC染色、IgG染色、伊文思蓝渗漏和行为学测试评估。
探究次黄嘌呤诱导内皮细胞死亡的机制,特别是焦亡途径
使用bEnd.3细胞和人血管类器官,在OGD条件下用次黄嘌呤、别嘌呤醇、BAPTA等处理,检测细胞死亡、线粒体功能、Ca2+水平和GSDME表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| SERS测量 | 柠檬酸盐还原银胶体 | -- | -- |
| 硝酸银 | Aladdin | 99.8% | |
| 柠檬酸三钠 | Aladdin | 98% | |
| 次黄嘌呤 | Aladdin | 99% | |
| 腺嘌呤 | Macklin | HPLC≥99.5% | |
| Zetasizer Nano ZSP | Malvern | -- | |
| UV1900紫外可见分光光度计 | -- | -- | |
| JEM-2100F透射电子显微镜 | JEOL | -- | |
| LC-MS | Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ACQUITY UPLC HSS T3色谱柱 | Waters | -- | |
| 细胞培养 | Geltrex基质胶 | Thermo Fisher Scientific | A1413302 |
| mTeSR培养基 | Stemcell | 85850 | |
| ReleSR消化液 | Stemcell | 100-0483 | |
| 类器官生成 | Accutase消化液 | Stemcell | 07920 |
| Y27632 | Stemcell | 72308 | |
| APEL2培养基 | Stemcell | 05270 | |
| CHIR99021 | Stemcell | 72054 | |
| 血管内皮生长因子 | YEASEN | 91502ES10 | |
| 骨形态发生蛋白4 | YEASEN | 92053ES10 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | YEASEN | 91330ES10 | |
| EGM培养基 | Lonza | CC-3162 | |
| 基质胶 | -- | -- | |
| qRT-PCR | TRI试剂 | MRC | TR118 |
| Hifair II第一链cDNA合成SuperMix | YEASEN | 11123ES60 | |
| Hieff qPCR SYBR Green预混液 | YEASEN | 11203ES08 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | EMD Millipore | 20-188 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | ROCHE | 11697498001 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | ROCHE | 11697498001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| 免疫组化 | ZO-1抗体 | Thermo Fisher Scientific | 61-7300 |
| CD31抗体(山羊) | R&D | AF3628 | |
| CD31抗体(绵羊) | R&D | AF806 | |
| Cleaved-Caspase 3抗体 | ZEN-BIOSCIENCE | R23727 | |
| Alexa Fluor 488标记驴抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A21206 | |
| Alexa Fluor 488标记驴抗山羊二抗 | Thermo Fisher Scientific | A11055 | |
| Alexa Fluor 488标记驴抗绵羊二抗 | Thermo Fisher Scientific | A11015 | |
| Alexa Fluor 594标记驴抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A21207 | |
| TUNEL凋亡检测试剂盒 | -- | -- | |
| IgG染色 | 生物素化山羊抗小鼠IgG | Bioss antibodies | SP-0022 |
| DAB显色液 | Vector Labs | -- | |
| TTC染色 | 氯化四唑 | Sigma-Aldrich | T-8877 |
| Ca2+检测 | fluo-3AM | -- | -- |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1 | -- | -- |
| 细胞处理 | 别嘌呤醇 | -- | -- |
| 8-氨基肌苷 | -- | -- | |
| BAPTA-3am | -- | -- | |
| 仪器 | 共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 7900HT快速实时荧光定量PCR系统 | -- | -- | |
| 激光多普勒血流仪 | Moor Instruments | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠tMCAO模型 | 小鼠品系、性别、周龄(C57BL/6J,雄性,8周);阻塞时间(90分钟);再灌注条件;血流下降标准(80%);麻醉和体温维持 阅读提示:见Methods 'Mouse model of middle cerebral artery occlusion (MCAO)' |
| 次黄嘌呤给药 | 给药剂量(135 mg/kg)、给药途径(静脉注射)、给药时间(从tMCAO前1天至术后第3天) 阅读提示:见Methods 'Reagent treatment' |
| 人血管类器官生成 | hESC系(H9);细胞密度(7000-9000细胞/聚集);生长因子浓度(VEGF 50 ng/ml、BMP4 25 ng/ml、bFGF 10 ng/ml);培养时间(28天) 阅读提示:见Methods 'Generation of human blood vessel organoid' |
| OGD处理 | OGD持续时间(24小时);次黄嘌呤和别嘌呤醇浓度(10 μg/ml) 阅读提示:见Methods 'Reagent treatment'及图5图例 |
| Ca2+螯合实验 | BAPTA-3am浓度(文中未明确说明具体浓度) 阅读提示:见Methods 'Reagent treatment'及图6A图例 |