miRNA表达谱筛选
鉴定NSCLC中异常表达的miRNA
对3对NSCLC组织进行RNA测序,筛选差异表达的miRNA,并验证miR-4664-3p的表达。
Novel circular RNA hsa_circ_0036683 suppresses proliferation and migration by mediating the miR-4664-3p/CDK2AP2 axis in non-small cell lung cancer.
包括体外细胞功能实验(CCK-8、伤口愈合、Transwell、EdU)、双荧光素酶报告基因、AGO2 RIP、Co-IP、RNA FISH、异种移植模型及临床组织样本验证,多层级证据支持。
A549和H1975非小细胞肺癌细胞系 BEAS-2B人支气管上皮细胞 BALB/c裸鼠异种移植模型 NSCLC患者组织样本
qRT-PCR验证miR-4664-3p和circ-36683在NSCLC组织和细胞系中的表达差异 双荧光素酶报告基因验证miR-4664-3p与CDK2AP2 3'UTR及circ-36683的结合 CCK-8、伤口愈合和Transwell实验评估细胞增殖和迁移 异种移植模型评估肿瘤生长和血管生成 细胞周期分析(流式细胞术)评估G0/G1期变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定NSCLC中异常表达的miRNA
对3对NSCLC组织进行RNA测序,筛选差异表达的miRNA,并验证miR-4664-3p的表达。
验证miR-4664-3p对NSCLC细胞增殖、迁移和体内肿瘤生长的影响
通过转染miR-4664-3p mimics或inhibitor,使用CCK-8、伤口愈合、Transwell和异种移植实验评估细胞增殖、迁移和肿瘤生长。
确定miR-4664-3p的靶基因并验证靶向关系
使用TargetScan预测靶基因,通过双荧光素酶报告基因、qRT-PCR和western blot验证CDK2AP2为直接靶标。
鉴定circ-36683的环状结构、稳定性和表达特征
通过Sanger测序、RNAse R和actinomycin D处理验证其环状结构和稳定性;通过qRT-PCR和FISH检测其在细胞和组织中的表达和定位。
验证circ-36683对NSCLC细胞增殖、迁移和体内肿瘤生长的影响
通过过表达或敲低circ-36683,进行CCK-8、伤口愈合、Transwell、异种移植等实验。
验证circ-36683通过海绵吸附miR-4664-3p调控CDK2AP2表达的机制
通过双荧光素酶报告基因、AGO2 RIP、拯救实验和western blot验证轴的存在和功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | -- |
| RPMI 1640培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | NEWZERUM | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA免疫沉淀 | PureBinding RNA免疫沉淀试剂盒 | Geneseed | P0101 |
| 细胞周期实验 | RNase A/PI染色液 | Solarbio | -- |
| EdU实验 | BeyoClick EdU-488细胞增殖检测试剂盒 | BeyoTime Institute of Biotechnology | -- |
| 免疫印迹 | CD31抗体 | Abcam | ab222783 |
| 免疫印迹/免疫组化 | CDK2AP2抗体 | Bioss | bs-7995R |
| 免疫印迹 | CDK2AP1抗体 | Abcam | ab108290 |
| P53抗体 | Bioss | bsm-33058M | |
| CDK2抗体 | ABclonal | A0094 | |
| cyclin E1抗体 | ABclonal | A22461 | |
| P27抗体 | Bioworld Technology Inc | BS1858 | |
| P21抗体 | Proteintech | 10355-1-AP | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Affinity | BF0219 | |
| 波形蛋白抗体 | Bioworld | BS1491 | |
| c-myc抗体 | Proteintech | 10828-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Bioworld | AP0063 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(A549, H1975, H1299, PC-9, BEAS-2B)来源于上海细胞生物学研究所;培养基DMEM或RPMI1640含10%FBS和1%双抗;培养条件5%CO2, 37°C。 阅读提示:Methods: Cell lines and cell culture |
| 基因转染 | siRNA、miRNA mimics/inhibitors由Genepharma合成;过表达载体plc5-circ36683、pcDNA3.1-CDK2AP2、Flag-pcDNA-CDK2AP1;转染试剂Lipofectamine 2000。 阅读提示:Methods: MiRNAs, siRNAs and vector construction |
| 功能实验 | CCK-8实验检测72小时;伤口愈合实验48小时;Transwell迁移实验24小时;EdU实验处理48小时。 阅读提示:Methods: Real-time PCR, cell proliferation, migration assay... 和 图注Figure 2-7 |
| 双荧光素酶报告基因 | psiCheck2-WT/MU-CDK2AP2-3'UTR或circ-36683;共转染miR-4664-3p mimics或NC;使用Lipofectamine 2000。 阅读提示:Methods: Dual-luciferase reporter gene assay |
| AGO2 RIP | A549细胞转染miR-4664-3p mimics;使用PureBinding RNA immunoprecipitation kit (Geneseed, P0101);qRT-PCR分析富集RNA。 阅读提示:Methods: RNA immunoprecipitation |
| 异种移植实验 | SPF雄性BALB/c裸鼠;A549细胞1×10^6/100μL皮下注射;每周测量肿瘤体积;第四周处死。 阅读提示:Methods: Xenograft model |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0;两组比较用Student's t-test;多组比较用ANOVA;相关分析用Pearson;p<0.05为显著。 阅读提示:Methods: Statistical analysis |