数据收集和差异表达分析
从GEO获取AD相关数据集,筛选差异表达基因。
使用GSE33000数据集,通过limma包鉴定差异表达基因,阈值为|log2FC|>0.3,P<0.05。
Identification and immunological characterization of genes associated with ferroptosis in Alzheimer's disease and experimental demonstration.
包含生物信息学分析、细胞实验(SH-SY5Y细胞)和分子验证(RT-qPCR、Western blot),但缺乏动物模型或临床样本验证。
SH-SY5Y细胞系(冈田酸处理构建AD模型) GSE33000和GSE28146数据集
SH-SY5Y细胞系(Procell,货号PC-H2022072130) 冈田酸浓度25 nM处理48小时 RT-qPCR验证五个FEGs mRNA表达 Western blot验证蛋白表达 Fe2+荧光检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从GEO获取AD相关数据集,筛选差异表达基因。
使用GSE33000数据集,通过limma包鉴定差异表达基因,阈值为|log2FC|>0.3,P<0.05。
识别与AD和铁死亡相关的基因模块。
基于65个FEGs和差异基因构建共表达网络,识别与AD显著相关的模块(棕色模块)。
筛选与AD相关的FEGs并探索其生物学功能。
通过差异基因和WGCNA模块交叉获得5个FEGs,并进行GO和KEGG富集分析。
评估AD中免疫细胞浸润差异及与FEGs的相关性。
使用CIBERSORT分析22种免疫细胞浸润,并计算FEGs与免疫细胞的相关性。
构建AD诊断模型并评估其性能。
构建四种机器学习模型(GLM、SVM、RF、XGB),比较AUC选择最优模型,并构建列线图。
在细胞模型中验证FEGs的表达。
用不同浓度OA处理SH-SY5Y细胞,通过CCK-8确定最适浓度,RT-qPCR和Western blot检测FEGs表达,Fe2+荧光检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | SH-SY5Y细胞 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | PC-H2022072130 |
| 药物处理 | 冈田酸 | MedChemExpress | HY-N6785 |
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Suzhou Youyi Landi Biotechnology Co., Ltd. | C6005M |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 逆转录 | SureScript第一链cDNA逆转录试剂盒 | Tolo Biotech Co., Ltd. | 22107-01 |
| qPCR | SYBR Green qPCR混合试剂 | Tolo Biotech Co., Ltd. | 22208-01 |
| LightCycler 96实时荧光定量PCR仪 | Roche Diagnostics GmbH | -- | |
| Western blot | RIPA组织/细胞裂解液 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| 无蛋白快速封闭液 | Shanghai Epizyme Biotech Co. | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech Group, Inc. | 10494-1-AP | |
| 抗FAM107A抗体 | BIOSS | bs-6381R | |
| 抗GFAP抗体 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 53-9892-82 | |
| 抗VIM抗体 | Proteintech Group, Inc. | 10366-1-AP | |
| 抗A4GALT抗体 | BIOSS | bs-7588R | |
| HRP偶联二抗 | Proteintech Group, Inc. | SA00001-2 | |
| 超敏ECL发光液 | Shanghai Epizyme Biotech Co. | SQ201 | |
| Fe2+检测 | FerroOrange工作液 | Dojindo Laboratories, Inc. | F374 |
| 细胞鉴定 | Microread基因组DNA提取试剂盒 | Tiangen Biotech Co., Ltd. | KG203 |
| Microread 21位点鉴定系统 | Beijing Microread Genetics Co., Ltd. | -- | |
| ABI 3730xl遗传分析仪 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞模型构建 | SH-SY5Y细胞来源和基因型验证;冈田酸浓度25 nM,处理时间48小时。 阅读提示:见Methods中'Cell culture and construction of AD models'部分 |
| RNA提取和RT-qPCR | RNA提取方法(TRIzol)、逆转录试剂盒、qPCR引物序列、内参基因GAPDH。 阅读提示:见Methods中'RNA extraction and differential expression...'部分 |
| Western blot | 蛋白提取、BCA定量、电泳条件、抗体稀释比例、内参GAPDH。 阅读提示:见Methods中'Protein extraction and western blot validation'部分 |
| Fe2+检测 | FerroOrange浓度(1 µmol/l)、孵育时间(30分钟)、激发波长(532 nm)。 阅读提示:见Methods中'Fe2+ fluorescence detection'部分 |
| 生物信息学分析 | 数据来源GSE33000和GSE28146;差异表达阈值;WGCNA参数;机器学习模型选择。 阅读提示:见Methods中'Data collection'和'Construction of machine learning models'部分 |