数据收集与差异表达分析
鉴定肺癌中差异表达的铁死亡相关基因
从TCGA和GEO数据库获取肺癌mRNA表达谱和临床数据,基于FerrDB获取FRGs,使用limma包分析差异表达基因。
A ferroptosis-related signature predicts the clinical diagnosis and prognosis, and associates with the immune microenvironment of lung cancer.
包含基于TCGA/GEO的生物信息学分析、临床样本IHC、细胞系Western blot和RT-qPCR验证,但缺乏功能实验和体内模型。
TCGA肺癌队列 GSE72094队列 GSE157011队列 BEAS-2B细胞系及肺癌细胞系A549、H1975、HCC827、PC9
训练和验证队列的划分比例(7:3)及样本量 LASSO回归的最优λ值及模型基因数 8个预后基因的系数和风险评分计算方式 免疫细胞浸润分析算法(CIBERSORT和TIMER) 临床组织样本的配对设计(30对)及IHC阳性面积计算
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定肺癌中差异表达的铁死亡相关基因
从TCGA和GEO数据库获取肺癌mRNA表达谱和临床数据,基于FerrDB获取FRGs,使用limma包分析差异表达基因。
筛选与总生存期相关的铁死亡基因并构建风险评分
通过单因素Cox回归和LASSO回归筛选基因,取交集后进行多因素Cox回归,构建预后风险评分。
验证预后模型在训练和外部验证队列中的预测能力
使用K-M曲线和ROC曲线评估风险评分对1、3、5年生存的预测性能。
整合临床特征构建个性化预后预测工具
基于独立预后风险因素构建列线图,并通过校准曲线和DCA评估其临床价值。
比较高低风险组间免疫细胞浸润和免疫检查点表达差异
使用CIBERSORT和TIMER算法评估免疫细胞比例,并比较免疫检查点分子表达。
建立基于FRGs的肺癌诊断模型
基于121个差异FRGs,通过LASSO回归构建诊断模型,并用训练和验证队列评估。
验证8个预后相关FRGs在临床样本和细胞系中的表达
通过IHC、Western blot和RT-qPCR检测8个FRGs在肺癌组织和细胞系中的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Hyclone | -- |
| 免疫组织化学 | DAB显色试剂盒 | Solarbio | -- |
| 光学显微镜(CI60) | Nikon | -- | |
| 免疫组织化学和Western blotting | ACSL3抗体 | Abcam | ab151959 |
| CDKN1A抗体 | Abcam | ab102013 | |
| FADS2抗体 | Abcam | ab262943 | |
| GLS2抗体 | Bioss | bsm-51645 | |
| HSF1抗体 | Abcam | ab52757 | |
| PANX1抗体 | Abcam | ab233479 | |
| PHKG2抗体 | Bioss | bs-5010R | |
| VDAC2抗体 | Abcam | ab126120 | |
| Western blotting | GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 |
| 免疫组织化学和Western blotting | 山羊抗兔IgG H&L | Abcam | ab6721 |
| 山羊抗小鼠IgG H&L | Abcam | ab6708 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | TaKaRa | -- |
| NanoDrop ND-1000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | TaKaRa | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | TaKaRa | -- | |
| ABI 7500实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| BCA试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 增强化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ChemiDoc XRS+凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据收集与处理 | 数据来源(TCGA和GEO),样本类型(肺癌和癌旁),数据标准化方法(log2-FPKM),批次效应校正(sva包) 阅读提示:Materials and methods: Data collection and differential expression analysis of FRGs |
| 预后模型构建 | LASSO回归最优λ值(0.038624),纳入基因数(8),单因素Cox筛选标准,多因素Cox系数 阅读提示:Materials and methods: Establishment and verification of FRGs prognostic model; Results: Construction of prognostic risk scores |
| 诊断模型构建 | LASSO回归最优λ值(0.001985151),纳入基因数(18),训练验证划分比例(7:3) 阅读提示:Materials and methods: Establishment and verification of FRGs prognostic model; Results: Establishment and validation of diagnostic model |
| 免疫浸润分析 | CIBERSORT和TIMER算法参数,免疫细胞类型比较的统计方法(Mann-Whitney检验,BH校正) 阅读提示:Materials and methods: Analysis of immune infiltration; Results: TIME comparison |
| 表达验证 | 临床样本配对情况(30对),细胞系(BEAS-2B、A549等),IHC、Western blot和RT-qPCR的具体条件(抗体浓度、样本量n=3) 阅读提示:Materials and methods: Clinical tissues and cells, IHC, RT-qPCR, Western blotting; Results: Expression validation |