动物模型建立与照射
建立小鼠LDR IR暴露模型,观察空肠的早期反应。
90只6周龄雌性BALB/c小鼠(体重18-21g)分为对照组和照射组,接受6.0 mGy/h的137Cs源LDR γ射线照射,累积剂量为10, 100, 500 mGy,照射后1和24小时取样。
Possible association of G6PC2 and MUC6 induced by low‑dose‑rate irradiation in mouse intestine with inflammatory bowel disease.
包含动物模型(BALB/c小鼠)LDR IR暴露、RNA-seq筛选、RT-qPCR验证、Western blot蛋白验证及DSS诱导IBD模型,但缺乏体内功能验证和机制研究。
BALB/c小鼠空肠 DSS诱导的IBD小鼠模型
LDR IR剂量为10, 100, 500 mGy,剂量率为6.0 mGy/h 照射后取样时间点为1和24小时 重复照射次数为单次或三次(10 mGy×3次) DSS诱导IBD浓度为5% DSS溶于饮用水,持续7天 样本量为每组3只小鼠
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立小鼠LDR IR暴露模型,观察空肠的早期反应。
90只6周龄雌性BALB/c小鼠(体重18-21g)分为对照组和照射组,接受6.0 mGy/h的137Cs源LDR γ射线照射,累积剂量为10, 100, 500 mGy,照射后1和24小时取样。
筛选LDR IR后空肠中表达变化的基因。
提取空肠总RNA,进行mRNA文库制备和HiSeq 2500测序,通过STAR比对和DESeq分析,鉴定差异表达基因。
验证RNA-seq筛选出的候选基因的表达变化。
对23个上调基因进行RT-qPCR检测,使用SYBR Green染料法,以GAPDH为内参,2^-ΔΔCq方法分析。
在蛋白水平验证候选基因的表达变化。
空肠组织裂解后,进行SDS-PAGE电泳,转膜,孵育一抗和二抗,化学发光检测。
验证G6PC2和MUC6对LDR IR的剂量依赖性和重复照射效应。
对空肠和结肠组织分别给予10, 100, 500 mGy LDR IR和500 mGy HDR IR,以及单次或三次10 mGy照射,检测mRNA表达。
研究LDR IR与炎症性肠病共存时G6PC2和MUC6的表达变化。
用5% DSS诱导小鼠IBD,然后进行三次10 mGy LDR IR,照射后1和24小时取材,进行组织学检查和基因表达分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 阿法沙龙 | Jurox Pty Ltd. | -- |
| 异氟烷 | -- | -- | |
| 辐射暴露 | 铯-137源 | -- | -- |
| 组织学分析 | Motic Easyscan数字切片扫描仪 | Motic Incorporation, Ltd. | -- |
| DSS诱导结肠炎 | 葡聚糖硫酸钠 | MP Biomedicals | 160110 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 15596026 |
| 无RNase的DNase I | Thermo Fisher Scientific, Inc. | EN0521 | |
| RNA质量检测 | Nanodrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| BioAnalyzer2100生物分析仪 | Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| RNA测序文库制备 | NEXTflex Poly (A)磁珠 | Bioo Scientific Corp. | -- |
| NEXTflex快速定向RNA测序文库制备试剂盒2.0 | Bioo Scientific Corp. | -- | |
| Agencourt AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter, Inc. | -- | |
| RNA测序 | HiSeq 2500测序平台 | Illumina, Inc. | -- |
| RT-qPCR | ISOGEN试剂盒 | Nippon Gene | 311-02501 |
| CFX Opus 96仪器 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| TOPreal SYBR Green qPCR 2x预混液 | Enzynomics | RT500M | |
| Western blot | Bio-Rad蛋白 assay试剂 | Bio-Rad Laboratories | 500-0006 |
| Immobilon-PSQ转印膜 | MilliporeSigma | ISEQ00010 | |
| 抗ATP1A4抗体 | St John's Laboratory Ltd. | STJ117451 | |
| 抗G6PC2抗体 | BIOSS | bs-13386R | |
| 抗MUC6抗体 | United States Biological | 224329 | |
| 抗TRPV6抗体 | Alomone Labs | ACC-036 | |
| 多克隆抗兔二抗 | MilliporeSigma | 12-348 | |
| 化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | 34580 | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | MilliporeSigma | A5441 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、体重、饲养条件 阅读提示:Materials and methods: Animals |
| 辐射暴露 | 辐射剂量率、累积剂量、照射次数、间隔时间、取样时间 阅读提示:Materials and methods: Radiation exposure |
| 组织学分析 | 固定、切片、染色时间、扫描仪型号 阅读提示:Materials and methods: Histological analysis |
| DSS诱导结肠炎 | DSS浓度、分子量、处理时间 阅读提示:Materials and methods: Dextran sulfate sodium (DSS)-induced colitis |
| RNA提取和质量控制 | 总RNA提取方法、DNA酶处理、RNA完整性要求 阅读提示:Materials and methods: Total RNA and mRNA Isolation |
| RNA测序分析 | 测序平台、读长、比对软件、差异表达阈值 阅读提示:Materials and methods: mRNA sequencing library preparation and sequencing; Transcriptome mapping and data analysis |
| RT-qPCR | 引物序列、反应体系、热循环条件、内参基因 阅读提示:Materials and methods: RT-qPCR analysis |
| Western blot | 蛋白提取缓冲液、上样量、抗体稀释比、内参 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis |
| 统计分析 | 每组样本量、重复数、统计方法、显著性阈值 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |