临床样本和生物信息学分析
鉴定与足细胞损伤相关的关键基因
对GEO数据库的FSGS数据集(GSE121233, GSE129973)进行差异表达分析,并在临床肾组织样本中验证Tmem30a表达。
Tmem30a protects against podocyte injury through suppression of pyroptosis.
综合患者样本、动物模型(ADR诱导和基因敲除小鼠)和细胞实验,进行功能验证和机制研究。
FSGS患者肾组织 ADR诱导的足细胞损伤小鼠模型 足细胞特异性Tmem30a敲除小鼠(Tmem30aloxP/loxP; NPHS2-Cre) 永生化小鼠足细胞
患者样本:10例原发性FSGS,5例IgAN,5例正常肾组织 ADR小鼠模型:8周龄C57BL/6J小鼠,尾静脉注射ADR,16周后分析 体外ADR处理:0.4 μg/mL ADR处理24小时 MCC950处理:100 μM处理48小时 DSF处理:300 nM处理1小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与足细胞损伤相关的关键基因
对GEO数据库的FSGS数据集(GSE121233, GSE129973)进行差异表达分析,并在临床肾组织样本中验证Tmem30a表达。
在体内和体外模拟足细胞损伤
通过尾静脉注射ADR建立小鼠模型,用ADR处理小鼠足细胞,建立Tmem30a KD细胞模型。
验证Tmem30a表达与足细胞损伤的关系
通过Western blot和免疫荧光检测Tmem30a、nephrin、WT1等表达。
验证焦亡在足细胞损伤中的作用及Tmem30a的调控
使用NLRP3抑制剂MCC950和GSDMD抑制剂DSF处理损伤足细胞,检测焦亡相关蛋白变化。
在体内验证Tmem30a敲除或损伤条件下焦亡相关蛋白的变化
在FSGS患者、ADR诱导小鼠和Tmem30a敲除小鼠肾组织中检测NLRP3、ASC等表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | C11875500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141C | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Hyclone | SV30010 | |
| 重组小鼠γ-干扰素 | Chamot Biotechnology | CM052 | |
| 药物处理 | 阿霉素 | Selleck | S1208 |
| MCC950 | Selleck | S7809 | |
| 双硫仑 | Selleck | S1680 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 免疫组化 | DAB显色液 | ZSGB-BIO | ZLI-9018 |
| 免疫荧光 | 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Solarbio | C0065 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白定量 | BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Biosharp | BL521A |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | oriscience | CB101 |
| Western blot | PVDF膜 | MIllipore | IPVH00010 |
| RT-PCR | PrimeScript RT试剂盒 | TaKaRa | RR047A |
| TB Green Premix Ex Taq II试剂盒 | TaKaRa | RR820A | |
| 组织染色 | PAS染色试剂盒 | Solarbio | G1285 |
| 改良Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | G1346 | |
| 尿液检测 | 肌酐检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C011-2-1 |
| 尿蛋白检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C035-2-1 | |
| 多重免疫荧光 | Opal 4色手动免疫组化染色试剂盒 | Akoya Bioscience | NEL810001KT |
| 免疫组化/免疫荧光 | 抗Tmem30a抗体 | Bioss | bs-16576R-1 |
| 免疫荧光/Western blot | 抗Nephrin抗体 | Novusbio | NBP1-77303 |
| 抗NLRP3抗体 | Abcam | ab214185 | |
| Western blot | 抗WT1抗体 | Proteintech | 12609-1-AP |
| 抗caspase-1抗体 | Abcam | ab179515 | |
| 抗GSDMD抗体 | Abcam | ab209845 | |
| 抗IL-1β抗体 | ZEN BIO | 516288 | |
| 免疫荧光 | 抗ASC抗体 | Proteintech | 10500-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本来源、FSGS诊断标准、样本量(10例FSGS,5例IgAN,5例正常) 阅读提示:见STAR★Methods中Human subjects部分 |
| 小鼠模型建立 | 小鼠品系、年龄(8周龄)、ADR剂量、注射方式(尾静脉)、观察时间(16周) 阅读提示:见STAR★Methods中Mice models部分 |
| 细胞培养和处理 | 细胞系来源、培养条件(33°C/37°C)、分化条件(10-14天)、ADR浓度(0.4 μg/mL)、处理时间(24小时)、MCC950浓度(100 μM)和时间(48小时)、DSF浓度(300 nM)和时间(1小时) 阅读提示:见STAR★Methods中Cell culture部分 |
| Tmem30a KD细胞构建 | 慢病毒载体、干扰序列、转染时间(72小时)、验证方法(RT-PCR和Western blot) 阅读提示:见STAR★Methods中Construction of Tmem30a KD mouse podocytes部分 |
| 焦亡相关蛋白检测 | 抗体信息(克隆号、稀释比例)、蛋白提取方法、上样量、检测指标(NLRP3, ASC, cleaved caspase-1, N-GSDMD, IL-1β等) 阅读提示:见STAR★Methods中Western blot analysis部分 |