差异表达糖基化基因的鉴定
识别胃癌中异常表达的糖基化相关基因。
使用GEO数据集(GSE19826, GSE26899, GSE54129)进行差异表达分析,与GlycoGene DataBase的糖基化基因取交集。
GLT8D2 is a prognostic biomarker and regulator of immune cell infiltration in gastric cancer.
包含生物信息学分析(差异表达、预后模型、免疫浸润相关)及体外细胞实验(敲低后增殖、迁移)和临床样本IHC验证,但缺少体内模型和机制验证。
TCGA-STAD队列 GEO数据集(GSE84433、GSE84437等) 胃癌细胞系AGS 胃癌及正常组织样本(150例胃癌、30例正常)
GLT8D2表达与巨噬细胞标志物(CD68、CCL2、IL10)的相关性 GLT8D2敲低后细胞增殖和迁移能力的改变 GLT8D2高表达与OS和DFS的关联 七个预后基因(GLT8D2, GALNT6, ST3GAL6等)的风险评分模型
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别胃癌中异常表达的糖基化相关基因。
使用GEO数据集(GSE19826, GSE26899, GSE54129)进行差异表达分析,与GlycoGene DataBase的糖基化基因取交集。
筛选与总生存期相关的糖基化基因并建立预后模型。
在TCGA-STAD训练队列中进行单变量Cox和LASSO回归分析,构建风险评分模型,并在GSE84433和GSE84437验证。
探究糖基化基因与肿瘤免疫浸润的关系。
使用TISIDB和TIMER2.0分析七基因与TILs的关联,重点关注GLT8D2。
验证GLT8D2在胃癌组织中的表达及其与预后的关联。
对150例胃癌和30例正常组织进行IHC和多重IHC,评估GLT8D2表达与CD68浸润及临床病理特征的关系。
验证GLT8D2对胃癌细胞增殖和迁移的影响。
在AGS细胞中敲低GLT8D2,进行CCK-8、克隆形成、划痕和Transwell迁移实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | C11330500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | C0048M |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | Beyotime Biotechnology | C0121 |
| 免疫组化 | DAB显色试剂盒 | Fujian Maxim Company | DAB-0031 |
| 抗GLT8D2抗体 | Bioss | bs-8302R | |
| 多重免疫组化 | 多重免疫组化试剂盒 | -- | 10234100050 |
| 抗CD68抗体 | Cell Signaling Technology | 97778 | |
| 细胞迁移实验 | Transwell小室(8μm孔径) | -- | -- |
| 细胞迁移成像 | 奥林巴斯CKX53显微镜 | Olympus | CKX53 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 预后模型构建 | 训练队列(TCGA-STAD)和验证队列(GSE84433、GSE84437)的样本量、基因表达数据标准化方法(log2转换)、风险评分公式、分组阈值(中位数) 阅读提示:Methods中'Construction and validation of the glycosylation-related gene prognostic model'(2.3节) |
| 免疫浸润分析 | GLT8D2表达与免疫细胞浸润的相关性(TIMER2.0和TISIDB),包括相关系数(rho)和p值 阅读提示:Results 'Correlation between immune infiltration and GLT8D2 expression in GC'(3.5节)及图6 |
| 临床样本验证 | 样本来源(上海芯超生物)、样本量(150例GC、30例正常)、IHC抗体稀释度(GLT8D2 1:100)、染色强度分级标准 阅读提示:Methods 'Immunohistochemistry and multiplex immunohistochemical'(2.7节)和Results 3.6节 |
| 体外功能实验 | 细胞系(AGS)、敲低载体(GV341)、嘌呤霉素筛选浓度(2μg/ml)、CCK-8检测时间点(0,24,48,72小时)、克隆形成细胞数(500个/孔)、划痕时间点(0,12,24小时)、Transwell迁移时间和细胞数 阅读提示:Methods 'Cell transfection and lentiviral infection'(2.8节)和'Cell viability, colony formation, and wound healing assays'(2.9节) |