GLT8D2是胃癌的预后生物标志物和免疫细胞浸润的调节因子。

GLT8D2 is a prognostic biomarker and regulator of immune cell infiltration in gastric cancer.

作者信息Han Wang, Jiabin Zheng, Qingyang Ma, Junchang Zhang, Yong Li
PMID38840920
发布时间2024-05-22
DOI10.3389/fimmu.2024.1370367

实验完整度

包含生物信息学分析(差异表达、预后模型、免疫浸润相关)及体外细胞实验(敲低后增殖、迁移)和临床样本IHC验证,但缺少体内模型和机制验证。

主要模型

TCGA-STAD队列 GEO数据集(GSE84433、GSE84437等) 胃癌细胞系AGS 胃癌及正常组织样本(150例胃癌、30例正常)

重点核对

GLT8D2表达与巨噬细胞标志物(CD68、CCL2、IL10)的相关性 GLT8D2敲低后细胞增殖和迁移能力的改变 GLT8D2高表达与OS和DFS的关联 七个预后基因(GLT8D2, GALNT6, ST3GAL6等)的风险评分模型

摘要

由于胃癌(GC)具有显著的肿瘤异质性,只有有限的患者能从免疫治疗中获得积极结果。在此,我们旨在开发与糖基化基因相关的预测模型,以提供对胃癌免疫治疗更全面的理解。从GEO和TCGA数据库获取RNA测序(RNA-seq)数据和相应的临床结果,并从GlycoGene DataBase获取糖基化相关基因。我们鉴定了48个差异表达的糖基化相关基因,并基于Cox回归分析结果建立了预后模型(包括GLT8D2、GALNT6、ST3GAL6、GALNT15、GBGT1、FUT2、GXYLT2七个预后基因)。我们发现这些糖基化相关基因与肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的丰度显示出强烈的相关性,尤其是GLT8D2与许多TILs相关。最后,我们采用免疫组织化学和多重免疫组化发现,GLT8D2在胃癌中是一个有价值的预后生物标志物,并与巨噬细胞相关标志物密切相关。总的来说,我们建立了基于糖基化相关基因的预后模型,以提供对胃癌预后预测的更全面理解,并发现GLT8D2与不良预后密切相关,可能强调其在调节胃癌患者免疫细胞浸润中的作用。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
糖基化相关基因在胃癌预后和免疫浸润中的作用,特别是GLT8D2的预后价值和免疫调节功能。
核心机制
GLT8D2可能通过影响巨噬细胞极化(如TAM)和免疫逃逸来调节免疫细胞浸润,但具体机制尚未明确验证。
主要证据
基于TCGA和GEO数据建立预后模型,TIMER分析显示GLT8D2与多种免疫细胞浸润相关;IHC和多重IHC显示GLT8D2高表达与CD68浸润增加及较差预后相关;体外实验敲低GLT8D2抑制细胞增殖和迁移。
研究意义
GLT8D2可能作为胃癌预后生物标志物和免疫治疗靶点,为预测患者预后和免疫治疗反应提供潜在方向。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

差异表达糖基化基因的鉴定

识别胃癌中异常表达的糖基化相关基因。

使用GEO数据集(GSE19826, GSE26899, GSE54129)进行差异表达分析,与GlycoGene DataBase的糖基化基因取交集。

2

糖基化预后模型的构建与验证

筛选与总生存期相关的糖基化基因并建立预后模型。

在TCGA-STAD训练队列中进行单变量Cox和LASSO回归分析,构建风险评分模型,并在GSE84433和GSE84437验证。

3

免疫浸润相关性分析

探究糖基化基因与肿瘤免疫浸润的关系。

使用TISIDB和TIMER2.0分析七基因与TILs的关联,重点关注GLT8D2。

4

临床样本验证

验证GLT8D2在胃癌组织中的表达及其与预后的关联。

对150例胃癌和30例正常组织进行IHC和多重IHC,评估GLT8D2表达与CD68浸润及临床病理特征的关系。

5

体外功能实验

验证GLT8D2对胃癌细胞增殖和迁移的影响。

在AGS细胞中敲低GLT8D2,进行CCK-8、克隆形成、划痕和Transwell迁移实验。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM/F12培养基GibcoC11330500BT
胎牛血清Gibco10099141C
嘌呤霉素----
细胞计数试剂盒-8BeyotimeC0048M
结晶紫Beyotime BiotechnologyC0121
DAB显色试剂盒Fujian Maxim CompanyDAB-0031
抗GLT8D2抗体Biossbs-8302R
多重免疫组化试剂盒--10234100050
抗CD68抗体Cell Signaling Technology97778
Transwell小室(8μm孔径)----
奥林巴斯CKX53显微镜OlympusCKX53

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
预后模型构建
训练队列(TCGA-STAD)和验证队列(GSE84433、GSE84437)的样本量、基因表达数据标准化方法(log2转换)、风险评分公式、分组阈值(中位数)
阅读提示:Methods中'Construction and validation of the glycosylation-related gene prognostic model'(2.3节)
免疫浸润分析
GLT8D2表达与免疫细胞浸润的相关性(TIMER2.0和TISIDB),包括相关系数(rho)和p值
阅读提示:Results 'Correlation between immune infiltration and GLT8D2 expression in GC'(3.5节)及图6
临床样本验证
样本来源(上海芯超生物)、样本量(150例GC、30例正常)、IHC抗体稀释度(GLT8D2 1:100)、染色强度分级标准
阅读提示:Methods 'Immunohistochemistry and multiplex immunohistochemical'(2.7节)和Results 3.6节
体外功能实验
细胞系(AGS)、敲低载体(GV341)、嘌呤霉素筛选浓度(2μg/ml)、CCK-8检测时间点(0,24,48,72小时)、克隆形成细胞数(500个/孔)、划痕时间点(0,12,24小时)、Transwell迁移时间和细胞数
阅读提示:Methods 'Cell transfection and lentiviral infection'(2.8节)和'Cell viability, colony formation, and wound healing assays'(2.9节)