代谢组学分析
鉴定H3K27M突变对DMG细胞和肿瘤代谢的影响,特别是对放疗反应的影响。
对H3K27M同基因细胞系和异种移植肿瘤组织进行稳态代谢组学分析,比较H3K27M与KO细胞在放疗前后的代谢物差异,并进行通路富集分析。
Purine salvage promotes treatment resistance in H3K27M-mutant diffuse midline glioma.
包含体外细胞模型(患者来源同基因细胞系)、稳定同位素示踪、异种移植瘤模型、患者数据分析和体内基因沉默验证,明确的功能验证和机制验证。
DIPGXIII 和 BT245 H3K27M 同基因细胞系 DIPGXIII-GFP/LUC 原位异种移植小鼠模型 DIPGXIII-GFP/LUC-shHPRT1 原位异种移植小鼠模型
H3K27M 突变状态(H3K27M 与 H3K27M-KO 配对细胞系) 辐射剂量和时间(4Gy,2小时或3小时) 稳定同位素示踪剂种类和浓度(如 15N-谷氨酰胺、2D-次黄嘌呤、13C-鸟嘌呤) 药物处理浓度和方案(MPA 1μM 和 10μM,MMF 150mg/kg) 体内模型和分组(Rag1-KO 小鼠,每组 7-10 只)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定H3K27M突变对DMG细胞和肿瘤代谢的影响,特别是对放疗反应的影响。
对H3K27M同基因细胞系和异种移植肿瘤组织进行稳态代谢组学分析,比较H3K27M与KO细胞在放疗前后的代谢物差异,并进行通路富集分析。
量化H3K27M细胞中从头合成和补救合成通路的活性。
使用U13C-葡萄糖、15N-谷氨酰胺、2D-次黄嘌呤和13C-鸟嘌呤示踪,测量嘌呤代谢中间体和终产物的标记丰度。
评估抑制从头嘌呤合成(MPA)对H3K27M细胞放疗敏感性的影响。
用MPA和放疗处理H3K27M细胞,进行长期神经球形成实验和活细胞成像,计算存活分数和增强比。
评估MMF联合放疗对H3K27M异种移植瘤生长和生存的影响。
将DIPGXIII-GFP/LUC细胞原位植入Rag1-KO小鼠,随机分组后给予vehicle、MMF、RT、MMF+RT,监测肿瘤生长和生存。
揭示H3K27M细胞对MMF+RT产生耐药的机制。
检测放疗后HGPRT和IMPDH1表达,进行同位素示踪分析放疗后从头合成和补救合成变化,并检测肿瘤和正常脑组织中鸟嘌呤水平。
验证抑制嘌呤补救(通过HGPRT敲低)是否能增强放疗效果。
构建DIPGXIII-GFP/LUC-shHPRT1细胞,原位植入,给予RT或对照,监测肿瘤生长和生存。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 聚凝胺转染试剂 | -- | -- |
| 即用型慢病毒包装(GFP/荧光素酶) | -- | -- | |
| shHPRT1病毒载体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-40679-V | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | -- | -- |
| cOmplete蛋白酶抑制剂 | Roche | -- | |
| phoSTOP磷酸酶抑制剂 | Roche | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher | -- | |
| SDS-PAGE凝胶电泳 | -- | -- | |
| West Pico Plus化学发光底物 | ThermoFisher | -- | |
| H3K27M抗体 | Cell Signaling | 74829 | |
| H3K27me3抗体 | EMD-Millipore | 07-449 | |
| IMPDH1抗体 | Cell Signaling | 35914 | |
| HPRT1抗体 | Invitrogen | PA5-22281 | |
| β-Actin抗体 | Santa Cruz | sc-47778 | |
| ENT1抗体 | Abnova | PAB2255 | |
| ENT2抗体 | Abcam | ab181192 | |
| ENT4抗体 | Bioss | bs-4176R | |
| 稳态代谢组学 | Philips RT250照射仪 | Kimtron Medical | -- |
| 代谢组学分析 | 安捷伦MassHunter定量分析软件 | Agilent Technologies | -- |
| 稳定同位素示踪 | U13C-葡萄糖 | Cambridge Laboratories Inc | CLM-1396-PK |
| 2,8-氘代次黄嘌呤 | Cambridge Laboratories Inc | DLM-8658 | |
| 15N-谷氨酰胺 | Cambridge Laboratories Inc | NLM-557 | |
| 13C8-鸟嘌呤 | Cambridge Laboratories Inc | CLM-1019-PK | |
| LC/MS分析 | 安捷伦Infinity Lab II超高效液相色谱 | Agilent Technologies | -- |
| 6545 QToF质谱仪 | Agilent Technologies | -- | |
| ZORBAX RRHD Extend 80Å C18色谱柱 | Agilent Technologies | -- | |
| ZORBAX SB-C8保护柱 | Agilent Technologies | -- | |
| 数据分析 | MassHunter ProFinder 8.0软件 | Agilent Technologies | -- |
| 神经球形成实验 | CellTiter-Glo 3D试剂盒 | Promega | -- |
| BioSpa培养箱 | Agilent Technologies | -- | |
| Cytation 5酶标仪 | Agilent Technologies | -- | |
| Gen5软件 | Agilent Technologies | -- | |
| 动物实验 | PhD Ultra多注射泵 | Harvard Apparatus | -- |
| 荧光素溶液 | Syd Laboratories | -- | |
| IVIS Spectrum成像系统 | -- | -- | |
| 吗替麦考酚酯 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(DIPGXIII和BT245同基因对)及培养条件(TSM培养基) 阅读提示:Methods - Cell lines and tissue culture |
| 辐射处理 | 辐射剂量(4Gy)和时间点(2小时或3小时) 阅读提示:Methods - Steady-state metabolomics 和 Stable isotope tracing |
| 代谢组学分析 | 代谢物提取方法(80%甲醇)和标准化(蛋白质含量约1000μg) 阅读提示:Methods - Steady-state metabolomics |
| 稳定同位素示踪 | 示踪剂种类和浓度(21mM U13C-葡萄糖,2mM 2D-Hpx,4mM 15N-Gln,100μM 13C8-鸟嘌呤) 阅读提示:Methods - Stable isotope tracing |
| 体外药物处理 | MPA浓度(1μM和10μM)和处理时间(放疗前6小时) 阅读提示:Methods - Long-term neurosphere assay |
| 动物实验 | 小鼠品系(Rag1-KO)、细胞植入量(1.5-2.0x10^5)、MMF剂量(150mg/kg)和放疗方案(2Gy×6次) 阅读提示:Methods - Stereotactic orthotopic implantation 和 Bioluminescent imaging (BLI) and mouse treatment |
| 基因沉默 | shHPRT1病毒载体和敲低验证 阅读提示:Methods - DIPGXIII-GFP/LUC and DIPGXIII-GPF/LUC-shHPRT1 cell lines |