验证TRAIL-R介导的抑制效应
验证TRAIL/TRAIL-R相互作用是否直接抑制T细胞活化。
使用TRAIL-R敲除小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞,用抗CD3/CD28抗体刺激,在存在或不存在TRAIL的情况下,检测T细胞活化标志物(CD69、CD25)、增殖和IL-2产生。
Association of TRAIL receptor with phosphatase SHP-1 enables repressing T cell receptor signaling and T cell activation through inactivating Lck.
包含体外细胞实验、TRAIL-R敲除小鼠模型、质谱蛋白质组学、转录组测序、免疫共沉淀、脂筏分析等多层级验证。
小鼠原代CD4+ T细胞 TRAIL-R敲除小鼠(Trail-r−/−) EL4 T细胞 Jurkat T细胞
TRAIL处理浓度(10 µg/mL)及刺激时间(30 min) 抗CD3(3 µg/mL)和抗CD28(2 µg/mL)抗体刺激 SHP-1 siRNA敲低验证 TRAIL-R死亡结构域截短突变体(TRAIL-R△DD-FLAG)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TRAIL/TRAIL-R相互作用是否直接抑制T细胞活化。
使用TRAIL-R敲除小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞,用抗CD3/CD28抗体刺激,在存在或不存在TRAIL的情况下,检测T细胞活化标志物(CD69、CD25)、增殖和IL-2产生。
鉴定TRAIL-R信号对T细胞活化过程中基因表达的影响。
对TRAIL处理的活化CD4+ T细胞进行全转录组RNA测序,进行主成分分析和基因本体论通路分析。
探究TRAIL是否抑制近端TCR信号传导。
免疫印迹检测TCR信号分子(CD3ζ、Lck、ZAP70、PLCγ1等)的磷酸化水平,并分析脂筏募集。
验证TRAIL抑制TCR信号是否独立于经典的凋亡通路。
检测caspase-8和caspase-3的激活,并使用泛caspase抑制剂Z-VAD-FMK处理,观察对TCR信号抑制的影响。
寻找TRAIL-R在T细胞内的新型结合蛋白。
使用抗TRAIL-R抗体免疫沉淀结合质谱分析,鉴定TRAIL-R相互作用蛋白。
验证SHP-1是否与TRAIL-R在T细胞中结合,并确定结合位点。
通过免疫共沉淀和截短突变体分析SHP-1与TRAIL-R的结合,并检测TRAIL诱导的SHP-1磷酸化。
确定TRAIL-R/SHP-1是否通过去磷酸化Lck抑制TCR信号。
免疫共沉淀检测Lck与TRAIL-R/SHP-1复合物的关联,并检测Lck Y394磷酸化水平及脂筏募集。
验证SHP-1在TRAIL-R介导的抑制效应中的必要性。
使用SHP-1 siRNA敲低CD4+ T细胞中的SHP-1,检测TRAIL对TCR信号分子磷酸化、脂筏募集和T细胞活化的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Invitrogen | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 细胞分离 | EasySep小鼠CD4+ T细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | 19852 |
| 细胞刺激 | 重组小鼠TRAIL蛋白 | GenScript | Z03367 |
| 抗CD3抗体 | BioLegend | 100253 | |
| 抗CD28抗体 | BioLegend | 102121 | |
| 流式分析 | CellTrace CFSE试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C34570 |
| PE-Annexin V/7-AAD凋亡检测试剂盒 | BioLegend | 640934 | |
| ELISA | ELISA MAX™ 豪华套装小鼠IL-2 | BioLegend | 431004 |
| ELISA MAX™ 豪华套装小鼠IL-4 | BioLegend | 431104 | |
| ELISA MAX™ 豪华套装小鼠IFN-γ | BioLegend | 430804 | |
| 免疫印迹 | PhosphoSafe提取试剂 | Merck Millipore | 71296 |
| 蛋白G-琼脂糖珠 | Merck Millipore | M16-266 | |
| 化学发光试剂 | Merck Millipore | WBKLS0500 | |
| 脂筏分离 | 蛋白酶抑制剂 | -- | -- |
| 转染 | Neon转染系统试剂盒 | Invitrogen | MPK10096 |
| SHP-1 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-29479 | |
| siRNA转染试剂 | Santa Cruz Biotechnology | sc-29528 | |
| 凋亡抑制 | Z-VAD-FMK | Abcam | ab120487 |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| SureSelect XT HS2 mRNA文库制备试剂盒 | Agilent | -- | |
| 共聚焦显微镜 | 康宁基质胶 | Corning | 354234 |
| Leica SP8 STED共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 流式细胞仪 | FACSCanto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 质谱 | LTQ Orbitrap Elite混合质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫印迹 | 抗LCK抗体 | Cell Signaling Technology | 2752S |
| 抗p-LCK (Y394)抗体 | BioLegend | 933102 | |
| 抗SHP-1抗体 | Abcam | ab227503 | |
| 抗TRAIL-R抗体 | BioVision | 3062 | |
| 抗β-actin抗体 | Merck Millipore | MAB1501 | |
| 共聚焦成像 | Lck-Cy3 | Bioss | BS-2649R |
| 抗ZAP-70-FITC抗体 | BioLegend | 313404 | |
| 抗神经节苷脂GM-1抗体 | Abcam | ab23943 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| T细胞活化实验 | TRAIL浓度(0-1或10 µg/mL),抗CD3/CD28浓度(3 µg/mL和2 µg/mL),处理时间(24小时或30分钟),小鼠品系和年龄(C57BL/6,雌性,6-7周龄) 阅读提示:图1图注及材料方法部分 |
| TRAIL-R结合蛋白鉴定 | EL4细胞转染TRAIL-R质粒,抗CD3刺激浓度和时间,免疫沉淀抗体,质谱条件 阅读提示:图3图注及材料方法中的质谱部分 |
| 免疫共沉淀 | 抗体浓度(1:200),裂解液成分,孵育时间(3小时) 阅读提示:材料方法中的免疫沉淀部分 |
| 脂筏分离 | 蔗糖梯度离心条件(200,000 × g,22小时),裂解缓冲液成分 阅读提示:材料方法中的脂筏分离部分 |
| SHP-1敲低 | siRNA类型和浓度(SHP-1 siRNA 1 μg),转染试剂用量,细胞数量 阅读提示:材料方法中的质粒、siRNA和转染部分 |