数据获取与筛选
获取DLBCL患者基因表达和临床数据,筛选脂质代谢相关基因。
从GEO和TCGA获取4个队列,从MSigDB获取6条脂质代谢通路,筛选出523个LMAGs。
A novel lipid metabolism-based risk model associated with immunosuppressive mechanisms in diffuse large B-cell lymphoma.
包含多队列转录组数据分析和LASSO Cox建模,以及免疫组化和免疫荧光验证,但缺乏体内功能实验和机制验证。
GSE181063队列(训练集,644例DLBCL患者) TCGA-NCICCR、GSE10846、GSE11318队列(验证集) DLBCL患者淋巴结活检样本
16个LMAGs的Cox回归系数 中位风险评分分组阈值 免疫组化中抗MECR、RAN、ARSK抗体及CD3、CD20抗体 免疫荧光中DAPI核染色 淋巴结样本来自上海第九人民医院2019-2021年DLBCL和淋巴增生患者
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取DLBCL患者基因表达和临床数据,筛选脂质代谢相关基因。
从GEO和TCGA获取4个队列,从MSigDB获取6条脂质代谢通路,筛选出523个LMAGs。
使用LASSO Cox回归构建LMAGs风险模型,并验证其预后预测能力。
单变量Cox筛选预后基因,LASSO Cox回归选择16个基因,多变量Cox建立风险评分,根据中位风险评分分组,Kaplan-Meier和ROC评估。
评估风险模型在不同临床亚组中的预后价值及其独立性。
根据年龄、COO、ECOG、结外受累、性别、IPI、分期、B症状、LDH分层,分析风险评分与IPI的关系。
结合风险评分和IPI构建列线图,提高预测准确性。
使用独立预后因素构建列线图,通过C-index和校准曲线评估。
探索高低风险组间的通路差异和免疫微环境特征。
GSVA、GSEA、ESTIMATE、ssGSEA分析。
识别与免疫反应相关的核心LMAGs。
分析16个LMAGs与T细胞受体信号和NK细胞介导细胞毒性的相关性,及与免疫细胞浸润的相关性。
验证MECR、ARSK、RAN在DLBCL组织中的表达和定位。
对DLBCL和淋巴增生患者淋巴结样本进行免疫组化和免疫荧光。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取 | 队列:GSE181063, GSE10846, GSE11318, TCGA-NCICCR;样本量:644, 233, 181, 234, 163 阅读提示:Methods: Data source |
| 风险模型构建 | 候选基因:523个LMAGs;筛选方法:LASSO Cox回归;HR cutoff:>1.2 或<0.8;内部验证:1000次bootstrap 阅读提示:Methods: Construction and confirmation of the forecast model |
| 风险分组 | 分组依据:中位风险评分 阅读提示:Methods: Construction and confirmation of the forecast model |
| 列线图构建 | 独立预后因素:风险评分和IPI;队列:GSE181063和TCGA-NCICCR 阅读提示:Methods: Development and assessment of a nomogram according to the risk level approach |
| 功能富集分析 | GSVA参考基因集:c2.cp.kegg.v7.5.1.entrez.gmt;GSEA阈值:NOM p<0.05, FDR q<0.25, |NES|>1 阅读提示:Methods: Functional enrichment analysis |
| 免疫浸润分析 | 算法:ESTIMATE, ssGSEA, CIBERSORT 阅读提示:Methods: Immune infiltrating analysis |
| 免疫组化和免疫荧光 | 抗体:抗MECR (51027-2-AP), 抗RAN (67500-1-Ig), 抗ARSK (bs-9102R), 抗CD3 (60181-1-Ig), 抗CD20 (60271-1-Ig);组织:DLBCL和淋巴增生患者淋巴结;图像放大400倍;核染色DAPI 阅读提示:Methods: Immunohistochemical and immunofluorescence staining |
| 统计分析 | 软件:R 4.2.1, GraphPad Prism 8;方法:Kendall相关, t检验, Kaplan-Meier 阅读提示:Methods: Statistical analyses |