筛选与雄激素相关的m6A基因
鉴定与雄激素功能相关的m6A修饰基因,并确定研究对象。
利用TCGA数据库和GSEA基因集,筛选差异表达的雄激素相关基因,并构建m6A基因调控网络,最终选定YTHDF1。
RNA N6-methyladenosine-modified-binding protein YTHDF1 promotes prostate cancer progression by regulating androgen function-related gene TRIM68.
包含体外细胞实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭)、MeRIP测序、体内裸鼠移植瘤及组织学分析,并进行了功能验证和机制验证。
LNCAP前列腺癌细胞系 DU145和PC-3前列腺癌细胞系 RWPE-2正常前列腺细胞 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型
YTHDF1敲低效率验证(si-YTHDF1-1) AR抑制剂(ARN-509)处理浓度(10 μmol/L)及时间(48 h) TRIM68过表达质粒构建及转染效率验证 裸鼠皮下移植瘤分组(si-NC、si-YTHDF1、si-TRIM68、si-YTHDF1+OE-TRIM68)及给药(氟他胺100 mg/kg,1周) 体外功能实验(CCK-8、流式凋亡、划痕、Transwell)中的细胞密度和处理时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与雄激素功能相关的m6A修饰基因,并确定研究对象。
利用TCGA数据库和GSEA基因集,筛选差异表达的雄激素相关基因,并构建m6A基因调控网络,最终选定YTHDF1。
验证YTHDF1在PC细胞中的表达及其与AR的关系,并确定AR抑制剂的最佳处理浓度。
检测正常前列腺细胞和PC细胞系中YTHDF1蛋白表达;用不同浓度AR抑制剂处理LNCAP细胞,检测细胞活力、m6A相关基因mRNA和蛋白表达。
评估YTHDF1敲低对PC细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭以及AR和m6A水平的影响。
用si-YTHDF1转染LNCAP细胞,检测YTHDF1敲低效率,并检测细胞活力(CCK-8)、凋亡(流式)、迁移(划痕)、侵袭(Transwell)、AR表达和m6A甲基化水平。
鉴定YTHDF1介导的m6A修饰的直接靶基因,并确认候选基因。
对si-YTHDF1和siNC组进行MeRIP测序,结合生物信息学分析与雄激素相关基因取交集,并用qRT-PCR和Western blot验证。
验证TRIM68的功能及其是否能逆转YTHDF1敲低对PC细胞的影响。
通过si-TRIM68敲低或TRIM68过表达质粒转染LNCAP细胞,检测细胞活力、凋亡、迁移、侵袭,以及m6A水平和AR表达。
在体内验证YTHDF1和TRIM68对肿瘤生长的影响以及TRIM68的逆转作用。
将四种处理后的LNCAP细胞皮下接种裸鼠,观察肿瘤生长,并进行组织学分析和血清指标检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 定义型角质细胞无血清培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞活性检测 | ARN-509(阿帕鲁胺) | Beyotime | SD0033 |
| CCK-8试剂 | Beyotime | C0038 | |
| RNA提取 | RNAiso Plus | Takara | -- |
| 反转录 | PrimeScript RT预混液 | Takara | -- |
| qRT-PCR | Power SYBR Green PCR预混液 | Thermo | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 抗AR抗体 | Proteintech | 22089-1-AP | |
| 抗YTHDF1抗体 | Proteintech | 17479-1-AP | |
| 抗TRIM68抗体 | Bioss | bs-17123R | |
| 二抗 | Jackson immune research | 111-035-003 | |
| ECL化学发光试剂盒 | -- | -- | |
| 蛋白成像 | Image Quant LAS 4000mini成像系统 | GE Healthcare | -- |
| 质粒提取 | 无内毒素中量质粒提取试剂盒 | Omega Bio-Tek | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo | 11668-027 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | BD Biosciences | 556420 |
| m6A定量 | EpiQuik m6A RNA甲基化定量试剂盒 | Epigentek Group Inc. | P-9005 |
| ELISA | AR ELISA试剂盒 | ELK Biotechnology | ELK1829-1 |
| 免疫组化 | Ki67抗体 | Cell signaling technology | 9027 |
| DAB显色液 | -- | -- | |
| TUNEL | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche | 11684795910 |
| 显微镜观察 | Olympus IX71倒置显微镜 | Olympus | -- |
| 荧光显微镜 | Nikon Eclipse 50i荧光显微镜 | Nikon | -- |
| 测序 | Illumina Novaseq 6000测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基和添加物(FBS浓度、双抗浓度)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| AR抑制剂处理 | AR抑制剂(ARN-509)浓度(10 μmol/L)、处理时间(48 h) 阅读提示:Results: 图1D;Materials and methods: CCK-8 assay |
| YTHDF1敲低 | siRNA序列(si-YTHDF1-1)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、转染时间(48 h)、敲低效率验证 阅读提示:Materials and methods: Cell transfection; Results: 图2A-B |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、处理时间、检测方法(CCK-8、流式、划痕、Transwell)及染色条件 阅读提示:Materials and methods: CCK-8 assay, Flow cytometry, Wound healing assay, Transwell assay |
| m6A定量 | RNA上样量(200 ng)、试剂盒(EpiQuik试剂盒)、检测波长(450 nm) 阅读提示:Materials and methods: RNA m6A quantification |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、样本量(n=20)、细胞接种量(5×10^7 cells/ml, 100 μl)、给药方案(氟他胺100 mg/kg,1周)、观察时间(5周) 阅读提示:Materials and methods: Subcutaneous xenografts of nude mice |