代谢组学分析
检测FPR2刺激对细胞代谢物变化的影响
对CaLu-6细胞进行LC-MS代谢组学分析,比较未刺激和WKYMVm刺激的细胞,并验证FPR2拮抗剂WRW4的作用。
Formyl-peptide receptor 2 signalling triggers aerobic metabolism of glucose through Nox2-dependent modulation of pyruvate dehydrogenase activity.
包含代谢组学、细胞实验、CRISPR/Cas9基因编辑、Western blot、Seahorse分析等多层级验证,涵盖分子机制和功能验证。
CaLu-6细胞系 p22phoxCrispr/Cas9 CaLu-6细胞 A549细胞系
CaLu-6细胞系,血清饥饿24小时,WKYMVm 10 μM或ANXA1 10 nM刺激 Nox2活性:p22phoxCrispr/Cas9细胞或apocynin预处理(5 mM,2小时) FPR2拮抗剂WRW4(10 μM,15分钟)预处理 PI3K抑制剂wortmannin(0.5 μM)或LY294002(10 μM)处理60分钟 FGFR抑制剂LY2874455(5 μM)处理2小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测FPR2刺激对细胞代谢物变化的影响
对CaLu-6细胞进行LC-MS代谢组学分析,比较未刺激和WKYMVm刺激的细胞,并验证FPR2拮抗剂WRW4的作用。
评估FPR2刺激是否影响葡萄糖摄取以及GLUT4的膜定位
使用2-NBDG荧光类似物测量葡萄糖摄取,并通过Western blot分析膜组分中的GLUT4表达。
检测FPR2刺激诱导的激酶磷酸化和信号级联
通过Western blot检测IGF-IR/IR、PFKFB2、FRS2、PDH、LDH、Src、c-Myc等蛋白的磷酸化状态,并使用特异性抑制剂验证通路成分。
评估FPR2刺激对乳酸产生和糖酵解速率的影响
使用Lactate-Glo Assay测量培养基中乳酸浓度,并利用Seahorse XF分析仪测量ECAR、PER和OCR。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen Corp. | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen Corp. | -- | |
| WKYMVm | Primm | -- | |
| ANXA1 | -- | -- | |
| WRW4 | Primm | -- | |
| 夹竹桃麻素 | Sigma Chemical | -- | |
| PP2 | Calbiochem | -- | |
| PP3 | Calbiochem | -- | |
| GSK1904529A | MedChemExpress | -- | |
| LY2874455 | MedChemExpress | -- | |
| AG1478 | Calbiochem | -- | |
| 渥曼青霉素 | Calbiochem | -- | |
| LY294002 | Calbiochem | -- | |
| CRISPR/Cas9 | 双切口酶质粒 | Santa Cruz Biotechnology | -- |
| 双切口酶对照质粒 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 代谢组学 | ACQUITY UPLC系统 | Waters Corporation | -- |
| Synapt G2-Si QTOF质谱仪 | Waters Corporation | -- | |
| ACQUITY UPLC CSH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| 葡萄糖摄取实验 | Perkin Elmer Envision 2105多功能酶标仪 | Perkin Elmer | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| Bio-Rad蛋白定量试剂盒 | BioRAD | -- | |
| Western blot | 抗微管蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-8035 |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-47724 | |
| 抗Na/K ATPase抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-48345 | |
| 抗GLUT4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-53566 | |
| 抗磷酸化c-Myc (S62)抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-8000-R | |
| 抗磷酸化IGF-IR (Y1131/1146)抗体 | Cell Signalling Technology | -- | |
| 抗磷酸化PFKFB2 (S483)抗体 | Cell Signalling Technology | -- | |
| 抗磷酸化FRS2 (Y436)抗体 | Cell Signalling Technology | -- | |
| 抗磷酸化PDH (S293)抗体 | Cell Signalling Technology | -- | |
| 抗磷酸化LDH (Y10)抗体 | Cell Signalling Technology | -- | |
| 抗磷酸化c-Src (Y416)抗体 | Cell Signalling Technology | -- | |
| 抗HIF1α抗体 | Novus Biologicals | NB100-105 | |
| 山羊抗小鼠HRP二抗 | Bioss Antibodies | bs-0296G-HRP | |
| 山羊抗兔HRP二抗 | Bioss Antibodies | bs-0295G-HRP | |
| 增强化学发光试剂 | Amersham Biosciences | -- | |
| ChemiDoc凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 乳酸检测 | 乳酸发光检测试剂盒 | Promega | -- |
| Synergy H1多功能酶标仪 | BioteK | -- | |
| Seahorse分析 | Seahorse XF糖酵解速率检测试剂盒 | Agilent | -- |
| XF-24分析仪 | Agilent | -- | |
| XF-24细胞培养板 | Agilent | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与刺激 | 细胞系(CaLu-6、A549、p22phoxCrispr/Cas9);培养条件(DMEM、10% FBS、37°C、5% CO2);血清饥饿时间(24小时);刺激物及浓度(WKYMVm 10 μM、ANXA1 10 nM);刺激时间(5,10,15,30,60分钟等) 阅读提示:Methods 2.1 |
| 信号通路抑制 | 抑制剂种类、浓度及预处理时间:WRW4(10 μM,15分钟)、apocynin(5 mM,2小时)、PP2/PP3(10 μM,45分钟)、GSK1904529A(3 μM,2小时)、LY2874455(5 μM,2小时)、AG1478(10 μM,60分钟)、wortmannin(0.5 μM,60分钟)、LY294002(10 μM,60分钟) 阅读提示:Methods 2.1 |
| 代谢组学 | 细胞密度(2×10^4/孔),血清饥饿,WKYMVm处理时间(1小时),WRW4预处理;样品制备(冷甲醇/水提取),LC-MS设置(流速0.3 ml/min,柱温等) 阅读提示:Methods 2.3 |
| 葡萄糖摄取实验 | 细胞密度(5×10^3/孔),2-NBDG浓度(6 μM),WKYMVm处理时间,荧光测量参数(激发471 nm,发射529 nm) 阅读提示:Methods 2.4 |
| Western blot | 蛋白提取方法(全细胞裂解、膜组分分离),抗体列表及稀释(文中未明确说明),内参(tubulin、GAPDH、Na/K ATPase) 阅读提示:Methods 2.5 |
| 乳酸检测 | 细胞密度(1.5×10^4/孔),刺激时间(24小时),检测试剂盒及步骤 阅读提示:Methods 2.6 |
| Seahorse分析 | 细胞密度(20,000/孔),刺激时间(24小时),培养基成分(25 mM葡萄糖,4 mM L-谷氨酰胺,2 mM丙酮酸),平衡时间(1小时) 阅读提示:Methods 2.7 |