验证CLEC2D与TLR2的相互作用和二聚化
确定CLEC2D是否能与TLR2直接相互作用并形成同源或异源二聚体。
在HEK293T细胞中共表达CLEC2D-Flag和TLR2-Myc,进行免疫共沉淀;在BMDCs中检测内源性相互作用;使用BiFC和FRET验证二聚化;通过缺失突变体确定相互作用的结构域。
C-type lectin receptor 2d forms homodimers and heterodimers with TLR2 to negatively regulate IRF5-mediated antifungal immunity.
包含体外细胞共表达与免疫共沉淀、BiFC、FRET、定量配体结合实验、BMDC与RAW264.7细胞功能验证、体内小鼠感染模型、基因敲除小鼠及体内抗体中和实验,并明确机制验证(MyD88泛素化降解)。
HEK293T细胞 骨髓来源树突状细胞(BMDCs) RAW264.7细胞 小鼠全身性白色念珠菌感染模型
CLEC2D与TLR2的细胞外结构域对二者相互作用至关重要 CLEC2D同源或异源二聚体对β-葡聚糖的高结合能力 CLEC2D促进MyD88的K48连接泛素化和蛋白酶体依赖性降解 Clec2d缺陷小鼠对白色念珠菌感染的抵抗力依赖于IL-12和NK细胞 Smurf1抑制剂(Smurf1-IN-A01)完全阻断CLEC2D介导的MyD88降解
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定CLEC2D是否能与TLR2直接相互作用并形成同源或异源二聚体。
在HEK293T细胞中共表达CLEC2D-Flag和TLR2-Myc,进行免疫共沉淀;在BMDCs中检测内源性相互作用;使用BiFC和FRET验证二聚化;通过缺失突变体确定相互作用的结构域。
评估CLEC2D同源二聚体和CLEC2D/TLR2异源二聚体对真菌配体的结合特异性。
使用流式细胞术检测CLEC2D-Fc与白色念珠菌酵母的结合;ELISA检测CLEC2D-Fc、TLR2-His及其组合对curdlan、α-mannan和Pam3CSK4的结合;竞争实验使用Dectin-1-Fc。
阐明CLEC2D负调控β-葡聚糖诱导的IRF5活化的分子机制。
用curdlan刺激野生型、Clec2d缺陷、TLR2缺陷和双缺陷BMDCs以及稳定表达Clec2d的RAW264.7细胞,检测IRF5磷酸化、核转位和MyD88降解;使用MG132和MyD88抑制剂TJ-M2010-5验证蛋白酶体途径。
确定CLEC2D是否通过特定泛素连接酶介导MyD88的泛素化和降解。
在BMDCs中使用TUBE实验检测MyD88泛素化;在HEK293T细胞中共表达MyD88-His、Clec2d-Flag、Ub-HA或K48/K63连接泛素突变体,检测泛素化类型;使用Smurf1抑制剂和SPOP抑制剂处理RAW264.7细胞。
确认CLEC2D对β-葡聚糖诱导的IL-12产生的负调控作用及其依赖于IRF5和MyD88。
RNA-seq分析Clec2d缺陷BMDCs的差异表达基因;RT-qPCR检测Il12a和Il12b表达;ELISA检测IL-12p70和IL-12p40分泌;ChIP-qPCR检测IRF5与Il12a/Il12b启动子的结合;使用IRF5抑制剂N5-1和MyD88抑制剂TJ-M2010-5处理。
确定CLEC2D在体内对宿主抗真菌免疫的影响。
对野生型和Clec2d缺陷小鼠静脉接种白色念珠菌SC5314,监测存活率、真菌载量、组织病理、细胞因子产生和NK细胞应答;使用IL-12中和抗体和IRF5抑制肽进行体内干预。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 胰蛋白酶 | -- | -- | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | -- | |
| 细胞刺激 | 凝胶多糖 | Sigma-Aldrich | C7821 |
| α-甘露聚糖 | Sigma-Aldrich | M7504 | |
| Pam3CSK4 | Invivogen | tlrl-pms | |
| 蛋白检测 | MG132 | -- | -- |
| TJ-M2010-5 | -- | -- | |
| Smurf1-IN-A01 | -- | -- | |
| IRF5抑制肽N5-1 | GL Biochem | -- | |
| 对照肽PTD | GL Biochem | -- | |
| 流式分析 | 布雷菲德菌素A | Yeasen | 50502ES03 |
| FITC偶联抗CD45抗体 | Biolegend | 147710 | |
| PE偶联抗CD3抗体 | Biolegend | 100205 | |
| BV421偶联抗NK1.1抗体 | Biolegend | 108741 | |
| APC偶联抗IFN-γ抗体 | Biolegend | 505810 | |
| 免疫荧光 | 抗β-葡聚糖抗体 | Abcam | ab233743 |
| Dectin-1-Fc融合蛋白 | MedChemExpress | HY-P70101 | |
| CLEC2D-Fc融合蛋白 | -- | -- | |
| FITC标记的山羊抗人IgG1-Fc抗体 | Jackson ImmunoResearch | 109-095-190 | |
| 驴抗小鼠IgG H&L抗体 | Abcam | ab150108 | |
| 荧光增白剂 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| Cy5偶联TLR2抗体 | Bioss | bs-10472R-Cy5 | |
| Cy3偶联CLEC2D抗体 | Bioss | bs-2683R-Cy3 | |
| 免疫共沉淀 | Western和IP裂解液 | Beyotime | P0013 |
| 抗TLR2抗体 | Abcam | ab209217 | |
| 蛋白A/G磁珠 | -- | -- | |
| 串联泛素结合实体 | -- | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | -- | -- |
| PrimeScript逆转录预混液 | Takara | RR036A | |
| Power SYBR Green PCR预混液 | -- | -- | |
| RNA-seq | miRvana RNA提取试剂盒 | Invitrogen | -- |
| TruSeq链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| Illumina HiSeq 2500 / HiSeq X Ten测序平台 | Illumina | -- | |
| 动物实验 | 白色念珠菌SC5314 | ATCC | -- |
| 抗IL-12中和抗体 | BioXcell | BE0233 | |
| 抗NK1.1中和抗体 | BioXcell | BE0036 | |
| 同型对照抗体(IgG) | BioXcell | BE0090, | |
| 组织处理 | VI型胶原酶 | Roche | 11088866001 |
| Percoll分离液 | Cytiva | 17089109 | |
| 高速低温组织研磨机 | Servicebio | -- | |
| 沙保氏葡萄糖琼脂平板 | -- | -- | |
| 破膜缓冲液 | Invitrogen | 88-8824-00 | |
| Caseviewer软件 | -- | -- | |
| 显微成像 | 蔡司LSM880共聚焦激光扫描显微镜 | Zeiss | -- |
| FACSCelesta流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 全自动化学发光/荧光图像分析系统(Tanon 5200s) | Tanon | 5200s | |
| Image J软件 | -- | -- | |
| GraphPad Prism 8软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 相互作用验证 | 免疫共沉淀和BiFC实验中的细胞系、转染组合、刺激条件及刺激时间 阅读提示:Methods: Co-immunoprecipitation, Bimolecular fluorescence complementation assay; Figure 1 |
| 配体结合实验 | 结合实验中的蛋白浓度、配体包被量、检测抗体及稀释度 阅读提示:Methods: In vitro ELISA binding assay, Immunofluorescence; Figure 2 |
| 信号通路分析 | BMDC和RAW264.7细胞刺激浓度与时间、抑制剂浓度、抗体稀释度 阅读提示:Methods: Stimulation of BMDCs and Raw264.7 cells, Western blot; Figure 3 |
| 体内感染模型 | 小鼠品系、年龄、性别、感染菌株及剂量、感染途径、取样时间点 阅读提示:Methods: Mouse model of systemic candidiasis, Fungal burden determination, Histology; Figure 6 |
| 体内干预实验 | 中和抗体(anti-IL-12、anti-NK1.1)或抑制剂(IRF5肽)的剂量、给药方式、给药时间 阅读提示:Methods: In vivo treatment with anti-IL-12 and anti-NK1.1 antibody, In vivo treatment with IRF5 peptide inhibitor N5-1; Figure 6,7 |