The Effect of Bergenin on Isonicotinic Acid Hydrazide and Rifampicin-Induced Liver Injury Revealed by RNA Sequencing.
包含动物模型建立、生化指标和病理检测、RNA测序及qRT-PCR和Western blot验证等多个独立实验层级，并明确验证了机制。
小鼠模型（INH+RIF诱导的肝损伤模型） 小鼠肝脏组织
小鼠品系：雄性小鼠，6-8周龄，18-20 g 造模药物及剂量：INH 100 mg/kg，RIF 100 mg/kg，连续30天 干预药物及剂量：BER 20、40、80 mg/kg，连续30天 阳性对照：水飞蓟素150 mg/kg 溶剂：0.5%羧甲基纤维素钠溶液（10 mL/kg）
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立INH+RIF诱导的肝损伤模型，并评估不同剂量BER的保护作用。
小鼠随机分为7组（每组10只），除对照组和BER（80 mg/kg）组外，其余组灌胃给予INH（100 mg/kg）和RIF（100 mg/kg），同时给予不同剂量的BER（20、40、80 mg/kg）或阳性对照水飞蓟素（150 mg/kg），连续30天。对照组和BER（80 mg/kg）组分别给予溶剂和80 mg/kg BER。30天后收集血液和组织样本。
评估BER对肝损伤小鼠肝功能、氧化应激和炎症水平的影响。
检测血清中ALT、AST、AKP、TBA、DBIL和TBIL水平；肝组织中SOD、GSH-Px活性和MDA含量；肝组织中TNF-α、IL-6和IL-1β含量；肝脏HE染色观察病理变化。
通过RNA测序筛选INH+RIF和BER干预后的差异表达基因及富集通路。
取Control、INH+RIF、INH+RIF+BER(80)三组肝组织各3个样本进行RNA测序。分析差异表达基因，并富集到药物代谢、胆汁酸代谢、Nrf2通路和TLR4通路。
验证RNA测序结果中关键差异表达基因的mRNA表达水平。
使用qRT-PCR检测药物代谢基因（Maob、Nat1、Nat2、Gstm3）、胆汁酸代谢基因（Abcc3、Abcc4）、Nrf2通路基因（Cyp2e1、Keap1、Nfe2l2、Hmox1、Nqo1）、TLR4通路基因（TLR4、Myd88、Rela）的mRNA表达。内参为GAPDH，使用2−ΔΔCt法计算相对表达量。
验证Nrf2通路和TLR4通路的关键蛋白表达变化。
通过Western blot检测Nrf2通路相关蛋白（Cyp2e1、Keap1、Total Nrf2、Nuclear Nrf2、HO-1）和TLR4通路相关蛋白（TLR4、MyD88、p-IKKα/β、IKKα/β、IKB-α、IKB-β、p-NF-κB p65、NF-κB p65）的表达。内参为β-Actin。
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 异烟肼 | Aladdin Biochemical Technology Co., Ltd. | 54-85-3 |
| 利福平 | Aladdin Biochemical Technology Co., Ltd. | 13292-46-1 | |
| 岩白菜素 | Bidepharm | BD5122 | |
| 水飞蓟素 | Meilunbio | MB5982 | |
| 生化检测 | ALT检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | C009-2-1 |
| AST检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | C010-2-1 | |
| AKP检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | A059-2-2 | |
| 总胆汁酸检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | E003-2-1 | |
| 直接胆红素检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | C019-2-1 | |
| 总胆红素检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | C019-1-1 | |
| 超氧化物歧化酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | A001-3-2 | |
| 谷胱甘肽过氧化物酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | A005-1-2 | |
| 丙二醛检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute | A003-1-2 | |
| 炎症因子检测 | TNF-α ELISA试剂盒 | Meimian Industrial Co., Ltd. | MM-0132M1 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Meimian Industrial Co., Ltd. | MM-0163M1 | |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Meimian Industrial Co., Ltd. | MM-0040M1 | |
| qRT-PCR | HiFiScript gDNA去除cDNA合成试剂盒 | Beijing ComWin Biotech Co., Ltd. | -- |
| SYBR Green定量PCR试剂盒 | Beijing ComWin Biotech Co., Ltd. | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| MyD88一抗 | Bioss | bs-1047R | |
| IKB-β一抗 | Bioss | bs-10246R | |
| p-IKK-α/β一抗 | Bioss | bs-3237R | |
| p-NF-κB p65一抗 | Bioss | bsm-52178R | |
| NF-κB p65一抗 | Santa Cruz | sc-8008 | |
| TLR-4一抗 | Proteintech | 19811-1-AP | |
| IKB-α一抗 | Proteintech | 18220-1-1AP | |
| Nrf2一抗 | Proteintech | 16396-1-AP | |
| HO-1一抗 | Proteintech | 10701-1-AP | |
| Cyp2e1一抗 | Proteintech | 19937-1-AP | |
| Histon-H3一抗 | Abcam | ab1791 | |
| Keap1一抗 | Abcam | ab227828 | |
| IKK-α/β一抗 | Abcam | ab178870 | |
| β-Actin抗体 | Nakasugi Golden Bridge | TA-09 | |
| 山羊抗小鼠IgG二抗 | Sam Golden | ZB-2305 | |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Sam Golden | ZB-2301 | |
| 病理分析 | BX51光学显微镜 | Olympus | -- |
| RNA测序 | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
| Illumina测序平台 | Illumina | -- | |
| Western blot | 生物样品匀浆器 | Shanghai Jingxin Industrial Development Co. | -- |
| GeneGnome XRQ化学发光成像系统 | Syngene | -- | |
| qRT-PCR | Quant Studio3实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、周龄、体重、性别；INH和RIF的剂量、给药方式、持续时间；溶剂种类和体积 阅读提示：Materials and Methods 4.1 Animal Experiments |
| BER干预 | BER的剂量（20、40、80 mg/kg）、给药方式、持续时间；阳性对照水飞蓟素的剂量 阅读提示：Materials and Methods 4.1 Animal Experiments |
| 生化指标检测 | 血清ALT、AST、AKP、TBA、DBIL、TBIL检测方法；肝组织SOD、GSH-Px、MDA检测方法；炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β的ELISA检测 阅读提示：Materials and Methods 4.3 Analysis of Serum Samples and Liver Tissue Samples |
| RNA测序 | 肝组织样本量（每组3个）；RNA提取和测序流程；差异表达基因筛选阈值（p ≤ 0.05, fold change ≥ 1.5） 阅读提示：Materials and Methods 4.4 RNA Sequencing Analysis |
| qRT-PCR | 内参基因GAPDH；引物序列；扩增条件；相对定量方法（2−ΔΔCt） 阅读提示：Materials and Methods 4.5 Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) and Table 1 |
| Western blot | 蛋白提取方法；内参蛋白β-Actin；一抗和二抗的信息（品牌、货号）；曝光和定量方法 阅读提示：Materials and Methods 4.6 Western Blot |
