BLM表达与临床相关性分析
评估BLM在PCa组织和细胞中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系
通过IHC分析90例PCa组织及配对癌旁组织,评估BLM表达;结合TCGA数据进行生存分析;用western blot检测PCa细胞系和正常前列腺上皮细胞中的BLM。
PARP1 negatively regulates transcription of BLM through its interaction with HSP90AB1 in prostate cancer.
包含细胞系功能实验、机制研究(DNA pull-down、MS、ChIP-qPCR、co-IP)以及体内异种移植模型验证,证据层级多元。
PC3细胞系 293T细胞系 PC3异种移植小鼠模型 人PCa组织样本
BLM在人PCa组织中的过表达及其与临床分期(P=0.022)和Gleason分级(P=0.006)的相关性 PARP1与BLM启动子区域的结合(ChIP-qPCR,区域在-367至-294 bp) PARP1敲低或过表达对BLM启动子活性、mRNA和蛋白表达的影响 HSP90AB1与PARP1的相互作用及其对BLM转录的调节 ML216(5 μM)与奥拉帕尼(40 μM)联合处理对PC3细胞增殖、迁移和DNA损伤的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估BLM在PCa组织和细胞中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系
通过IHC分析90例PCa组织及配对癌旁组织,评估BLM表达;结合TCGA数据进行生存分析;用western blot检测PCa细胞系和正常前列腺上皮细胞中的BLM。
检测BLM对PCa细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭的影响
在PC3细胞中转染shRNA敲低BLM,通过CCK-8、EdU、克隆形成、划痕和Transwell实验评估细胞功能。
找出与BLM启动子区域结合的核蛋白,寻找潜在转录调控因子
使用5'-生物素标记的BLM启动子DNA探针进行链霉亲和素-琼脂糖下拉实验,进行银染和质谱鉴定,发现PARP1。
确证PARP1是否直接结合BLM启动子并抑制其转录
通过双荧光素酶报告实验、ChIP-qPCR、RT-qPCR和western blot检测PARP1敲低或过表达对BLM启动子活性和表达的影响,并用奥拉帕尼处理验证。
寻找PARP1的相互作用蛋白,并探究其如何影响BLM的转录调控
通过免疫共沉淀和质谱鉴定PARP1相互作用蛋白,发现HSP90AB1;用IF和co-IP验证相互作用。
验证HSP90AB1是否通过PARP1影响BLM转录
通过敲低或过表达HSP90AB1,检测BLM启动子活性、mRNA和蛋白表达;ChIP-qPCR检测HSP90AB1与BLM启动子的结合情况;通过共敲低或共表达分析验证其与PARP1的相互作用。
检测BLM抑制剂ML216与PARP抑制剂奥拉帕尼联合使用对PCa细胞功能的影响
在PC3细胞中,用ML216和奥拉帕尼单独或联合处理,通过CCK-8、EdU、克隆形成、划痕和Transwell实验评估细胞增殖、迁移和侵袭。
评估联合用药对PC3细胞DNA双链断裂和修复通路的影响
用IF检测γH2AX和53BP1焦点形成,用碱性彗星实验检测DNA损伤,用western blot检测HR和NHEJ通路蛋白表达。
在异种移植模型中验证联合用药的抗肿瘤效果及安全性
建立PC3异种移植小鼠模型,用ML216和奥拉帕尼单独或联合治疗,测量肿瘤体积、重量、增殖标志物Ki-67,并检查主要器官重量及体重。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| F-12K培养基 | ATCC | -- | |
| DMEM高糖培养基 | HyClone | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 奥拉帕尼 | MedChemExpress | AZD2281 |
| ML216 | MedChemExpress | CID-49852229 | |
| Western blot | BLM抗体 | Bioss | bs-12872R |
| HSP90AB1抗体 | Proteintech | 11405-1-AP | |
| XRCC4抗体 | Proteintech | 15817-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| PARP1抗体 | Abcam | ab227244 | |
| γH2AX (磷酸化S139)抗体 | Abcam | ab81299 | |
| ATM抗体 | Abcam | ab32420 | |
| ATM (磷酸化S1981)抗体 | Abcam | ab81292 | |
| RPA70抗体 | Abcam | ab79398 | |
| Mre11抗体 | Abcam | ab109623 | |
| DNA-PKcs抗体 | Abcam | ab32566 | |
| DNA-PKcs (磷酸化S2056)抗体 | Abcam | ab124918 | |
| Ki-67抗体 | Abcam | ab92742 | |
| 53BP1抗体 | Affinity | DF7472 | |
| 转染 | FuGENE®HD转染试剂 | Promega | -- |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | TaKaRa | -- |
| PrimeScript RT试剂盒 | TaKaRa | -- | |
| SsoFast EvaGreen超混液 | Bio-Rad | -- | |
| PCR | Hieff Canace® Plus PCR预混液 | Yeason | -- |
| DNA pull-down | 链霉亲和素-琼脂糖珠 | Beaver Biosciences | -- |
| 银染 | 快速银染试剂盒 | Solarbio | -- |
| 双荧光素酶报告 | 双荧光素酶报告基因检测系统试剂盒 | Promega | E1910 |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | BeaverBio | -- |
| ChIP-qPCR | SimpleChIP® Plus酶解染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9005 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | APExBIO Technology LLC | -- |
| Transwell检测 | BD BioCoat 9 Matrigel侵袭小室 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| BLM表达分析 | IHC组织芯片包含90对PCa及癌旁组织,抗BLM抗体稀释度、染色评分标准;TCGA数据获取和分析的具体参数(GEPIA工具) 阅读提示:见Materials and methods中Data resources、IF and IHC部分及Table 5 |
| 细胞功能实验 | 细胞系来源及培养条件;shRNA转染序列及效率验证;BLM敲低后功能实验的细胞密度、处理时间 阅读提示:见Materials and methods中Cell culture and drugs、Plasmids and short hairpin RNA transfection及Results中BLM overexpression... |
| BLM启动子结合蛋白鉴定 | DNA探针序列(BLM启动子区域)、核蛋白提取量、链霉亲和素-琼脂糖珠用量、孵育条件 阅读提示:见Materials and methods中Streptavidin-agarose pull-down assay |
| PARP1调控BLM表达 | 双荧光素酶报告基因检测中报告质粒和pRL-TK比例、转染后时间;ChIP-qPCR引物序列、抗体、DNA片段大小;奥拉帕尼处理浓度(45 μM)和时间(48小时) 阅读提示:见Materials and methods中Dual luciferase reporter assay、ChIP-qPCR assay及Results中PARP1 was identified... |
| HSP90AB1与PARP1的相互作用 | co-IP实验使用的抗体、蛋白A/G珠、洗涤条件;IF染色使用的抗体稀释度、共定位判断标准 阅读提示:见Materials and methods中Co-IP、IF and IHC及Results中HSP90AB1 was identified... |
| 联合用药体外实验 | ML216和奥拉帕尼的处理浓度(如5 μM和40 μM)及时间(48小时);CCK-8、EdU、克隆形成、划痕、Transwell的具体步骤 阅读提示:见Materials and methods中Cell viability assay...及Results中The combination of olaparib... |
| 体内异种移植实验 | 小鼠品系、周龄、性别;PC3细胞注射数量、部位;分组(每组6只);给药剂量(奥拉帕尼30 mg/kg,ML216 15 mg/kg)、频次(每周三次)、持续时间(3周);肿瘤体积测量频率 阅读提示:见Materials and methods中In vivo xenograft studies及Results中Olaparib combined with ML216... |