临床样本分析
检测LOXL2在ESCC组织和癌旁组织中的表达差异及其与预后的关系
对37对ESCC及癌旁组织进行免疫组化染色,评估LOXL2表达水平,并结合临床病理参数进行相关性分析。
Phosphorylation of AKT by lysyl oxidase-like 2 activates the PI3K/AKT signaling pathway to promote proliferation, invasion and metastasis in esophageal squamous carcinoma.
包含免疫组化临床样本分析、细胞功能实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭)、高通量测序及机制验证(Western blot、qRT-PCR),但缺乏体内动物模型验证。
TE-1食管鳞癌细胞系(LOXL2敲低) KYSE30食管鳞癌细胞系(LOXL2过表达)
LOXL2表达水平:需核对免疫组化评分标准及阳性判定阈值 细胞系选择:TE-1(高表达)和KYSE30(低表达)用于敲低和过表达 慢病毒感染:sh-LOXL2(80,056-1和80057-1)和LV-LOXL2的感染条件及MOI 药物处理浓度和时间:CCK-8检测时10% CCK-8溶液,孵育1小时 Transwell实验:基质胶浓度1 mg/ml,孵育时间由预实验确定
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测LOXL2在ESCC组织和癌旁组织中的表达差异及其与预后的关系
对37对ESCC及癌旁组织进行免疫组化染色,评估LOXL2表达水平,并结合临床病理参数进行相关性分析。
筛选LOXL2表达差异的ESCC细胞系,并构建敲低和过表达稳转株
通过RT-qPCR检测六种ESCC细胞系中LOXL2 mRNA表达水平,选择高表达系TE-1和低表达系KYSE30,分别用慢病毒转染敲低和过表达LOXL2。
评估LOXL2对ESCC细胞增殖、细胞周期、凋亡、迁移和侵袭能力的影响
采用CCK-8实验检测细胞增殖,流式细胞术分析细胞周期和凋亡,Transwell实验检测迁移和侵袭能力。
筛选LOXL2相关的差异表达基因并富集分析,揭示可能的下游通路
对TE-1和KYSE30细胞进行RNA-seq,鉴定DEGs,并进行GO和KEGG通路富集分析,同时利用GEPIA和STRING数据库构建共表达网络。
验证LOXL2通过磷酸化AKT调控PI3K/AKT信号通路
在LOXL2敲低和过表达的细胞模型中,通过qRT-PCR和Western blot检测PI3K、AKT、p-AKT(Ser473和Thr308)的表达水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | KYSE450细胞系 | Shanghai YaJi | YS3155C |
| KYSE510细胞系 | Shanghai YaJi | YS2921C | |
| KYSE30细胞系 | Shanghai YaJi | YS321C | |
| TE-1细胞系 | Shanghai YaJi | YS290C | |
| ECA109细胞系 | Pricella | CL-0077 | |
| KYSE150细胞系 | Pricella | CL-0638 | |
| 胎牛血清 | Excell Bio | FND500 | |
| DMEM高糖培养基 | GIBCO | C11995500BT | |
| 胰蛋白酶(0.25%胰蛋白酶-EDTA) | GIBCO | 25200-056 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8细胞增殖/毒性检测试剂盒 | TransGen | FC101-03 |
| 慢病毒转染 | 病毒感染增强液HitransG A | Genechem | REVG004 |
| 病毒感染增强液HitransG P | Genechem | REVG005 | |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| Western blot | LOXL2抗体 | Boster | PB0759 |
| PI3激酶p85α抗体 | Bioss | bs-0128R | |
| AKT1抗体 | Bioss | bs-0115R | |
| 磷酸化Akt (Ser473)抗体 | Bioss | bs-12456R | |
| 磷酸化Akt (Thr308)抗体 | Bioss | bs-2720R | |
| 免疫组化 | LOXL2抗体 | ORIGENE | TA807443 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本类型、分期、治疗史、免疫组化评分标准、阳性判定阈值、病理医师双盲判读、T分期和淋巴转移与LOXL2表达的相关性 阅读提示:见“材料与方法”中的“食管鳞癌标本收集”和“免疫组织化学”,以及“结果”部分Fig. 1和Table 2 |
| 细胞系培养与慢病毒转染 | 细胞系来源、培养条件、慢病毒载体、感染条件(密度、病毒滴度、感染时间)、MOI、筛选稳定转染株的方法 阅读提示:见“材料与方法”中的“材料”、“慢病毒转染”和“结果”Fig. 1c-e |
| 细胞功能实验 | 细胞接种密度、处理时间、检测时间点、实验分组、重复数、统计方法 阅读提示:见“材料与方法”中的“CCK-8增殖实验”、“细胞周期实验”、“凋亡检测”、“细胞迁移实验”、“细胞侵袭实验”和“结果”Fig. 2和Fig. 3 |
| 高通量测序与生物信息学分析 | RNA提取方法、文库构建、测序平台、DEG筛选标准、富集分析方法、参考数据库版本 阅读提示:见“材料与方法”中的“高通量测序”和“结果”Fig. 4 |
| 机制验证 | qRT-PCR和Western blot的抗体信息、内参、蛋白提取和检测步骤、统计分析 阅读提示:见“材料与方法”中的“材料”和“结果”Fig. 5 |