生物信息学筛选RNA面板
识别与NAFP和cGAS-STING通路相关的mRNAs及其上游miRNA。
从GEO筛选差异表达基因,经KEGG和Enrichr通路富集,选择DDX58、NFκB1、CHUK,并通过miRWalk预测miR-1976作为上游调控因子。
Prospective insight into the role of benzyl propylene glycoside as a modulator of the cGAS-STING signaling pathway in the management of nonalcoholic fatty pancreas animal model.
包含动物模型(HFHS饮食诱导NAFP)、分子表达检测(RT-qPCR)、蛋白表达检测(免疫组化)、组织学评估及生物信息学分析,构成多层级验证。
雄性Wistar大鼠 高脂高蔗糖饮食诱导的非酒精性脂肪胰腺(NAFP)模型
HFHS饮食喂养8周诱导NAFP模型 苯丙基糖苷(Rosavin)剂量:10、20、30 mg/kg/天,腹腔注射,持续4周 检测DDX58、NFκB1、CHUK mRNA和miR-1976的表达 组织学染色:H&E和Masson三色染色评估病理和纤维化 免疫组化检测caspase-3和NFκB1蛋白表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与NAFP和cGAS-STING通路相关的mRNAs及其上游miRNA。
从GEO筛选差异表达基因,经KEGG和Enrichr通路富集,选择DDX58、NFκB1、CHUK,并通过miRWalk预测miR-1976作为上游调控因子。
预测苯丙基糖苷(Rosavin)与miR-1976的结合可能性。
使用RNAfold预测miR-1976二级结构,RNAComposer进行3D建模,HDock软件进行分子对接,BIOVIA Drug Discovery Studio可视化。
通过HFHS饮食诱导大鼠NAFP,模拟代谢综合征相关胰腺病理。
雄性Wistar大鼠随机分为正常饮食组(Sham)和HFHS饮食组,喂养8周后评估体重和生化参数。
评估苯丙基糖苷对NAFP的干预作用。
HFHS喂养8周后,将HFHS大鼠随机分为未处理组和三个处理组,分别腹腔注射10、20、30 mg/kg苯丙基糖苷,持续4周,同时继续HFHS饮食。
评估体重、血糖、胰岛素、血脂、淀粉酶和脂肪酶等指标的变化。
使用生化分析仪检测TC、HDL-C、LDL-C、TG、葡萄糖、HbA1C;ELISA检测胰岛素;试剂盒检测脂肪酶和淀粉酶;计算HOMA-IR。
评估胰腺组织病理学变化、胶原沉积和蛋白表达。
胰腺固定、包埋、切片,进行H&E和Masson三色染色;免疫组化检测caspase-3和NFκB1;图像分析测量胶原面积百分比和阳性细胞百分比。
检测胰腺组织中DDX58、NFκB1、CHUK mRNA和miR-1976的表达水平。
使用miRNEasy提取总RNA,逆转录后用Quantitect SYBR Green和miScript SYBR Green进行RT-qPCR,以GAPDH和SNORD72作为内参,计算相对表达量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | Rosavin(苯丙基糖苷) | Aktin Chemicals, Inc | APC-380 |
| 生化分析 | 多功能生化分析仪AU680 | Beckman Coulter Inc. | AU680 |
| 血清胰岛素检测 | 大鼠夹心ELISA试剂盒 | Invitrogen | ERINSX10 |
| 血清脂肪酶和淀粉酶检测 | 脂肪酶和淀粉酶商业试剂盒 | Erba Diagnostics | -- |
| 免疫组化 | Caspase-3单克隆抗体 | Invitrogen | CPP32 |
| NFκB1抗体 | Bioss Antibodies | BS-3300R | |
| 图像分析 | Leica Q win V.3程序 | Leica | -- |
| Leica DM2500显微镜 | Leica | DM2500 | |
| RNA提取 | miRNeasy提取试剂盒 | Qiagen | 217004 |
| RNA浓度测定 | NanoDrop | Thermo Scientific | -- |
| 逆转录 | miScript II逆转录试剂盒 | Qiagen | 218161 |
| RT-qPCR | Quantitect SYBR Green 预混液试剂盒 | Qiagen | 204143 |
| miScript SYBR Green PCR试剂盒 | Qiagen | 218073 | |
| 7500 Fast系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 分子对接可视化 | BIOVIA Drug Discovery Studio Visualizer 2021 | Dassault Systèmes | 21.1.0.20298 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | HFHS饮食的配方和喂养时长(8周) 阅读提示:Methods: Animals and treatment, Table 4 |
| 药物治疗 | 苯丙基糖苷的剂量(10、20、30 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)和持续时间(4周) 阅读提示:Methods: Animals and treatment |
| 分子表达检测 | RT-qPCR检测DDX58、NFκB1、CHUK和miR-1976的引物序列及内参基因(GAPDH和SNORD72) 阅读提示:Methods: Total RNA extraction and qPCR; Additional file 1: Table S1 |
| 组织学分析 | H&E、Masson三色染色和免疫组化(caspase-3和NFκB1)的染色条件及抗体使用浓度 阅读提示:Methods: Pancreatic histological and immunohistochemistry assays |
| 生化指标检测 | 血脂、血糖、胰岛素、脂肪酶和淀粉酶的检测试剂盒及操作步骤 阅读提示:Methods: Serum biochemical analysis |