细胞培养与同步化
获得处于相同细胞周期阶段的永生化PBMC,以便比较蛋白质组和磷酸化蛋白质组。
EBV永生化PBMC在含10% FBS的RPMI 1640培养基中培养,经胸苷处理24小时阻断于G1期,再释放24小时,收集细胞沉淀。
Changes of RAS Pathway Phosphorylation in Lymphoblastoid Cell Lines from Noonan Syndrome Patients Carrying Hypomorphic Variants in Two NS Genes.
包含磷酸化蛋白质组/蛋白质组分析、生物信息学通路预测和免疫印迹验证,但缺乏功能实验和动物模型,证据层级较单一。
永生化PBMC细胞系(来自患者、父母和健康对照)
细胞同步化处理:胸苷处理24小时,释放24小时 LC-MS/MS分析:技术重复三次,至少两次重复鉴定 磷酸化水平计算:磷酸化蛋白丰度与总蛋白丰度的比值 免疫印迹验证:检测MAPK1/3、RHOA、PEBP1磷酸化,重复两次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得处于相同细胞周期阶段的永生化PBMC,以便比较蛋白质组和磷酸化蛋白质组。
EBV永生化PBMC在含10% FBS的RPMI 1640培养基中培养,经胸苷处理24小时阻断于G1期,再释放24小时,收集细胞沉淀。
提取总蛋白并定量,用于后续LC-MS/MS分析。
细胞沉淀裂解、超声、离心,用BCA法定量,DTT还原。
富集磷酸化蛋白,用于磷酸化蛋白质组分析。
细胞裂解后,蛋白定量,稀释至0.5 mg/mL,上样至富集柱,洗脱磷酸化蛋白并浓缩定量。
鉴定和定量总蛋白和磷酸化蛋白,比较不同样本间的差异。
采用FASP方法酶解,LC-MS/MS分析,MaxQuant和Perseus进行数据处理和统计分析。
预测差异磷酸化蛋白参与的通路,比较患者与父母的通路激活状态。
使用IPA软件进行核心分析和比较分析,识别显著改变的典型通路并计算z-score。
验证LC-MS/MS发现的特定蛋白磷酸化变化。
使用特异性抗体检测总蛋白和磷酸化蛋白,定量条带强度并比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Euroclone | -- |
| 胎牛血清 | Euroclone | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Euroclone | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Euroclone | -- | |
| 细胞同步化 | 胸苷 | Merck Life Science | -- |
| HEPES | Merck Life Science | -- | |
| 蛋白质提取 | 细胞裂解缓冲液 | Pierce | 84840 |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | 23225 |
| 磷酸化蛋白富集 | 磷酸化蛋白富集试剂盒 | Pierce | 90003 |
| 蛋白质酶解 | 胰蛋白酶 | Promega | -- |
| 样品制备 | Microcon-30 kDa离心过滤器 | Merck Millipore | -- |
| 脱盐 | Zip-Tip C18微量 | Merck Millipore | -- |
| LC-MS/MS | Orbitrap Fusion Tribrid质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Easy Spray PepMap RSLC C18色谱柱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫印迹 | PEBP1(RKIP)多克隆抗体 | Thermo Fisher Scientific | 36-0700 |
| RHOA单克隆抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA1-134 | |
| ERK1/ERK2 (MAPK1/3)多克隆抗体 | Thermo Fisher Scientific | 44-654G | |
| phospho-RKIP (Ser153)多克隆抗体 | Bioss | bs-7075R | |
| Phospho-RHOA (Ser188)多克隆抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-104931 | |
| Phospho-ERK1/ERK2 (MAPK1/3) (Thr202, Tyr204)多克隆抗体 | Thermo Fisher Scientific | 36-8800 | |
| 抗兔二抗 | Seracare/KPL | 5220-0336 | |
| 抗鼠二抗 | Jackson Immunoresearch | 715-035-151 | |
| ECL Prime检测试剂盒 | GE Healthcare | -- | |
| Image Quant LAS 4000成像系统 | GE Healthcare | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分、血清浓度、培养条件 阅读提示:Methods: Cell Culture |
| 细胞同步化 | 胸苷浓度、处理时间、释放时间 阅读提示:Methods: Cell Culture |
| LC-MS/MS | 技术重复次数、蛋白量、色谱柱规格、质谱仪型号 阅读提示:Methods: Label-Free Liquid Chromatography with Tandem Mass Spectrometry |
| 免疫印迹 | 抗体稀释度、蛋白上样量、重复次数 阅读提示:Methods: Immunoblotting |